农民专业合作社是在市场经济环境中发育起来的一种新的独立的经济组织形态，是与合伙制企业、公司制企业并行的一种经济组织形式，也区别于社区性集体经济组织和社团组织。
1.与合伙制企业的区别。农民专业合作社与合伙制企业在成员构成、财产性质、法律人格和责任形式等方面均有不同。
第一，成员构成不同。除了具有管理公共事务职能的单位、公民、企业、事业单位和社会团体外，从事农业生产、加工、流通、仓储等的农民，具有民事行为能力，都可成为农民专业合作社的成员。普通合伙企业只要求两个以上的自然人组成，有限合伙企业由2—50个合伙人组成，国有独资公司、国有企业、上市公司和公益性事业单位、社会团体不能成为普通合伙人。
第二，成员在组织中的作用不同。农民专业合作社不因某一成员的加入、退出而影响组织的存亡。合伙制企业的存亡则取决于任何一个合伙人的去留。
第三，承担债务的责任形式不同。农民专业合作社有独立的法人财产，成员仅以其出资额为限对合作社债务承担有限责任，即使资不抵债，债务清偿也不涉及成员个人财产。合伙制企业财产性质由合伙协议约定，合伙人财产为合伙人统一管理和使用，不经其他合伙人同意，任何一个合伙人不得将合伙财产移为他用。这种财产性质，决定了合伙企业的自然人性质和普通合伙人对企业债务承担无限连带责任的责任形式。
第四，盈余分配方式不同。农民专业合作社中的盈余分配主要按惠顾额返还。合伙企业是按合伙协议约定，无约定按出资比例分配，无法确定出资比例的由合伙人平均分配。
第五，经营方式不同。农民专业合作社有法人代表，负责合作社的经营管理。合伙企业的经营活动由合伙人共同决定，合伙人有执行和监督的权利。
2.与公司制企业的区别。农民专业合作社与公司制企业的主要区别是，劳动与资本在组织中的地位和权利不同。合作制企业的理论依据是，在合作制企业中，资本的结合是由人的结合派生出来的，资本的结合是以人的结合为前提的，资本与人相比，人处于主导地位，人利用、支配和使用资本，人的权利大于资本权利。公司制企业的理论依据是，在公司制企业中，人的结合是资本结合派生出来的，人的结合要以资本的结合为前提。资本与人相比，资本处于主导地位，资本权利大于人的权利。由此派生出以下区别：
第一，投票权和收益分配的依据不同。合作社中，社员拥有一人一票的权利，盈余分配的主要依据是社员的惠顾额，资本报酬适度。公司制企业中，股东地位以出资额为依据，股东按投入公司的资本额享有资产收益、重大决策和选择管理者等权利，每一股份有一个表决权。
第二，组织方式不同。合作社的所有者、经营者、成员惠顾者是同一的，三者不分离。公司制企业的所有者与经营者是分离的，所有者对经营者的权力控制，需要严格的公司治理结构来解决。
第三，价值取向不同。合作社对成员不以营利为目的，对外营利也是为了成员的利益。公司以谋求资本利润最大化为目的。
第四，合作社的“退社自由”原则与公司制企业不同。合作社成员可以退社，但出资额不转让。公司制企业的股东在公司登记后，不得抽回出资但可以转让。
第五，在注册登记条件、内部治理结构等方面，公司制企业比合作社严格、复杂。
3.与社区性集体经济组织的区别。农民专业合作社与社区集体经济组织在产权关系、治理结构、分配制度等方面有明显的区别：
第一，社区集体经济组织的财产关系是单一的集体所有制，这种集体财产是“共同共有”还是“按份共有”，在人民公社时期是不清楚的。农村改革以后，一些地方对社区集体经济组织财产关系的改革仍在探索。农民专业合作社的财产关系从一开始就是清晰的，社员的出资及增值收益始终是社员个人的权益，如果合作社破产或解散，社员享有的财产份额仍然可以退还。
第二，社区集体经济组织的内部治理机制不民主。农民专业合作社是“民主控制”，控制程序也是民主的，内部治理机制是通过法律和章程规定的。
第三，社区集体经济组织的分配重视劳动过程，实际上搞成了“大锅饭”。农民专业合作社的分配重视劳动结果，体现了多劳多得。
4.与社会团体的区别。农民专业合作社与社会团体的根本区别是能否从事营利性活动。前者可从事经营性活动，后者收取费用受到限制且不得在会员中分配。实践中，有些社会团体在从事业务活动中也收取一定费用，但在民法理论上不视作营利。民法理论的营利，是指从事经营活动并将所获得的利益分配给成员。法人营利而未为其成员营利，不视作营利活动。目前，农村中大量存在的农村专业技术协会（以下简称农技协），是社团性质的组织，在为农民运用科技等方面，提供了大量服务，发挥了很好的作用，一些农民专业合作社的前身就是农技协。
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