由于《内经》的内容，是祖国医学基础理论之所在，采取综合叙述的方式来表达，几乎每一篇中都不是单纯地讨论某一个问题，而是牵涉到好几个不同的内容。因而便引起一些医家用分类的方法，按其不同性质的内容，各以类分。正如汪昂所说：“《素问》《灵枢》各八十一篇，其中病证脉候，脏腑经络，针灸方药，错见杂出，读之茫无津涯，难得其窾会。本集除针灸之法不录，余者分为九篇，以类相从，用便观览。”（《素问灵枢类纂约注·凡例》）
这种“以类相从”进行类分研究的方法，就从现在看来，也还是比较合乎科学的。不过他们分类，也有三种不同的分法。
（一）兼收并蓄分类法
他们认为《内经》两个八十一篇，“言言金石，字字玑珠，竟不知孰可摘而孰可遗。”（《类经·自述》）虽然把每一篇都撤散了，毕竟一字不遗地将所有内容全部保存下来，也就是毫无选择地兼收并蓄，隋杨上善、明张介宾是其代表。
杨上善的《黄帝内经太素》，将《素问》《灵枢》各篇全部撤散，按其不同内容的性质，共分做19大类，今据其现存的卷第类目分列如下：
第一卷 （佚）
第二卷 摄生之二
一、顺养（《灵枢·师传、九针论》《素问·宣明五气、四气调神》）
二、六气（《灵枢·决气》）
三、九气（《素问·举痛论》）
四、调食（《灵枢·五味、九针》《素问·藏气法时》）五、寿限（《灵枢·天年》《素问·上古天真》）
第三卷 阴阳之一
一、阴阳大论（《素问·阴阳应象》）
二、调阴阳（《素问·生气通天》）
三、阴阳杂说（《素问·金匮真言、痹论、阴阳别论》）
第四卷 （佚）
第五卷 人合
一、篇名佚（《灵枢·邪客》）
二、阴阳合（《灵枢·阴阳系日月、根结》《素问·阴阳离合》）
三、四海合（《灵枢·海论》）
四、十二水（《灵枢·经水》）
第六卷 藏府之一
一、篇名佚（《灵枢·本神》）
二、五藏命分（《灵枢·本藏》）
三、藏府应候（《灵枢·本藏》）
四、藏府气液（《灵枢·脉度、九针》《素问·五藏别论、太阴阳明论、玉机真藏》）
第七卷 （佚）
第八卷 经脉之一
一、篇名佚（《灵枢·经脉》）
二、经脉病解（《素问·脉解》）
三、阳明脉病（《素问·阳明脉解》）
第九卷 经脉之二
一、经脉正别（《灵枢·经别》）
二、经脉同异（《灵枢·邪客、动输》）
三、经脉别异（《灵枢·经脉》）
四、十五络脉（《灵枢·经脉》）
五、经脉皮部（《素问·皮部、经络》）
第十卷 经脉之三
一、督脉（《素问·骨空》）
二、带脉（《灵枢·经别》《素问·痿论》）
三、阴阳
脉（《灵枢·脉度》）
四、任脉（《灵枢·五音五味》）
五、冲脉（《灵枢·逆顺肥瘦》）
六、阴阳维脉（《素问·刺腰痛》）
七、经脉标本（《灵枢·卫气》）
八、经脉根结（《灵枢·根结》）
第十一卷 输穴
一、本输（《灵枢·本输》）
二、变输（《灵枢·顺气一日分为四时》《素问·水热穴》）
三、腹病合输（《灵枢·邪气藏府病形》）
四、气穴（《素问·气穴、水热穴》《灵输·背输》）
五、气府（《灵枢·气腹》）
六、骨空（《灵枢·骨空》）
第十二卷 营卫气
一、篇名佚（《灵枢·营气、营卫生会》）
二、营卫气行（《灵枢·邪客、阴阳清浊、五乱》）
三、营五十周（《灵枢·五十营》）
四、卫五十周（《灵枢·卫气行》）
第十三卷 身度
一、经筋（《灵枢·经筋》）
二、骨度（《灵枢·骨度》）
三、肠度（《灵枢·肠胃》）
四、脉度（《灵枢．脉度》）
第十四卷 诊候之一
一、篇名佚（《素问·三部九候》）
二、四时脉形（《素问·玉机真藏》）
三、真藏脉形（《素问·玉机真藏》）
四、四时脉诊（《素问·玉机真藏、脉要精微》）
五、人迎脉口诊（《灵枢·禁服、根结、终始、论疾诊尺》《素问·五藏别论、病能》）
第十五卷 诊候之二
一、色脉诊（《素问·移精变气、五藏生成、玉版论要》）
二、色脉尺诊（《灵枢·邪气藏府病形》）
三、尺诊（《灵枢·论疾诊尺》）
四、尺寸诊（《素问·平人气象》）
五、五藏脉诊（《素问·宣明五气、平人气象、脉要精微、大奇论》《灵枢·邪气藏府病形》）
第十六卷 诊候之三（我国本缺）
一、虚实脉诊（《素问·玉机真藏、通评虚实、刺志》）
二、杂诊（《素问·脉要精微、腹中论、病能、四时刺逆从》《灵枢·论疾诊尺》）
三、脉论（《素问·阴阳类论、示从容、著至教、经脉别论》）
第十七卷 证候之一
篇名佚（《素问·五藏生成》《灵枢·论疾诊尺》）
第十八卷 （佚）
第十九卷 设方
一、知古今（《素问·汤液醪醴》）
二、知要道（《灵枢·外揣》）
三、知方地（《素问·异法方宜》）
四、知形态所宜（《素问·血气形志》《灵枢·九针论》）
五、知祝由（《素问·移精变气》）
六、知针石（《素问·宝命全形、针解、刺禁、病能》）
七、知汤药（《素问·汤液醪醴》）
八、知官能（《灵枢·官能》）
第二十卷 （佚）
第二十一卷 九针之一（我国本佚）
一、九针要道（《灵枢·九针十二原》）
二、九针要解（《灵枢·小针解》）
三、诸原所生（《灵枢·九针十二原》）
四、九针所象（《灵枢·九针论、九针十二原》）
第二十二卷 九针之二
一、刺法（《灵枢·五禁、逆顺肥瘦、邪客、根结》）
二、九针所主（《灵枢·官针》）
三、三刺（《灵枢·官针、终始》）
四、三变刺（《灵枢·寿夭刚柔》）
五、五刺（《灵枢·官针》）
六、五藏刺（《灵枢·五邪》）
七、五节刺（《灵枢·刺节真邪》）
八、五邪刺（《灵枢·刺节真邪》）
九、九刺（？）（《灵枢·官针》）（我国本佚）
十、十二刺（《灵枢·官针》）（我国本佚）
第二十三卷 九针之三
一、量缪刺（《素问·缪刺》）
二、量气刺（《灵枢·行针》）
三、量顺刺（《灵枢·逆顺篇》）
四、疽痈逆顺刺（《灵枢·玉版》）
五、量络刺（《灵枢·血络论》）
六、杂刺（《灵枢·四时气》《素问·长刺节》）
第二十四卷 补泻
一、天忌（《素问·八正神明》）
二、本神论（《素问·八正神明》）
三、真邪补泻（《素问·离合真邪》）
四、虚实补泻（《素问·调经论》）
五、虚实所生（《素问·调经论》）
第二十五卷 伤寒
一、热病决（《素问·热论》）
二、热病说（《素问·评热病》《灵枢·热病》）
三、五藏热病（《素问·刺热论》）
四、五藏痿（《素问·痿论》）
五、疟解（《素问·疟论》）
六、三疟（《素问·疟论》）
七、十二疟（《素问·刺疟》）
第二十六卷 寒热
一、寒热厥（《素问·厥论》）
二、经脉厥（《素问·厥论》）
三、寒热相移（《素问·气厥》）
四、厥头痛（《灵枢·厥病、杂病》）
五、厥心痛（《灵枢·厥病、杂病》）
六、寒热杂说（《灵枢·寒热病》）
七、痈疽（《灵枢·痈疽》）
八、虫痈（《灵枢·上膈》）
九、寒热瘰疬（《灵枢·寒热》）
十、灸寒热法（《素问·骨空》）
第二十七卷 邪论
一、七邪（《灵枢·大惑论》）
二、十二邪（《灵枢·口问》）
三、邪客（《素问·举痛论》）
四、邪中（《灵枢·邪气藏府病形》）
五、邪传（《灵枢·百病始生、九针论》）
第二十八卷 风论
一、诸风数类（《素问·风论》）
二、诸风状疹（《素问·风论》）
三、诸风杂病（《灵枢·贼风》）
四、九宫八风（《灵枢·九宫八风》）
五、三虚三实（《灵枢·岁露》）
六、八正风候（《灵枢·岁露》）
七、痹论（《素问·痹论、逆调》《灵枢·周痹》）
第二十九卷 气论
一、篇名佚（《灵枢·刺节真邪》）
二、津液（《灵枢·五癃津液别》）
三、水论（《素问·解精微论》）
四、胀论（《灵枢·胀论、水胀》《素问·腹中论》）
五、风水论（《素问·评热病》）
六、欬论（《素问·欬论》）
第三十卷 杂病
一、重身论（《素问·奇病论》）
二、温暑论（《素问·热病、水热穴》）
三、四时之变（《灵枢·论疾诊尺》）
四、息积病以下，凡五十一篇，出《灵枢·杂病、热病、癫狂病、厥病》《素问·奇病论、腹中论、逆调论、病能论、刺腰论、通评虚实、脉要精微》等篇。
以上共19大类，每类分若篇目，这样两经的系统性更加强了。定海黄以周评《太素》说：“《太素》改编经文，各归其类，取法于皇甫谧之《甲乙经》，而无其破碎大义之失。其文先载篇幅之长者，而以所连之短章碎文附于其后，不使原文糅杂。其相承旧本有可疑者，于注中破其字，定其读，亦不辄易正文，以视王氏之率意窜改，不存本字，任意违徒，不顾经趣者，大有迳庭焉。即如《痹论》一篇，首言风寒湿杂至为痹，次言五痹不已者，为重感寒湿以益内痹，其风气胜者，尚为易治，故曰：‘各以其时重感于寒湿之气，诸痹不已，亦益内也，其风气胜者，其人易已’。王氏‘重感寒湿’句妄增风字，下又窜入《阴阳别论》一段，以致风气易已句，文义不属，经旨全晦。《太素》之文，同全元起本，不以别论羼入其中。”（《儆季文钞·旧钞太素经校本叙》）
杨上善把两经分类，虽如黄以周所云，有其优点，但从具体运用来看，仍嫌其类目琐碎，不得其要，欲以系统范之，未如所愿。并自宋元以后，《太素》残缺不全，自日本影回的仁安二年（宋乾道三年公元1167年）旧钞本，缺损仍较严重，欲复旧观成完壁，颇非易易。
张介宾的《类经》，是现存全部类分《素》《灵》最完整的一部。张氏认为《素问》、《灵枢》“经文奥衍，研阅诚难。……详求其法，则惟有尽易旧制，颠倒一番，从类分门，然后附意阐发。”（《类经·自序》）毕竟经历了40年的工夫才将《类经》著成，共分摄生、阴阳、藏象、脉色、经络、标本、气味、论治、疾病、针刺、运气、会通12大类，凡390篇目。并说：“人之大事，莫若死生，能葆其真，合乎天矣，故首曰摄生类。生成之道，两仪主之，阴阳既立，三才位矣，故二曰阴阳类。人之有生，脏气为本，五内洞然，三垣治矣，故三曰藏象类。欲知其内，须察其外，脉色通神，吉凶判矣，故四曰脉色类。脏腑治内，经络治外，能明终始，四大安矣，故五曰经络类。万事万殊，必有本末，知所先后，握其要矣，故六曰标本类。人之所赖，药食为天，气味得宜，五宫强矣，故七曰气味类。驹隙百年，谁保无恙，治之弗失，危者安矣，故八曰论治类。疾之中人，变态莫测，明能烛幽，二竖遁矣，故九曰疾病类。药饵不及，古有针砭，九法搜玄，道超凡矣，故十曰针刺类。至若天道茫茫，运行今古，苞无穷，协惟一，推之以理，指诸掌矣，故十一曰运气类。又若经文联属，难以强分，或互见于别门，欲求之而不得，分条索隐，血脉贯矣，故十二曰会通类。”（《类经·自序》）
张介宾根据《素问》《灵枢》的现存材料，结合医学的实际应用，共分做以上12类，比起杨上善的分类方法，有所提高，扼要得多。而且张介宾并没见到过《太素》，只是通过他的辛勤劳动，做出这样的成绩还是应该肯定的。
（二）选择性的分类法
不把《素问》《灵枢》看做是“言言金玉，字字珠玑”，而认为它只是前人总结经验和理论的资料。由于实践的不断增加，经验的不断丰富，理论的不断提高，科学的不断进展，过去总结的东西，不可能完全与现存都相符合。因此，必须要有选择地吸收，不能无批判地兼收并蓄。采用这种方法类分《素问》《灵枢》的，元代滑寿，明代李中梓，清代汪昂、沈又彭足以代表。
滑寿的《读素问钞》，滑寿从京口王居中学医时，即首先学习《素问》，经反复研究，觉得应“删去繁芜，撮其枢要”（《续素问钞·汪机序》），也就是扬弃糟粕取其精华。他把经过选择的有关内容，各分门类，进行编次，计分作藏象、经度、脉候、病能、摄生、论治、色脉、针刺、阴阳、标本、运气、汇萃，凡12类。对《素问》先进行删繁撮要，再以类相从，各就部居，当以滑寿为首倡。这种方法，比杨上善和张介宾都要高明，实际张介宾的分类，基本上是以滑寿为蓝本的。至于滑寿所删去的和撮要的，是否都很恰当？今天看来，固亦存在一些问题，但从总的来说，还是达到了“钩元扼要”这一要求的。明代汪机称赞滑寿说：“非深于岐黄之学者不能也。”这话有一定的道理，因为学无心得体会，是无从进行选择，并达到“撮其枢要”的程度的。滑寿书后来经汪机给他补入注释，刊入《汪氏医学丛书》中，丁瓒又为之补注，并将滑寿的《诊家枢要》一卷，附在书的后面，名为《素问钞补正》，颇风行一时。
李中梓的《内经知要》是混合《素问》《灵枢》来选择并进行分类的。所选的内容，数量比滑氏少，而精的程度实有过之而无不及。例如：讲脏腑不选《灵枢·本输》，便遗漏了五脏六腑表里相合的重要问题；讲望珍不选《灵枢·五色》，对颜面的部位都会茫然无所知；讲经络不选《灵枢·经脉》，对于手足阴阳各经的循行起迄毫无分晓；相反，如五运六气等，不是急切所需，省略之亦无大害。因此，中梓所辑的《内经知要》仅上下两卷，分做道生、阴阳、色诊、脉诊、藏象、经络、治则、病能8类，已足以概括祖国医学的基础理论而无遗。所以这书不仅到现在仍为大众所欢迎，即选辑《医经原旨》的作者，亦承认《内经知要》比他的选辑技术要高明些。至中梓于各类之末所作的案语，反多系浮泛之词，无甚精当处，甚至还涉及唯心之论。如他在道生类的案语说：“兹所摘者，不事百草，而事守一；不尚九候，而尚三奇。盖观天之道，执天之行，进百年为万古尊生之道，于是为大矣。”所谓“守一”、“三奇”，不过是道士自欺欺人的神秘论，实于医学无涉，而中梓反以家珍自宝，不亦妄乎。
汪昂的《素问灵枢类纂约注》，是一部以《素问》为主，而《灵枢》副之的类选本。凡分藏象、经络、病机、脉要、诊候、运气、审治、生死、杂论9类。他选辑和分类的方法，总的说来有以下几点：①《素问》《灵枢》各八十一篇，其中病证脉候，脏腑经络，针灸方药，错见杂出，读之茫无津涯，难得寂会，实有节其繁芜，进行一次比类分次的必要。②滑伯仁的《读素问钞》用意是很好的，惜其割裂全文，更为贯穿，虽分门类，而凌躐错杂，遂有失原书的面貌，是其所短。③滑伯仁所钞，仅限于《素问》一经，不如两经珠联而条析之，则更为完好。④《素问》治兼诸法，文悉义顺，故说理之文多。而《灵枢》专重针灸，故说数之文多。无妨以《素问》为主，《灵枢》副之，其《素问》与《灵枢》同者，皆用《素问》，而不用《灵枢》。因《素问》所引经文，多出《灵枢》，是《灵枢》在前，《素问》居后，踵事增华，故其文义为尤详也。⑤所分九类，虽有删节，两段落依旧，并注明出于某篇，不致谬为参错。至于入选的，总以期其适用而止。⑥所有加注，十之七均选自王冰、马莳、吴嵬、张隐庵四家，十之三略陈述自己的意见，或节其繁芜，或辨其谬误，或畅其文义，或详其未悉，或置为缺疑，务令语简义明，所以名为《约注》。总之，在《素》《灵》分类节注中，不失为善本。
沈又彭的《医经读》，是类分中最简明的选本，它分做“平、病、诊、治”四类。平，指腑脏气血等的正常生理，取义于《素问·平人气象论》；病，包括病机、病证；诊即诊法，治即治则；换言之，即脏腑、疾病、诊法、治则四大类。从实际运用来看，分类虽不多，却是最恰切的。惜其所选的内容，并不如滑、李、汪诸家选的精当。例如：他在“平集”类选列的第一条是《素问·上古天真论》“昔在黄帝，生而神灵，弱而能言，幼而徇齐，长而敦敏，成而登天。”这几句话原出《大戴记》，在《素问》开首选用它，有其一定的意义。但在沈氏的“平集”开首仍选用它，可说对于脏腑生理，毫不相关，便没有什么道理了。
（三）调整篇次分类法
对两经各篇原文的内容完全不动，只是将其篇次，予以重行类分，诸家中惟黄元御独用此法，兹将其两经分类安排，分别胪列于下：
《素问悬解》的分类：
养生类：上古天真论、四气调神论、金匮真言论、生气通天论、阴阳应象论。
藏象类：十二藏相使论、五藏别论、五藏生成论、藏气法时论、宣明五气。
脉法类：经脉别论、三部九候论、平人气象论、脉要精微论、玉机真藏论、通评虚实论、诊要经终论、玉版论要、阴阳别论、大奇论。
经络类：阴阳离合论、血气形志、太阴阳明论、脉解、阳明脉解、皮部论、经络论。
孔穴类：气穴论、气府论、水热穴论、骨空论、病论、风论、痹论、痿论、厥论、咳论、疟论、热论、评热病论、举痛论、气厥论、逆调论、腹中论、病能论、奇病论、标本病传论、本病论（王冰注亡。黄氏自《玉机真脏论》“五藏相通”句起至“传乘之名也’句止移此）。
治论类：汤液醪醴论、移精变气论、异法方宜论。
刺法类：宝命全形论、针解、八正神明论、离合真邪论、四时刺逆从论、刺法论（王注亡，黄氏自《诊要经终论》篇首至“此刺之道也’句止移此）、刺志论、刺禁论、刺要论、刺齐论、长刺节论、调经论、缪刺论、刺疟、刺热、刺腰痛。
雷公问类：阴阳类论、著至教论、示从容论、疏五过论、征四失论、方盛衰论、解精微论。
运气类：六节藏象论、天元纪大论、五运行大论、六微旨大论、气交变大论、五常政大论、至真要大论、六元正纪大论。
《灵枢悬解》的分类：
刺法类：九针十二原、小针解、九针论、官针、终始、官能、刺节真邪、逆顺、行针、血络论、论勇、论痛、五邪、五乱、五禁、玉版、师传、外揣、禁服。
经络类：经脉、经别、经筋、经水、阴阳清浊、本输、根结、标本（原注：旧本误名卫气，按经文正之）、动输、背腧、四时气、逆顺肥瘦。
营卫类：脉度、五十营、营气、卫气行、卫气失常、营卫生会。
神气类：本神、决气、津液五别（原注：旧本误作《五癃津液别》，按经文正之）。
藏象类：海论、肠胃、平人绝谷、五味、五味论、骨度。
外候类：本藏、五阅五使、五色、天年、寿夭刚柔、五变、论疾诊尺、阴阳系日月、通天、阴阳二十五人、五音五味。
病论类：口问、大惑论。
贼邪类：九宫八风、岁露论、贼风、邪客。
疾病类：百病始生、邪气脏腑病形、病本、病传、淫邪发梦、顺气一日分为四时、杂病、胀论、水胀、周痹、上膈、忧恚无言、癫狂、厥病、寒热、寒热病、热病、痈疽。
破篇以分类，取其义之可类者而分之，自较易易，若元御移整篇以类分，义能合者固有，其不能合者，强以类从，则不免削足适履之嫌。至谓《本病论》未亡，在《玉机真藏论》中；《刺法论》亦未佚，在《诊要经终论》中，此为一家之言可见，若揆诸古义，则未必如此。
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