由于灾后重建是一定意义上的推倒重来，在统筹城乡改革方面，这将是一个制度改革的良机。地震过后，灾区旧的利益关系、社会关系被严重破坏，异地分散安置进一步促成社会个体的重新组合，为制度创新提供了宝贵契机。在推进城乡统一的户籍登记管理制度；推进城乡土地管理和使用制度改革；推进城乡社会保障制度改革，扩大农村社保覆盖面和提高保障水平；推进公共财政制度改革，支持农村公共产品和公益服务事业；统筹推进城乡公共基础设施建设；推进行政管理体制改革；推进城镇管理体系改革，特别是基层民主改革等方面，震后重建都是推进的好时机。
城乡统筹的一个重要内容就是要重塑农村新型集体经济，推进社会的可持续发展，通过明确农民与农村集体之间的权益关系，建立起具有新型委托——代理关系的农村集体经济组织，激发农村集体经济的组织活力，以产权保障的形式构建农民权益的实现机制。所以可以探索改革农村集体资产管理制度，将集体资产折股量化到人，资产变股权，农民变股民，享受集体资产股金分配。同时，建立农民集体土地征地留用地制度，按照一定比例安排集体征地留用地面积，让农民入股持有不动产，长期享受土地开发的收益分配。
目前，应对灾区农村产业发展进行新的规划布局，根据当地的自然条件、生产条件和市场条件确定其适合的农业产业项目，努力实现农业的产业化发展，大力推进农业规模化与产业化经营，发展现代农业。此外，还应在稳定和完善以家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制的基础上，按照“依法、自愿、有偿”的原则，完善流转办法，推进农村土地承包经营权的流转，促进了农业的适度规模经营，并通过与社会资本的结合，提高农村土地的经营效益，使灾区农业产业在新的起点上更好地发展[34]。
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