临床怀疑病人患有某种感染性疾病时，医生应为病人正确申请病原检测项目，并送检适当的、合格的样本。如病人发热，送血液标本进行培养，伴肺部感染或泌尿系统感染的症状、体征时，要同时进行痰或尿病原检测。对于皮肤溃烂的患者，至少应申请对深部溃烂组织的涂片以快速了解可能的病原菌种类，条件许可时，根据患者实际情况进行需氧菌、厌氧菌和真菌的分离培养。长期发热，而缺乏明确感染来源时，应考虑骨髓培养。
医生开出申请单后，还应注意标本的正确留取，如怀疑有尿路感染，最好留取清晨起床后第一次清洁中段尿，若进行尿液计数培养，留取尿液标本前不要大量喝水以防止尿液被稀释，导致细菌计数结果不能真正反映体内实际情况。怀疑有肺部感染，应留取漱口后深咳而出的痰液，或支气管肺泡灌洗液，必要时进行穿刺，取肺组织送微生物学检测。
正确获取标本后，还应注意其中存在活的病原菌，如不注意正确运送，病原菌很可能因为温度、干燥、氧气等原因失去活性。如怀疑流行性脑膜炎时，送检脑脊液涂片查革兰阴性双球菌并进行脑膜炎奈瑟菌的培养，标本采集后要立即保暖运送至实验室，因低温或标本采集后未及时送检，细菌会因自溶而死亡，使培养结果为假阴性。送微生物培养的标本均应采集于无菌容器并盖上盖，否则由于污染而得到的假阳性培养结果会给临床诊断和治疗带来困惑和错误。
标本的正确标记也是保证检验质量的重要步骤，如果将病人姓名张冠李戴了，就会导致应该治疗的病人未及时得到治疗，而本不应治疗的病人却被给予了可能具有不良作用的药物。
临床微生物检验人员遇到以下情况应将检测结果尽快通知临床：① 从正常无菌部位（如脑脊液、关节液）标本中找到细菌或真菌；② 血液、脑脊液或其他重要来源的标本细菌或真菌培养阳性；③ 脑脊液病原微生物（如隐球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、脑膜炎奈瑟菌等）抗原检测阳性；④ 分离到特殊病原菌如沙门菌、志贺菌、大肠埃希菌O157：H7、霍乱弧菌、脑膜炎奈瑟菌、结核分枝杆菌、炭疽杆菌；⑤ 发现多重耐药的细菌如VRSA、MRSA、VRE、ESBL、MDRABA。以上情况的出现直接关系到对患者的抗感染治疗以及隔离处理措施的采取。如临床诊断为败血症，初始抗感染药物使用了“大、万、能”[大扶康（氟康唑）、万古霉素、泰能]，如果血培养结果为青霉素敏感的肺炎链球菌，及时的实验室报告能指导临床调整抗菌药物，在有效抗感染治疗的同时为患者节约开支；当实验室报告从破溃的皮肤软组织中发现隐球菌时，临床抗真菌治疗就应选择针对隐球菌有效的药物，而不是盲目使用高档抗真菌但对隐球菌无效的药物。一旦发现传染性及致病性强的病原菌或多重耐药的细菌，临床应对患者进行隔离，防止感染的播散。
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