阿尔都塞对“同一性思维”的意识形态批判去除了大写主体的虚妄，也就是主体即实体式的上帝的眼光，同时由于物质条件的限制和作为类或者说普遍性存在的意识形态的客观性存在，个人主体所得的“真知灼见”是带有偏见和社会关系所处地的烙印的。个人理性是有限度的，无法得出普遍的真理，那么真理是主体间对话、交流，通过形式的保证——真正、真诚、真实等理想的形式条件的设定达成的吗？
阿尔都塞破除了大小主体，但他并没有走向主体间性。他认为主体间性是普遍的模式，就其理论意义来说仍未逃脱传统哲学的形式主义模式——追根究底寻求事物的形式。只不过事物的形式不是单主体的先验性，而是主体间的互动形式。阿尔都塞否定了这种普遍的形式模式，主张在生产的社会关系中寻找社会历史的真实。“生产的社会关系在任何意义上都不能还原为简单的人与人之间的关系，不能还原为仅仅涉及人的关系，因而不能还原为一个普遍模式，即主体间的相互关系的各种转换形式（承认、威望、斗争、统治和奴役等等）。在马克思那里，生产的社会关系表现的并不是单独的人而是生产过程的当事人和生产过程的物质条件的特殊的‘结合’。”[5]阿尔都塞走向了处于一定物质条件下的生产关系、社会关系。也就是说对于多样复杂性的原因，阿尔都塞不再追溯到一，一个本原，一个最终原因，同一性的本质，而是走向了多元决定的震荡性生成。当然由于哲学术语或者说哲学自身表述的固有局限——把生活中的活的东西以静止的词语表述出来，阿尔都塞的学说给人粗略的感觉仍是把事物的丰富多样性归结到了一个名词——“社会关系”——上，仍然是以一解释多。而这个能指所指的实质上是一个开放、流动、活生生的、各种要素在其中起作用的体系或结构。“结构”一词就更具有迷惑性了，由于使用“结构”概念，阿尔都塞的学说又被指责为结构与要素之间的关系的“结构主义”。而实质上，阿尔都塞在现实与理论之间划分了两个层次：现实是不以人的认识为转移的，独立于认识之外的现实；认识并不直接改变或者生成现实，认识唯一添加给现实的只是认识的因素。这不是结构主义式的要素之间的作用产生现实的一层论。而“结构”也不是像能指一样是个一，而是意味着多的生成性存在。
在阿尔都塞的早期思想中，也就是1968年以前，哲学是在意识形态与科学的关系中获得自身的定位的。在意识形态和科学中界定哲学，在揭示和批判意识形态中，阿尔都塞也经历了一个思想的转变，即在《保卫马克思》和《读〈资本论〉》中，阿尔都塞把哲学理解为“理论实践的理论”，对哲学做了等同于科学的理解；在《哲学和科学家的自发哲学》（1967）一文中，阿尔都塞划清哲学与科学的界限，提出哲学是有关赌注的论点。
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