党中央、国务院十分重视饮用水安全，千方百计采取措施保证饮用水安全，根治了不少影响保障饮用水安全的隐患。但由于我国幅员辽阔、区域差异大，农村饮用水安全仍存在不少问题，主要表现在：
（1）思想观念和生产方式存在较大差距 少数地区对饮用水安全问题的严重性认识不足，农村改水不到位、不彻底，农民喝不上自来水的状况还在一定范围内存在。
（2）农村环境保护法律、法规不健全，农村环境保护监管力量薄弱 现行的环境管理法律法规和制度大部分都是针对工业和城市制定的，难以适应农村环境管理的需要。
（3）农村饮用水源水质监测力量严重不足 目前，我国只是在城市和重点流域开展了饮用水源地水质监测与评价，而在广大农村地区，由于水源地分布分散，规模小，水质水量不稳定，开展例行监测工作难度很大，且目前也不具备开展农村饮水安全监测的能力。
（4）农村水厂管理体制混乱，归属不清 农村水厂属地方人民政府行政管理，业务上有的由卫生部门管理，有的由城建部门管理，有的由水利部门管理，有的由农业部门管理，五花八门。水厂效益好争着管，水厂有困难相互扯皮。
（5）水厂性质不明确，缺少政策扶持 大量农村水厂、供水站采取“民办公助”，由国家出一点、集体出一点、个人出一点，“三个一点”筹资建设，其性质不明确，既不算公益性事业，又不是乡镇企业，在政策扶持上形成盲区，如纳税、电价、土地占用、水资源费、资质审查、从业人员职称评定、计量收费、发展资金等，由于没有有力的政策扶持，也影响了水厂的正常运行和发展。
（6）地方财政投入不足，供水量小，制约发展 地方财政补助改水资金，体现了党和政府对广大农民的关怀，起到了动员、引导、促进的作用，调动了群众筹资改水的积极性。但是，地方财政资助农村改水的经费，多数没有列入财政预算，随意性大，很难做到有计划地进行农村改水。此外，在江苏省长江以北地区绝大部分是小型水厂，日供水几十吨至数百吨，由于供水量小，既不能满足发展农村经济的需要，也很难做到计量收费，以水养水。
（7）供水设施不能满足安全需要 江苏省多数农村集中式饮用水供水设施是20世纪80年代初期建设的。工艺流程落后，净水设施简易，输水管道老化，供水量不足，急需更新、改造和扩建。农村村民居住点分散，集中供水率低。
（8）农业面源污染日趋严重 面源污染是指在农民生活与农业生产过程中，由于不合理使用农药、化肥，以及人畜粪便和垃圾随意排放，使氮素和磷素等营养物质、农药及其他有机或无机污染物质，通过地表径流和农田渗漏，造成对江、河、湖泊等水体污染。这些污染已越来越严重，造成地表水、地下水都达不到饮用水源质量标准。
（9）自来水自身受污染 自来水给我们的生活带来极大的方便，打开自来水龙头就有水来。但是由于农村居住分散，在自来水水龙头之前，有漫长的或大大小小的水管、管道、水箱、水塔等繁多的设备，即便自来水厂出来的原本是洁净水，但通过这漫长的管、塔、箱接触，导致污染机会增多，使得花掉资金、多道工艺处理出来的优质水，通过管网输送并进入每个家庭终端后却有可能是水质下降、浑浊的不合格饮用水。
我国农村不少自来水厂还是采用简单的沉淀、过滤和加氯消毒的传统工艺，不能有效过滤日益增多的各种有害物质。而且由于输水管道的老化、腐蚀、剥落，给自来水带来进一步的二次污染。
水在管网中虽然有余氯，但在管壁层，或在弯头、接头等坑凹处都是残存细菌的隐蔽所。当余氯较多时，细菌不活动，而当余氯较少时细菌就可以摄取水中营养物质繁殖生长，而且有的细菌已有抗氯性（如隐孢子虫等），少量的余氯对它不起作用。细菌繁殖后就形成生物膜，造成管壁局部表面电位差，致使管道腐蚀、水质变差。造成这种水质二次污染的主要环节和因素是配水管网的管内壁。
（10）工业污染影响水源水质 随着农村人口的不断增加和农村经济的快速发展，农业综合开发和乡镇工业对资源的利用强度和规模日益扩大，农村环境污染和生态破坏日趋严重；同时由于工业废水、生活污水的排放量不断增加，水源地生态环境日益恶化，许多饮用水源受到污染，水质严重超标，导致80％以上的地表水、地下水被污染，严重威胁人民的身体健康。
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