南北朝时期，印度佛教经论大量译出，中西僧人为之作了大批注疏，阐述自己的理解，由此形成了南北诸家学派。南方独有的是三论学派、十诵律学派;北方所独有的是四论学派、四分律学派、楞伽学派;南北方皆有的是涅槃学派、毗昙学派、成实学派、摄论学派。这些学派虽然各有师承，但不像隋唐以后的宗派那样，在宗法上有严格的谱系关系。各学派的人员灵活流动，一个僧徒可以参加不同学派的讨论，因而学派的理论是相对开放的。其中，有些学派与隋唐的宗派有着明显的渊源关系，如三论学派与三论宗，楞伽学派与禅宗等等。所以南北诸家学派是形成中国佛教宗派的前奏曲，在佛教发展史上有承前启后的作用。限于篇幅，这里只阐述三论学派、涅槃学派和楞伽学派。
1.三论学派。该派经典《中论》、《百论》与《十二门论》虽在后秦时即由鸠摩罗什译出，僧肇等人加以阐释发挥，但三论学派兴起于梁代的僧朗。他是辽东人，初入关内习学罗什、僧肇的教义，后到建康，既而移住摄山栖霞寺，开讲《华严》及三论，后人称为摄山大师。梁武帝曾派僧诠、僧怀等10人入山，从学三论大义，其中，僧诠习学最有成就。僧诠后住摄山止观寺，盛弘三论，其门下弟子数百人。其中，以法朗、智辩、慧勇、慧布四人最为著名，世称“诠公四友”，均长于三论。但继承僧诠的学统的是法朗。法朗(507～581年)，初习禅、律、《成实》、《毗昙》，后从僧诠受三论及《般若》、《华严》、《大品》等。大力弘传三论之学，在20余年中讲三论及《大品般若经》20余遍，在社会上扩大了三论学的影响:法朗是陈代一大家，弟子众多，其中，影响最大的是吉藏，他在隋代将三论学派发展为三论宗派。
2.涅槃学派。以研习、弘传《大般涅槃经》(简称《涅槃经》)而得名。《涅槃经》当时共有三个版本。首先是东晋末年法显译出的六卷，叫《大般泥洹经》。稍后是北凉昙无谶所译40卷本的《大般涅槃经》，亦称北本。北本传到南方后，由慧观、谢灵运等人在北本基础上改编、润色而成36卷，亦称南本。《涅槃经》的核心思想是“涅槃不灭，佛有真我，一切众生，皆有佛性”。但是由于经典版本多，且译文本身也有矛盾之处，这导致中土僧人在何为正因佛性问题上发生了激烈的争执。据汤用彤先生的研究，大致包括吉藏《大乘玄论》卷三出正因佛性11家，均正《大乘四论玄义》卷七言正因佛性有本三家，末十家之别，等等。诸说大同小异，这里仅列举均正《大乘四论玄义》所述本三家和末十家。
其中，本三家为:
(1)道生:“当有为佛性体。”
(2)昙无谶:“本有中道真如为佛性体。”
(3)法瑶:“于上二说中间，执得佛之理为正因佛性。”
末十家为:
(1)昙爱:“执生公义云，当果为正因。”
(2)僧正:“执瑶师义云，一切众生本有得佛之理，为正因佛性。”
(3)宝亮:“真俗共成众生，真如佛理为正因体。”
(4)粱武帝:“真神为正因体。”
(5)法安:“心上有冥传不朽之义为正因体。”
(6)法云:“心有避苦求乐性义，为正因体。”
(7)道朗等:“众生为正因体。”
(8)僧柔、智藏:“心识为正因体。”
(9)地论师:“第八无没识为正因体。”
(10)摄论师:“第九无垢识为正因佛性。”[10]
上述各种看法表明，佛性问题的确是南北朝佛学争议的一个热点。在众说纷纭中，最引人注目的是竺道生(?～434年)，他是南方涅槃学派的重要代表人物之一。他提出了“一阐提人皆得成佛”之说，在当时影响很大。他还倡议“顿悟成佛”论，以反对当时流行的渐悟成佛说，从而与持渐悟说的慧观形成了南方涅槃学派的两大代表。慧观对后世佛教的影响，更表现在他首开“判教”活动。他发现佛典经文中多有矛盾之处。为了合理地解释这些矛盾，便把它说成是佛陀为不同层次的信徒所作的应机说法，进而在佛经中整理出个高低次序，此即判教。慧观把全部经典分为顿、惭二教。[11]这种判教方法对后世颇有影响，如隋唐佛教宗派皆有自己的判教体系。《涅槃》大本在凉州译出后，当时慧嵩、道朗以此知名。特别是道朗，提倡以非真非俗的中道为佛性，成为北方涅槃师的重要代表。但北方涅槃学派的流行不及南方之盛。
3.楞伽学派。以钻研和阐释《楞伽经》而形成的学派。《楞伽经》全名《楞伽阿跋多罗宝经》，楞伽为山名，阿跋多罗意译为人，意为佛入楞伽山所说经，故亦称《楞伽经》。该经思想内涵丰富，包括了大乘佛教多派的观点。其中以大乘有宗唯识学思想为主，讲“五法”、“三自性”、“二无我”、“八识”、“三界唯心”等观点，与唐代唯识宗的思想近似，为唯识宗根本经典之一。此经还包括大乘禅法，提出了“愚夫所行禅，观察义禅、攀缘如禅，如来禅”等四禅说，讨论了顿悟、渐悟等修行方法，成为日后禅宗的思想根源之一。禅宗在四祖道信以前，以《楞伽经》为宗经。但是此经又讲如来藏思想，如来藏即人心中佛性，亦是万物本源，这类观念又近似于《涅槃》、《华严》的佛性论。《楞伽经》译本传到北方后，一些禅学者依据此经修习禅法，影响渐大。其中，最值得指出的是菩提达摩，由他开创的传法谱系后来发展成为唐朝的禅宗。
总起来说，南朝佛教学派甚为繁衍，其间盛衰更迭，变化极多。南朝佛教一般偏尚玄谈义理，所谓“江东佛法，弘重义门”(《续高僧传》卷十七《慧思传》)。在实修方面，只是在宋初的建康、江陵等区域曾一度盛传禅法。北朝佛教学派，在小乘方面，以《毗昙》、《成实》为盛;大乘则《涅槃》、《华严》、《地论》并弘。与南朝佛教特点显著不同的是，北朝佛教更注重实践，特别是禅观，不尚空谈理论。
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