据历史记载，公元前1500年开始人类就利用结肠灌肠治疗某些疾病。最早使用灌肠疗法的是古埃及人，公元前14世纪的埃及医书“Ebers Papyrus”和公元前17世纪的医书“Edwin Smith Papyrus”都曾经提到过灌肠药和灌肠药的使用方法。在公元前4、5世纪，古希腊医师希波克拉底已经记录了使用灌肠疗法来治疗发热、身体不适等病症。3世纪的Essene Gospel曾经说过“人如果不把体内的废物清理出来，就像一个坟墓一样，外表虽然刷得很漂亮，但是里面却是充满腐朽的东西”。
伊本·西那（Ibn Sina，980-1037年）是位有名的医师、药剂师和音乐家。他的医典“Al-Qanunfi-Tibb”，集阿拉伯医学之大成，书中叙述了760种药物和各种影响身体的疾病，还描写了如何用烧灼治疯狗咬伤，用刺络放血、竹筒灌肠的方法治病。这本书在隋唐时期便被介绍到中国。
随着医学科学的发展及对人体解剖生理的不断认识，灌肠疗法逐步获得了新生并逐渐流行。
17世纪可以说是一个灌肠疗法盛行的时代，巴黎上流社会的人们普遍每天做3或4次灌肠，他们认为这是保持健康的一种基本方式。18世纪中期，灌肠设备有了很大的改进，人们发明了靠重力或注射泵的压力来促进灌肠液流入肠道的灌肠器。19世纪末20世纪初，随着橡胶工业的发展，人们可以使用更先进的肠道清理设备进行灌肠。Kellogg医师1917年在《美国医学杂志》上发表文章，说明他在治疗过的40 000例胃肠疾病患者中只有20人实施了手术，其余的患者均使用灌肠、饮食和身体锻炼相结合的方法治愈。进入20世纪后，灌肠疗法在医学中继续得以应用。目前，这种古老的疗法正在不断的发展着，并取得瞩目的成果。
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