在信用合作社的基础上建立农村合作银行也是我国信用合作社改革的一种路径选择。农村合作银行是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织入股组成的股份合作制社区性地方金融机构。农村合作银行的股份合作制能否保障安全性和互助性目标的实现呢？
现有的法律制度从两方面保障农村合作银行经营的安全性。首先在制度设计中引入了股份制内容。股份合作制是在合作制的基础上，吸收股份制运作机制的一种企业组织形式。农村合作银行的自然人股和法人股分别设定资格股和投资股两种股权。资格股是取得农村合作银行股东资格必须交纳的基础股金，而投资股是由股东在基础股金外投资形成的股份。投资股扩大了合作银行股本来源范围，利于扩大资本实力，同时也有助于解决出资人所有权实际虚置的问题，较好地改善了农村信用合作社现行产权不明晰的状况。[30]一定规模的出资人投入资金的规模较大，他们关心企业经营活动的意愿会非常强烈，维权的意识较强，并通过他们可以带动所有出资人的产权意识，提高社员对农村信用社的关心程度。所有者缺位问题的解决有助于农村合作银行经营安全目标的实现。其次，银监会也通过实施商业银行的审慎监管来保障合作银行的经营安全。2005年银监会发布了《农村合作银行监管工作意见》，该文件提出要按照商业银行监管标准与要求，对农村合作银行实施审慎监管。但是在加大安全性监管的同时，农村合作银行实现互助性目标的能力却有所削弱。引入投资股的产权改革推动农村合作银行转向商业性和营利性。农村合作银行资格股十分分散，以鄞州农村合作银行为例，自然人股东主要是农民、个体工商户，其入股的目的是方便贷款，很多农民参股的资金仅为最低门槛股金1 000元。由于自然人股东出资总额小（仅占股本金总额的58．5%），且分散在众多的自然人股东之中，因此，在实际操作中，自然人股东的所有权难以体现。[31]实践中合作银行已被投资股股东控制，商业资本在事实上已经控制了农村合作银行。商业资本要求商业性和营利性，农村合作银行已经没有多少农村合作成分。可见，虽然股份合作制有助于农村合作银行的安全性目标实现，但是却损害了合作金融的互助性。
从长期来看，农村合作银行必然是我国合作金融发展历程中的一个过渡性产物，未来它必然随着市场化程度的成熟，发展成股份制的商业银行。股份合作制是在经济水平不高的情况下出现的一种经济组织形式。它的过渡性质来源于转轨经济的过渡性质，当经济系统的市场化水平发育到足以结束转轨经济时，股份合作制作为一种经济组织形态的使命也就完成了。[32]
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