海洋生态系统是海洋中由生物群落及其环境相互作用所构成的自然系统。全球海洋是一个大生态系统，其中包含许多不同等级的次级生态系统。每个次级生态系统占据一定的空间，由相互作用的生物部分和非生物部分，通过能量流和物质流形成具有一定结构和功能的统一体。海洋生态系统按海区划分，一般分为沿岸生态系统、大洋生态系统、上升流生态系统等；按生物群落划分，一般分为红树林生态系统、珊瑚礁生态系统、海草场生态系统等。
海洋生态系统研究开始于20世纪70年代，美国生物海洋学家Sherman和海洋地理学家Alexander博士于1984年正式提出大海洋生态系（Large Marine Ecosystems，LME）的概念，主要强调从大生态系统的角度保护海洋生物资源。LME是指从河流盆地的沿岸区域和海湾到陆架边缘或到近海环流系统边缘的相对较大的海洋空间，具有独特的地形、水文、生产力和营养依赖的种群等特征。从理论上讲，LME要符合三个基本条件：① 具有大陆架浅海水域的大渔场；② 要有上升海流把大量营养盐带入海水上层，初级生产力高；③ 四周有半封闭的大陆或岛屿。大海洋生态系内各种物理、生物和化学单元既自成体系又相互作用，营养盐通过食物链正常传递，组成自我发展循环的生态系统。
大海洋生态系概念出现后，全球的科学家从生态系统学和管理的角度对近海生态系统开展了大量研究。大海洋生态系的观点使海洋综合管理（主要是资源和环境管理）从行政区划管理走向生态系统管理。现在大海洋生态系的概念有所扩展，Sherman博士等人提出5个指数评价海洋生态系统的健康：生物多样性、稳定性、产量、生产力和弹性。大海洋生态系可持续性的评估内容包括5个模块，分别是：① 生产力模块，主要包括光合过程、浮游动物生物多样性和海洋生态系统变化。② 渔业模块，主要包括生物多样性、贝类、底层鱼类和上层鱼类。③ 污染和生态系统健康模块，主要包括富营养化、生物毒素、病理、疾病和健康指数。④ 社会经济模块，包括人类压力、持续的长期社会经济效益和综合评价。⑤ 管理模块，包括适应性的管理和利益相关人的参与。[45]
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