医学信息学的常见组织机构和会议可以分为国际性、地区性和国家性三部分。国际性的会议包括了国际医学信息学会（IMIA）、医疗信息与管理系统协会（HIMSS）；地区性则包括欧洲医学信息学联盟（EFMI）、亚太医学信息学协会（APAMI）；国家性则包括美国医药信息学会（AMIA）、中国医药信息学会（CMIA）、中华医院管理学会信息管理专业委员会（CHIMA）。
1）国际医学信息学会（International Medical Informatics Association，IMIA）
国际医学信息学会依据瑞士法创建于1989年，是一个独立于任何国家的组织。该组织的原型是1967年的4个学术委员会，来自于国际信息处理联盟（International Federation for Information Processing，IFIP）。从1979年至今，IMIA从一个IFIP的特别兴趣小组成长为一个独立的组织，目前IMIA仍然是IFIP的分支机构。该协会是一个非盈利性的组织，和WHO保持着紧密合作关系，为各国政府提供专业建议。作为一个国际性的组织，IMIA致力于信息科学和技术在健康领域的应用，活动包括全球的医学信息标准化、统一流程、数据整合研究等。
（1）IMIA远期目标:①促进信息学在各个健康领域的应用；②促进跨国际的合作；③促进新的科研项目的建立和开发；④实现信息学从理论到实践的转化；⑤进一步深化信息、知识的传播和普及；⑥促进医学信息学教育；⑦代表了医学信息学的全球现状。
（2）IMIA的近期目标:①促进理论与实践的结合，通过衔接学术和临床的实践，从软件提供商、咨询师、医生、科研员等角度优化医药信息的应用；②领导和壮大国际医药信息社区；③促进跨学科、跨国界的医药信息交流合作；④促进全球性健康信息框架的产生。IMIA下辖的刊物是《医学信息学年鉴》（Yearbook of Medical Informatics）。
IMIA负责组织了每三年一次的全球性医学信息会议（World Congress on Medical and Health Informatics，MedInfo），历届会议时间地点如下:斯德哥尔摩（1974），多伦多（1977），东京（1980），阿姆斯特丹（1983），华盛顿（1986），北京/新加坡（1989），日内瓦（1992），温哥华（1995），汉城（1998），伦敦（2001），旧金山（2004），布里斯班（2007），下一届2010年将在南非的开普敦举行。每次会议都会出版论文集（Proceedings of MedInfo）。
2）医疗信息与管理系统协会（Healthcare Information and Management Systems Society，HIMSS）
医疗信息与管理系统协会于1961年在芝加哥初创，自创立以来，华盛顿、布鲁塞尔、新加坡等国际化的组织和机构不断加入，从而使HIMSS不断壮大。目前HIMSS代表了超过2万个个人会员和350个企业会员。在业界，HIMSS是一个重要机构，致力于领导全球的医药信息潮流，优化医药信息，IT技术的应用和管理，从而达到革新整个健康产业的目的。HIMSS为健康政策和工业应用制定框架和执行法则，HIMSS的焦点在于优化信息和信息系统的使用，比如提倡知识共享、新的提议与合作、技术革新和培养社区等。HIMSS的委员会成员大多来自于行业的大公司的执行层和医院信息系统的决策者。
HIMSS主持了每年一次的大会，会议包括了产品展览、教学、技术探讨等。HIMSS有全球化的趋势，其主持的亚太年会、中东年会等各种研讨会正在热烈展开。HIMSS下辖刊物是《健康信息管理期刊》（The Journal of Health Information Management）。
3）欧洲医学信息学联盟（European Federation for Medical Informatics，EFMI）
在世界卫生组织欧洲区的帮助下，欧洲医学信息学联盟于1979年9月在哥本哈根创建，联盟代表则来自于欧洲国家和地区性的学术机构和企业。联盟宣言:联盟是非盈利性的，致力于信息科技的理论和实践在健康领域的应用，以欧洲为主要区域。该组织的框架主要包括一个委员会，17个研讨小组。该协会1976年制定目标如下:①促进国际的合作和信息科学的研究和讨论；②促进标准的实施；③促进医学信息学的科研；④促进医学信息学的教育；⑤作为IMIA在欧洲区的代表。协会下包括若干小组:智能卡芯片组、教育组、电子病历组、评估组、人性化计算、残疾康复人群信息组、信息建模小组、开源软件组、病例组合（Case mix）资源调配研讨组、跨国信息交互组、影像处理组、自然语言处理组、护理信息组、基层医疗信息组、个人移动终端研讨组、安全与伦理组、供应链追溯性检查研讨组。EFMI下辖杂志是《国际医学信息学期刊》（International Journal of Medical Informatics）。
4）亚太医学信息学协会（Asia Pacific Association for Medical Informatics，APAMI）
成立于1993年10月，是IMIA的一个重要成员组，包括了13个国家和地区，会议三年一次，历届如下:新加坡（1994），悉尼（1997），香港（2000），汉城（2003），台北（2006），广岛（2009）。下设四个分组，标准化小组、发展中国家研讨小组、决策支持小组、护理信息组。APAMI暂无下辖刊物。
5）美国医学信息学会（American Medical Informatics Association，AMIA）
美国最大的医药信息学协会，致力于提供高效的组织与管理，分析和拓展医学信息的应用领域，从而支持临床、公共卫生、教学、科研、新政策研究。AMIA现有4千多成员分布在临床和临床研究、个人健康管理、公共卫生研究和基础研究等各个领域。在过去的30年中，AMIA和其附属学术机构，组织了教学、研讨会和政策研究等各种项目。而且美国政府经常参考AMIA的研究成果制定健康法案，大到国家信息框架，小到个人信息的保护。
AMIA的会员来自于跨学科的组织和个人，分布于65个国家，包括医生、护士、药剂师、科研人员、教师、研究生、政府官员、咨询师等。机构则包括学校、社区、机关、企业、医院、国际性医疗机构等。
AMIA把所有医药信息的议题分成了若干研讨小组（Working Groups），目前小组分类为:临床信息系统组、临床科研信息组、消费者健康信息组、牙科组、教育组、伦理法学组、评估组、生物医学知识表达组、知识数据挖掘组、医疗影像组、自然语言处理组、护理信息组、开源资源组、机构组织组、动态知识更新组、药理信息组、基层医疗信息组、公共卫生信息组、学生组。AMIA会员则可以参加各个小组，交换行业最新信息，包括工作、新开的项目和科研经费等。每个小组都有自己的目标定位、论坛和邮件列表。AMIA下辖杂志是《美国医学信息学会期刊》（Journal of the American Medical Informatics Association）。
6）中国医药信息学会（China Medical Informatics Association，CMIA）
在医药卫生领域中从事研究计算机技术和信息科学研究和应用的专家学者、技术人员和管理人员组成的学术团体，是国际医药信息学会（IMIA）的常务理事成员，是中国在该国际组织中的惟一代表。该学会是经国务院批准，于20世纪80年代初，在中国电子学会医药信息学分会的基础上组建起来的，并代表中国正式加入国际医药信息学会（IMIA），进行国际学术交流。其学术活动一直得到国家卫生部、信息产业部、发展和改革委员会、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局和解放军总后卫生部等领导部门的热情关怀和大力支持。目前，学会有会员5 800多人，91名理事，专业委员会31个，地方学会23个。
中国医药信息学会自1981年成立以来，积极开展各种学术活动。曾先后于长沙（1981）、西安（1983）、昆明（1984）、厦门（1987）、大连（1991）、武汉（1994）、承德（1997）、苏州（1999）、北京（2002）、深圳（2004）、珠海（2007）召开了11次全国医药信息学大会，进行全国性的学术交流，出版论文集11册。1989年10月，CMIA在北京成功主办了第六届世界医药信息学大会（MEDINFO89），在国际上获得极为良好的反响。1990年和1997年与日本医学信息学会联合举办了第一届和第二届“中日医药信息学学术交流会”。1999年在苏州主办了第一届中日韩医药信息学会议，以后每年轮流在中国、日本、韩国举办一次“中日韩医药信息学会议”，国际间交流论文600多篇。目前，中国医药信息学会（CMIA）与中国电子学会医药信息学分会属于两个机构协同工作。
中国医药信息学会聚集了国内一大批计算机信息科学和医药卫生界的著名专家学者及高层次管理人员，与国内著名医院、大学、科研机构和公司厂家有着广泛的联系，与国际上的有关学术机构也有着长期密切的合作关系，在中国医药信息学的研究应用方面起着重要作用。
7）中华医院管理学会信息管理专业委员会（China Hospital Information Management Association，CHIMA）
中华医院管理学会信息管理专业委员会，最初是中华医学会医院管理分会计算机应用学组，现CHIMA为中华医院管理学会所属的分支机构，是总会领导下的全国性从事医院信息管理方面的非营利性、群众性的行业学术组织。委员会工作的主要着眼点在于:开展医院信息管理学术交流活动；制定有关医院信息标准管理规范及规章制度；培训和提高医院信息管理工作人员素质，从而推动中国医院信息管理工作事业的发展。近年来，委员会工作扩展到医疗卫生领域的各个方面。
自CHIMA成立后，每年均举办全国性学术会议。委员会与卫生部医院管理研究所共同举办了“中华医院信息网络大会”，自1997年至今已成功举办了14届，是医院信息管理方面规模最大、反响热烈、影响深远的大型学术及应用性年会。参会人员中包括了中国各医疗卫生部门信息主管、医院院长及信息中心、社会保险、医学院校、IT企业同行们。2002年9月与卫生部统计信息中心合作举办“中国医院总论坛——信息分论坛”。
另外，委员会为培训和提高医院信息管理工作人员素质，经常举办有关医院信息方面的学习班及讲座，近年曾与不同单位联合举办了“门诊医生工作站专题研讨会”、“2002中国医学信息技术论坛（CHITA论坛）”、“DRG方式与医院信息系统研讨会”等。委员会于2002年组织编写了《医院信息管理》一书，该书为中华医院管理学会主编的《医院管理》丛书的分册之一，于2003年5月出版。委员会还是《中国数字医学》杂志的协办机构。
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