藏、新、蒙边疆城市均距中国内地较远，又是多民族地区，加上与中亚邻接，易受外来势力的影响，动乱时有发生。清朝时期，藏、新、蒙边疆地区战乱频发，政局长期动荡不安。战火的洗劫，使得边疆城市残破不堪，城镇破坏，人口骤降，田地荒芜，农业生产无法正常进行，商业凋敝，使边疆城市遭受巨大破坏甚至毁灭性的打击。
明末清初，卫拉特蒙古固始汗联合藏传佛教格鲁派建立“甘丹颇章政权”，统一了青藏高原。清朝建立后，将西藏纳入中国版图。但由于西藏上层贵族之间的争权斗争时常发生，而外部的干扰也较为频繁，故而清代前中期，西藏政局一直很不安定，多受战乱影响。康熙末年，准格尔部策旺喇布坦派策凌敦多布入藏，杀死拉藏汗并占据了拉萨。雍正元年（1723），青海蒙古罗布藏丹津召集青海厄鲁特蒙古各台吉，在察罕托罗海会盟，煽动起兵反清。但清王朝很快就平定了罗布藏丹津之乱，直接控制了整个青藏高原。在战争期间，西藏各地遭到不同程度的破坏，如“廓尔喀将定日各寨落烧毁”，人口也多流散，“番民等避贼远去，逃散甚多”，“半存空寨”，[9]以致田地荒芜，牛羊失散，农业和牧业生产遭到了破坏。战争也加重了西藏民众的负担，不仅相当数量的青壮年被征当兵，而且妇女和中老年人也支应各种乌拉，社会生产和人民生活都受到严重影响。
光绪十四年（1888），英国为了强迫清政府在西藏开辟通商口岸，以攫取更多的殖民利益，发动了第一次侵藏战争。光绪二十九年至三十年间（1903—1904），英国再次发动第二次侵藏战争。这次战争规模非常大，英军出动了万余人，配备当时最先进的热兵器，藏族人民虽然进行了坚决的抵抗，特别是在江孜保卫战中重创英军，但是由于多种原因终至战败，被迫签订了《拉萨条约》。英军所发动两次侵藏战争对西藏造成极大的破坏和深远的影响，大批藏族军民被英军屠杀，仅古鲁之战藏族军民死难者就达2000余人。另外，英军还沿途抢劫、破坏。据载：“木龙年五月十五日，大队英军侵入江热村扎营。到二十四日，江热、文秀一带的一百多克（西藏的计量单位，一克约为28市斤）庄稼被英军军马连吃带踩，后又被割去喂马。英军还火烧房屋、拉走牲畜、抢劫财物。”[10]此外，英军还对西藏的寺院和城市进行破坏，如英军恣意毁坏白居寺的两幅约五层楼高的缎绣佛像，炸毁该寺的晒佛地和夜叉屋顶。江孜之战后，江孜宗政府的壮丽建筑也只剩下一片残垣断壁。战争结束后签订的不平等《拉萨条约》规定：西藏赔偿英国侵略军军费50万镑，合卢比750万元，每年缴10万元。《拉萨条约》严重损害中国的主权，巨额的赔款对于清政府的财政产生了很大影响，也大大减少了清政府对西藏的开发投入，从而影响到清季西藏的新政改革。
清代，新疆、蒙古地区亦是战乱不断，政局不安，城市发展受到严重破坏。
清初，准噶尔部在西北地区对清廷的统治一直构成严重威胁。康熙十八年（1679），噶尔丹率准噶尔大军12万人进兵天山南路的叶尔羌汗国，控制了整个新疆。准噶尔蒙古统治回部期间，穷兵黩武，对各族人民横征暴敛，引起当地人民的不满，“曾受准噶尔残虐数十年，赋繁役重，民不聊生，久思归附圣化”[11]。“回部最弱，被各夷欺凌，骑马直入其家，抢掠什物，奸污子女。”[12]特别是吐鲁番、哈密等地作为康雍年间清军与准噶尔贵族反复争夺的战略要地，破坏尤为严重。“人户惟吐鲁番最大，然……不过亦三千余户耳。更多贫苦不能自赡。”[13]其他地区也遭到相当严重的破坏，南路的哈喇沙拉本是比较富裕的地方，“准噶尔恃其强横，踞其地为牧场，回民不堪其扰，死绝逃亡，地遂空虚”[14]。康雍乾三朝历经七十余年多次与准噶尔部交手，终于彻底解除了来自北方游牧民族的南下隐患。
乾隆二十四年（1759），大小和卓再次发动叛乱。经过准噶尔掠夺式的统治以及平定大小和卓的战争，到新疆战火平息后，清代文献记载天山南路只有喀什噶尔等“八大城”，又有“西四城”（喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔、和闻）和“东四城”（阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔）之说。“八大城”中仅喀什噶尔和叶尔羌略有规模，其他大多数城市都残破不堪。“库车之在回疆名城也，回人三五万户，经霍集占之乱，城中几无孑遗。”[15]“沙雅尔，小回城也，归库车大臣管辖，不设官兵……城垣倾圮，荒凉一村堡。”[16]吐鲁番回城，“（人户）不过亦三千余户耳，更多贫苦不能自赡”[17]。另一丝路名城哈密经过多年的战争，城市破败不堪，“土泥参差，上无雄谍。只东北二门。内无通衙。人家多穴居土处，器用只皮囊、铁釜、盂”[18]。只有塔里木盆地南缘叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏等少数城市保持了一定的规模。
嘉庆年间（1796—1820年），南疆有张格尔之乱，至道光六年（1826）始平定，南疆各城池遭巨大破坏。道光二十七年（1847），南疆又有“回乱”，喀什噶尔、英吉沙尔等城垣被围困，这次动乱至咸丰七年（1857）才平定。同治三年（1864），受太平天国和西北回民起义影响，新疆各地民众也纷纷起事，至光绪初年始平。其间又发生了浩罕军官阿古柏入侵和俄罗斯趁机侵吞我国新疆大片领土等事件。大规模的动乱造成新疆人口锐减，许多土地荒芜无人耕种，农业生产大幅倒退。参见下表[19]。
“1864年新疆农民大起义”前后北疆熟地亩数对比表
此表资料来源：（清）袁大化修，王树楠、王学曾总纂：《新疆图志》卷65《土壤一·熟地》，宣统三年刊本。
英俄等帝国主义国家对新疆、蒙古的侵略，是晚清时期影响西北内陆边疆城市经济发展的一个重要因素。主要表现在两个方面，一是英俄商品大量输入，破坏了当地自给自足的自然经济形态，使边疆城市社会经济结构发生了变化；二是沙俄发动武装侵略，妄图把新疆变为其殖民地，并通过不平等条约，迫使清政府开放许多商埠，从中获取利权，独占新疆市场，把新疆变为沙俄的原料产地和商品倾销地。
社会动乱对藏、新、蒙边疆地区城市造成的不利影响十分深远。动乱破坏了和平安定的环境，正常的生产流通受到阻碍，造成大量人口流失，使田地荒芜，许多城池则在战火中夷为废墟，给边疆城市经济造成巨大破坏。以迪化为例，“同治回乱”之前，乌鲁木齐“东西袤延八里，市廛迤逦相属，肩摩毂击，比于吴会之盛，”[20]有“小苏杭”之美称。而经战乱，至光绪十一年（1885）建省时，则是另一番景象，“其时，迪化城中，疮痍满目，无百金之贾，千贾之肆。自城南望见城北，榛芜苍莽。玉门以西，官道行千里不见人烟。商贾往还无休宿之所”[21]。其他边疆城市的情形与此基本类似。
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