蒙古人初入中原时，对书院采取了保护的政策。元世祖中统二年(1261)六月，下令保护一切文化教育设施，据《元史·世祖本纪》记载，当时元政府规定：“宣圣庙及管内书院，有司岁时致祭，月朔释奠，禁诸官员使臣军马，勿得侵扰亵渎，违者加罚。”[22]这主要是从政治上考虑，树立“施仁发政”的形象，尽量纾解被占领区军民的反抗情绪，对儒士文人采取安抚怀柔之策，其目的在于表示“上答天意，下结民心”，“国家育才待聘风动四方之美”。这一措施取得了良好的效果，为元代书院发展奠定了基础。
元代对书院采取积极创办、鼓励发展的政策，但并非放任自流，而是逐步加强控制。这一方面反映了元代统治者对书院的重视，加强管理，为书院的发展提供了可靠的保障；另一方面也限制了书院讲学自主、灵活等特色的发挥。元代书院不仅数量大增，而且地域分布与宋代相比，也有很大变化。元代书院仍以江南为最多，大部分集中在长江流域。按曹松叶《元代书院概况》统计，在全国总数227所书院中，152所在长江流域，占66.96%，仍居第一位；32所在珠江流域，占14.10%；43所在黄河流域，占18.94%。和宋代相比，珠江流域由第二位降为第三位，而黄河流域则由第三位升为第二位。元朝庆元路辖二州（奉化州、昌国州）、四县（鄞县、慈溪县、定海县、象山县），宋朝以来，这里是文化教育发达之地，陆学和朱熹理学在这里得到发展和传承，浓厚的文化氛围为书院的发展提供了良好的社会环境。据史料记载，当时的庆元路书院有13所，鄞县有东湖书院、甬东书院、本心书院、鲁斋书院、鄞江书院；慈溪县有慈湖书院、杜洲书院、宝峰书院；昌国州有翁洲书院、岱山书院；奉化州有龙津书院、广平书院。从数量看，庆元路的书院数占江浙行省书院总数的15%以上，在江浙行省三十个路中，可谓是书院发达的地区。
庆元路的13所书院中，元朝建立了7所，其余6所宋朝建立的书院也在元朝得到发展和壮大。庆元路书院在发展壮大的同时，学术发展上出现了与宋朝不一样的情况，程朱理学成为庆元路书院教学和学术研究的主要内容，除宝峰书院、慈湖书院还传授陆学外，其他书院都主要传授程朱理学，反映了南宋四明盛极一时的陆学在元朝基本衰弱，程朱理学一统宁波的态势基本形成。南宋时，“四明之学皆陆氏”，元以后，庆元路的深宁、东发、静清等学派皆弃陆学而改宗朱学。其实，庆元路的书院如此发达，与宋朝四明地区是陆九渊学术根据地这一地位是分不开的，在元代朱陆合流的学术背景下，不同学派学术在这里相互渗透融合[23]。一定意义上来说，南宋陆学在四明的广泛传播为程朱理学在庆元路书院的流行奠定了基础。另外，元政府将程朱理学确定为科举考试定本，使理学的地位进一步上升，正式成为官方学术，为天下士人学子所共遵，由于元朝“建学立师，设科取士，悉主于朱子之说，至是，而鄞、慈溪之士于朱子之书，莫不家传人诵之”[24]，元朝庆元路大多以宋元理学家作为祭祀对象，反映了书院的学术取向，不仅体现了对理学思想学说、价值观念的肯定和认同，而且是对理学的倡导和弘扬，表明书院已经成为宣传、传播理学的重要阵地。
学术的发展恰如河流，有源头，有分流，有汇合，宋学是在汉学基础上发展起来的新儒学，元代学术又是从宋学基础上直接继承过来的。南宋理学在发展过程中分化为两大派别，即程朱理学和陆氏心学，朱熹和陆九渊分别成为各自派别的代表人物。元代理学总体上继承了宋代理学最基本的思想原则，他们的天道观、心性论和知行观等等，都是旨在论证封建伦理纲常的合理性。元代也同样看重“四书”“五经”，讲求儒家经义，探究义理之学，坚持儒家传统的道德修养方法，因此，可以这样说，元朝理学与宋学是一脉相承的，但在取向上汇集和中和了程朱理学“格物穷理”、陆氏心学“发明本心”和实学“见诸行事”的主要学术观点。朱陆两家尽管存在争议或差异，然而它们宣扬孔孟之道、维护封建秩序的本质是一致的，这种一致性为两者的合流提供了基础。
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