细菌、病毒、立克次氏体等都是很好的抗原，由它们刺激生物机体所产生的抗微生物抗体，一般都有保护机体不再受该种微生物侵害的能力。微生物的各种化学成分如蛋白质及与蛋白质结合的各种多糖和脂类，都可能是抗原，并可产生各种相应的抗体。微生物的抗原结构是微生物分类的依据之一。
1.菌体抗原（somatic antigen）
一个细菌细胞含有多种抗原，是由不同蛋白质、多糖和脂类组成的复合抗原。不同种或不同型的细菌各有自己特有的菌体抗原，称为特异抗原，所产生的特异抗体只能与该种或该型的细菌发生反应。有些不同种或不同型之间存在相同的抗原，称为类属抗原或共同抗原，它们所产生的抗体既能与产生这一抗体的该细菌发生反应，又能与含有相同抗原的其他种细菌发生反应，称为交叉反应。
具有鞭毛的细菌在失去鞭毛后，不能形成云雾状菌落，德语中称为Ohne Hauch，因此把那些丢失鞭毛后的菌体抗原，称为O－抗原。O－抗原实质上是革兰氏阴性细菌，尤其是肠道细菌科细菌细胞壁表面脂多糖的O－侧链所构成的抗原。不同种属，甚至同一种的不同菌株，其O－侧链的结构、组成分不同，所显示的抗原特性也会不同。如根据O－抗原特性的不同，可将霍乱弧菌各菌株分成近百个不同的血清型。这对于治疗由不同血清型菌株所引起的疾病十分重要。
2.鞭毛抗原（flagella antigen）
具有鞭毛的细菌可形成云雾状菌落，德语中称为Hauch，因此将鞭毛抗原命名为H抗原。同样，由于不同种属，甚至不同菌株的鞭毛蛋白的组成、结构不同，其H抗原特性也不同。
3.表面抗原（surface antigen）
表面抗原是指包围在细菌菌体抗原外表的抗原，它的存在可干扰菌体抗原与相应抗体的结合。如肺炎球菌的荚膜抗原，某些革兰氏阴性菌的表面抗原如大肠杆菌的K抗原、伤寒杆菌的Vi抗原等。
4.细菌毒素抗原（toxin antigen）
细菌毒素（如外毒素）是一类抗原性很强的蛋白质，进入人体和动物后可引起宿主产生抗体。外毒素经甲醛脱毒后转变为类毒素，对于动物已无毒，但因仍具有良好免疫原性而能刺激机体产生相应的免疫应答反应。
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