一、渔业捕捞许可证的种类
为了保护、合理利用渔业资源，控制捕捞强度，维护渔业生产秩序，保障渔业生产者的合法权益，根据《中华人民共和国渔业法》，农业部制定了《渔业捕捞许可管理规定》。根据《渔业捕捞许可管理规定》（2002年8月23日农业部令第19号公布，自2002年12月1日起施行；2004年7月1日农业部令第38号修订，2007年11月8日农业部令第6号修订），在中华人民共和国管辖水域和公海从事渔业捕捞活动，应当经主管机关批准并领取渔业捕捞许可证，根据规定的作业类型、场所、时限、渔具数量和捕捞限额作业。渔业捕捞许可证必须随船携带（徒手作业的必须随身携带），妥善保管，并接受渔业行政执法人员的检查。
渔业捕捞许可证分为下列七类：
1.海洋渔业捕捞许可证，适用于许可在我国管辖海域的捕捞作业。
2.公海渔业捕捞许可证，适用于许可我国渔船在公海的捕捞作业。国际或区域渔业管理组织有特别规定的，须同时遵守有关规定。
3.内陆渔业捕捞许可证，适用于许可在内陆水域的捕捞作业。
4.专项（特许）渔业捕捞许可证，适用于许可在特定水域、特定时间或对特定品种的捕捞作业，包括在B类渔区的捕捞作业，与海洋渔业捕捞许可证或内陆渔业捕捞许可证同时使用。
5.临时渔业捕捞许可证，适用于许可临时从事捕捞作业和非专业渔船从事捕捞作业。
6.外国渔船捕捞许可证，适用于许可外国船舶、外国人在我国管辖水域的捕捞作业。
7.捕捞辅助船许可证，适用于许可为渔业捕捞生产提供服务的渔业捕捞辅助船，从事捕捞辅助活动。
二、渔业捕捞许可证的审批权限和程序
县级以上渔业行政主管部门按规定的权限审批发放渔业捕捞许可证，应当明确核定许可的作业类型、场所、时限、渔具数量及规格、捕捞品种等。已实行捕捞限额管理的品种或水域要明确核定捕捞限额的数量。
下列作业渔船的渔业捕捞许可证，向省级人民政府渔业行政主管部门申请。省级人民政府渔业行政主管部门应当自申请受理之日起20日内完成审核，并报农业部审批：（1）到公海作业的；（2）到我国与有关国家缔结的协定确定的共同管理渔区、南沙海域、黄岩岛海域作业的；（3）海洋大型拖网、围网渔船；（4）跨海区界线作业的；（5）到特定渔业资源渔场、水产种质资源保护区作业的；（6）因养殖或者其他特殊需要，捕捞农业部颁布的有重要经济价值的苗种或者禁捕的怀卵亲体的；（7）因教学、科研等特殊需要，在农业部颁布的禁渔区、禁渔期从事捕捞作业的。农业部应当自收到省级人民政府渔业行政主管部门报送的材料之日起15日内作出是否发放捕捞许可证的决定。中央直属单位申请上述渔业捕捞许可证的，直接向农业部提出。农业部应当自申请受理之日起20日内作出是否发放捕捞许可证的决定。
因传统作业习惯或资源调查及其他特殊情况，需要跨界捕捞作业的，由申请人所在地县级以上渔业行政主管部门出具证明，报作业水域所在地审批机关批准。在相邻交界水域作业的渔业捕捞许可证，由交界水域有关的县级以上地方人民政府渔业行政主管部门协商发放，或由其共同的上级渔业行政主管部门审批发放。
其他作业的渔业捕捞许可证由县级以上地方人民政府渔业行政主管部门审批发放，具体办法由省、自治区、直辖市人民政府规定，送农业部备案。
三、渔业捕捞许可证的申请材料
申请渔业捕捞许可证，应当提供下列资料：（1）渔业捕捞许可证申请书；（2）企业法人营业执照或个人户籍证明复印件；（3）渔业船舶检验证书原件和复印件；（4）渔业船舶登记（国籍）证书原件和复印件；（5）渔具和捕捞方法符合国家规定标准的说明资料。
申请海洋渔业捕捞许可证，除提供上述规定的资料外，还需提供：（1）首次申请和除作业方式变更外重新申请的，提供渔业船网工具指标批准书原件；（2）重新申请和换发捕捞许可证的，提供原渔业捕捞许可证原件和复印件；（3）海洋大型、中型渔船再次申请渔业捕捞许可证的，提供捕捞日志。
申请公海渔业捕捞许可证，除提供申请渔业捕捞许可证的资料外，还需提供：（1）农业部远洋渔业项目批准文件；（2）除专业远洋渔船外，提供海洋渔业捕捞许可证；（3）首次申请的，提供渔业船网工具指标批准书。
申请专项（特许）渔业捕捞许可证，除提供申请渔业捕捞许可证的资料外，还需提供：（1）海洋渔业捕捞许可证或内陆渔业捕捞许可证原件和复印件；（2）承担教学、科研等项目单位申请的，提供项目计划、调查区域及上船科研人员名单；（3）租用渔船进行科研、资源调查活动的，提供租用使用协议。
跨省或跨海区作业，依照规定应当申请临时捕捞许可证的，除提供申请渔业捕捞许可证的资料外，还需提供申请人所在地县级以上渔业行政主管部门出具的证明原件和复印件。
四、渔业捕捞许可证的换发
在渔业捕捞许可证有效期内发生下列情况的，须持《渔业船舶所有权证书》和《渔业船舶国籍（登记）证书》向原发证机关申请换发渔业捕捞许可证：
1.船名变更；
2.船籍港变更；
3.渔船所有权共有人之间变更；
4.渔业捕捞许可证使用期满。
五、渔业捕捞许可证的重新申请
在渔业捕捞许可证有效期内发生下列情况的，须按规定重新申请渔业捕捞许可证：
1.渔船作业方式变更；
2.渔船主机、主尺度、总吨位变更；
3.因渔船买卖发生渔船所有人变更。
六、渔业捕捞许可证的补发
在渔业捕捞许可证有效期内发生以下情况的，须向渔业捕捞许可证原发证机关申请补发渔业捕捞许可证：
1.渔业捕捞许可证损毁无法使用；
2.渔业捕捞许可证丢失。
渔业捕捞许可证丢失的，持证人须在一个月内向原发证机关报告遗失的时间、地点和原因，由发证机关在有关媒体公告原渔业捕捞许可证作废后，方可补发新证。媒体公告费由持证人承担。
七、渔业捕捞许可证的注销
发生下列情况的，持证人应将渔业捕捞许可证交回发证机关，并办理渔业捕捞许可证注销手续：
1.渔船报废或损毁不再继续从事许可的捕捞作业；
2.自行终止许可的捕捞作业。
八、渔业捕捞许可证的有效期和年度审验
海洋渔业捕捞许可证和内陆渔业捕捞许可证的使用期限为5年。其他种类渔业捕捞许可证的使用期限根据实际需要确定，但最高不超过3年。
使用期一年以上的渔业捕捞许可证实行年度审验（以下称年审）制度，每年审验一次。公海渔业捕捞许可证的年审期为二年。
渔业捕捞许可证的年审工作由发证机关负责，也可由发证机关委托申请人户籍或企业所在地的县级以上渔业行政主管部门负责。
同时符合下列条件的，为年审合格，由审验人签字，注明日期，加盖公章：（1）具有有效的《渔业船舶检验证书》和《渔业船舶登记（国籍）证书》，持证人和渔船主尺度、主机功率、吨位未发生变更；（2）渔船作业类型、场所、时限、渔具数量与许可内容一致；（3）按规定填报《渔捞日志》，未超出捕捞限额指标（对实行捕捞限额管理的渔船）;（4）违规案件已经结案；（5）按规定缴纳渔业资源增殖保护费；（6）其他条件符合有关规定。
年审不合格的，年审机关可责令持证人限期改正后，再审验一次。再次审验合格的，其渔业捕捞许可证有效。
[1]《中华人民共和国海事行政许可条件规定》（2006年1月9日交通部令2006年第1号发布，2006年4月1日起施行）第2条第2款规定：“本规定所称海事行政许可，是指依据有关水上交通安全、防污染等海事管理的法律、行政法规、国务院决定的设定，由海事管理机构实施或者由交通部实施、海事管理机构具体办理的行政许可。”《中华人民共和国海关实施〈中华人民共和国行政许可法〉办法》（2004年6月18日海关总署公布，自2004年7月1日起施行）第2条规定：“本办法所称的海关行政许可，是指海关根据公民、法人或者其他组织（以下简称申请人）的申请，经依法审查，准予其从事与海关进出关境监督管理相关的特定活动的行为。”
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