科学本身之所以难以完成全人格塑造，一个非常重要的原因在于大学所实行的专业教育。按照钱穆的说法，“中国重和合，西方重分别”。“西方人重其师所授之学，而其师则为一分门知识之专家。中国则重其师所传之道，而其师则应为一具有德性之通人。”[29]有学者提出，中国传统学术并非没有分科体系，只是与西方不同而已：这即以研究者主体（人）和地域为标准，而不是以研究客体（对象）为主要标准。四部之学就可以说是中国独特的学术分科。[30]这个说法与钱穆的说法实质上没有两样，都是强调中国传统学术是以人为中心的。从以人为中心的学术转向以对象为中心的学术时，从“尊德性”转向“道问学”时，学术育人的功能势必要受到影响。但在某种意义上，自由教育与专业教育的差别不仅是中西之别，也是古今之异。专业教育已随现代性大潮涌来。即使是韦伯这样的大师通才，也一再强调“无论就表面还是本质而言，个人只有通过最彻底的专业化，才有可能具备信心在知识领域取得一些真正完美的成就”。“作为‘职业’的科学，不是派发神圣价值和神启的通灵者或先知送来的神赐之物，而是通过专业化学科的操作，服务于有关自我和事实间关系的知识思考。”[31]那么，面对现代专业教育移植到中国大学的大趋势，蔡元培是如何应对的呢？
到蔡元培开始治校时，中国学术分类体制的转型已经接近尾声，[32]北大已大体仿照西方大学体制建立了专业研究和专业教育体制。蔡元培一方面继续推进这个体制转型，另一方面又刻意在此基础上纠正分科带来的某些弊端。
首先，蔡元培一上任就把工科和商科从北大分出去，而扩充文科和理科。（他还曾想把法科也分出去，但未成。）这个方案表面上不利于综合大学的建设，似乎也不利于各科学生的彼此交流，但实际上有两个因素促使蔡元培做出决断。第一个因素是当时把大学作为升官发财门道的遗毒还很深，学生对法、商和工科趋之若鹜，而文理则是所谓的“冷门”。蔡元培为正学风，故有学与术分立之议。[33]大学之大，主要不在于学科之全，而在于有无思想容量和大家气象。将技术性、专业性较强的商科和工科从北大分出去，重点发展基础性、理论性较强的文理，恰恰是有利于增强北大的学术风气和思想厚度的。第二个因素是当时办学经费和师资均不足，尤其办工科的设备更是奇缺。若为追求大而全，将这些学科保留在北大，反而会使诸学科均受其累，难得发展之机。
接着，蔡元培先于1918年进行课程改革，实行选科制，让学生自主决定选修不同学科或不同年级的课程；而后他又于1919年进一步改门为系。蔡元培的初始用意是要打破文理的界限，破除师生抱残守缺之陋见。他“以为文、理是不能分科的。例如文科的哲学，必植基于自然科学；而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。从前心理学附入哲学，而现在用实验法，应列入理科；教育学与美学，也渐用实验法，有同一趋势。地理学的人文方面，应属文科，而地质地文等方面属理科。历史学自有史以来，属文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科。所以把北大的三科界限撤去而列为十四系，废学长，设系主任”。[34]
此处以哲学门为例来分析一下1918年北大本科课程改革后的情况。
当时哲学门的通科（即必修课）为：心理学，认识论，哲学史，生物学，人类学，伦理学，教育学，美学，言语学，玄学（纯正哲学），两门外语。以上各科除外语外，均在头一二年讲毕。哲学门的专科为：中国哲学史，印度哲学史（梵文），西洋哲学史（希腊文、拉丁文），论理学（名学、因明学），心理学（心理学史、人身组织及解剖、生理学、精神病学），伦理学（伦理学史），教育学（含教授法、教育史、教育学史），宗教学（比较宗教学、宗教史），美学（美术史、考古学、文学史），社会学（统计学、法理学、经济学），言语学（发音学、比较言语学）。以上各科在第三四学年讲授，学生可任择正科一科，副科一或二科，听讲时间在30个单位以上。而哲学门的特别讲演分为四类：以一派为范围者，如儒家言、康德派、孔德派；以一人为范围者，如老子、亚里士多德、斯宾塞；以一书为范围者，如《周易》《论语》《礼记》《论衡》《佛陀》《华严经》《法华经》《纯粹理性批判》、动物学、（黑格尔？）哲理；以一主义为范围者，如一元哲学、性善论。以上科目临时延聘名师讲演，各科学生自由听讲。[35]
就哲学门的这个课程安排，我们可以看到这样几个特点：其一，在必修课的设计中涵括面较广，如教育学、人类学都包含其中；其二，学生选科和选听的自由度相当大，学生除了选择哲学门的这些专科和讲演外，也可以去选择文学门和史学门甚至生物学门的课程；其三，非常重视语言的训练。除了必修两门外语外，选印度哲学史的还要求修梵文，修西洋哲学史的还要求同时修希腊文和拉丁文；其四，对经典著作的讲读比较重视，往往以一本经典著作为一门课程。
实际上，北大哲学门的这个课程还只是当时的一个过渡方案。而按照改系后全新的选科制，全校所有本科生一年级不分系别，其课程分成两类：一类为共同必修课（分为哲学史大纲，科学概论，社会学大意，两门外语）；另一类选修课分为五组：第一组为数学、物理和天文，第二组为化学、地质和生物，第三组为哲学、心理学和教育学，第四组为中国文学、英文学、法文学和德文学，第五组为史学、政治、经济和法律。学生可在一组内任意选听8至11个单位，作为一年后专习一系的准备。后三年的课程除必修两门外语外，其余全部为选修课，但需要在一个系及相关系选修30—40个单位，在不相关的系要选习6个单位以上。学生经过两年预科和一年本科的通识教育，再经过三年本科的自由选科，这就为按照自己的学术兴趣从事研究打下了一个坚实的基础。[36]用蒋梦麟的话来说：“选科制准学生于性之所近，于规定范围内自由选择，愿饮水的马则饮水，愿吃草的马则吃草，人各随其个性而发展其学力。”[37]
不过，我们也应该看到，蔡元培废科改系产生了一个意外后果。蔡元培本意是想打破文科、理科与法科的界限，但改系之举，却出人意料地反而强化了各个专业的界限。如原来在文科之下的文史哲三门还大体可以包含在“国学”概念中，彼此在学科界域上尚未有清楚而明确的界定，但1919年后，文学日益要求摆脱史学、哲学牵绊，而史学则不断主张脱离文学附庸。文史哲都开始寻求自身的独立。[38]
为什么会出现这种为打破文理界限反而却强化专业界限的情况呢？我认为主要有两个原因。如前所述，蔡元培对“科学”的理解是以经验科学和自然科学为基础的。由于中国素来缺乏自然科学的发展，人文学科则始终昌盛，所以，他真正重视的是要打破文科与理科的界限。这样一来，正如有论者所说的，废除科、门而改为诸系并列的格局，在分类原则上明显地受到自然一元论的科学谱系及其内部分科原则的影响。不同的类别构成了独立的学科，从而也是隶属于更加广泛的科学研究的有机部分。学术的专业化特征包含了基本的科学原则：将上述各学科作为客观的对象加以研究，将各种知识纳入到因果关系的框架中去，由此而致对“全人格之活动”的忽略。[39]
另外一个原因是，蔡元培此举主要是从学生的角度来考虑的，而没有意识到所涉师资的反应。学生是铁打的营盘中流水的兵，他们的确可以从废科改系和选科制中得到随性发展的好处；但是，对于老师就不同了。当学术成为一种职业之后，无论是“以学术为业”（live for sciences）的人，还是“靠学术为生”（live of sciences）的人，[40]都势必要考虑专业地位与他们的生存及发展之间的关系。因此，强调专业的独立性，明晰专业的界限，争夺专业的资源，抢占专业的地盘，提高专业的门槛，就成为大学场域之下各个专业场域运作的逻辑。如当时的历史系主任朱希祖在讲授本国史学名著课时就强调：“吾国史学文学，自古以来，均混而为一；且往往以史学为文学之附属品。观近代史学名家章学诚尚著《文史通义》，其他可知。惟唐刘知幾深恶文人作史，史学脱离文学而独立，特著《史通》以表其义。兹故以《史通》二十卷为讲演之书；而以《文史通义》为参考之书。”[41]由于专业界限的划定尚需时日，所以，北大学生在相当一段时间里还不致因为各自的老师而受专业之限，但随着专业划界的最后完成，老师对专业教育的强调必然会影响到学生。
所幸北大在研究所层面建立的国学门还能够独守会通的传统，以文字为范围而不以学科为范围，各系教授均可到所研究，文史哲三系教授和学生都踊跃参加。[42]
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