在一些物种种群遗传多样性分析中，运用同工酶技术没被发现的多态性，利用微卫星标记技术却揭示出了广泛的遗传多态性。微卫星标记在遗传分析上的多态性在克氏原螯虾（Procambarus clarkii（）Belfiore et al，2000），大西洋鳕鱼（G.morhua）（Bentzen et al，2000），灰海豹（H. grypus）（Allen et al，1995）和澳洲淡水龙虾（C. quadricarinatus）（Baker et al，2000）等海洋生物中已经得到验证。
在蟹类的研究中，邓杰内斯蟹6个微卫星位点在野生的蟹中都具有非常高的多态性。在120个蟹样中，每个位点的等位基因数目变化范围是7～31（平均值518.2）。期望杂合度的范围是0.42 ～ 0.95（ 平均值5 0.76），为邓杰内斯蟹中可能存在种群构成的分化研究提供了基础资料。锯缘青蟹（正
）（Masatsugu et al，2005）5个微卫星位点，每一个位点的等位基因数变化范围是24～44。位点间的期望杂合度范围是0.9.0 ～ 0.999，同一性概率（probability of identity，PI）变化范围是2.8.3 1023～1.7.3 1022。因此，这些微卫星标记位点将可能在其群体遗传结构的研究中发挥作用。对采自切萨皮克海湾不同区域的102只美洲蓝蟹DNA样品10个位点的基因型进行分析。结果显示，其杂合度范围是0.26～0.97，表明筛选到的大部分位点最终能够成为种群遗传研究中有用的遗传标记，为揭示切萨皮克海湾美洲蓝蟹种群之间的差异性提供了证据（Steven et al，2005）。
在青蟹（沙
）（Gopurenko et al，2002）中对一个澳大利亚种群的36个样本的研究发现，其平均的观测杂合度为0.875，位点间的任意杂交期望值没有表现出位点连锁或是显著的背离现象。蛛雪蟹（Puebla et al，2003；Chang et al，2006）5个微卫星位点对采集自西北大西洋11个采样点的449个样品进行分析。这些微卫星位点都表现出高度的多态性（每个位点平均有34个等位基因，平均观测杂合度为0.76），揭示出其在研究蛛雪蟹种群不同时间、不同空间方面遗传分析中的作用。
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