2000年，上海第三产业产值比重首次超过第二产业，产业发展逐步以服务经济为主，各类产业园区也不断开始新的升级演变。
加强优化市级工业区规划
2000年，中心城区逐步淘汰了严重污染环境、技术落后的产业，加工、机械制造产业向市级工业园区转移，工业用地置换为居住、商业及现代服务业等功能，如黄浦江、苏州河两岸的综合改造。
郊区规划建设了汽车制造、精品钢材、石油化学、微电子、现代装备及船舶制造工业六大支柱产业基地。同时，进一步加快推进工业向产业园区集中的政策导向，加强和优化国家级、市级工业区的规划建设，产业园区的发展从单纯以工业为主转变为多功能、复合式的园区，融入了商办、研发、物流等生产性服务业的功能。
现代服务业集聚区初具规模
2004年，上海率先提出现代服务业集聚区概念，以区为单位，建设一批集商务、住宿、旅游、购物、餐饮、休闲于一体的现代服务业集聚区；2006年，启动首批12个集聚区建设项目；2007年，正式公布了第二批8个集聚区名单。目前这20个现代服务业集聚区建设已初具规模。
中心城区的现代服务业集聚区，以商、旅、文相结合发展；中心城外的集聚区，二、三产业融合、互动发展，形成与中心城区现代服务业集聚区错位发展的格局。
建立一批创意产业园区
2009年，上海建设了第一批19家生产性服务业集聚功能区，目前全市共有28个生产性服务业集聚区，规划总面积约42平方公里。生产性服务业集聚区的发展，吸引了一批以供应链管理、电子商务和信息化、研发与设计、检验检测等产业为主导，且在行业内具有引领作用的企业在园区内集聚。生产性服务业集聚区是对接产业链上下游、集聚重点产业和“四新”经济发展的重要载体，已成为推动上海未来产业发展的新引擎。
近年来上海创意产业快速发展，目前已建立了一批具有较高知名度的创意产业园区。
上海创意产业园区可追溯至20世纪90年代末期的无污染“都市型工业区”的发展，部分生产性服务业、研发设计和现代物流等行业也逐步纳入到都市工业区的重点发展产业中。2004年，市经委为全市第一批18家创意产业园区正式挂牌“创意产业集聚区”，同时一批地方性政策法规陆续出台，由此进入上海创意产业园区发展的政策催化期。截至2011年，全市共建立了142家各种类型的创意园区。
产业园区向产业社区发展
产业园区向产业社区发展，科技创新是产业园区转型的重要推动力。依托科技园区和高新技术开发区，形成集科技研发和成果产业化功能于一体的科技商务区，推动中心城漕河泾、市北等园区成为高能级创新引擎。促进新城、新市镇的科技园区、工业园区与大学、研究机构等功能互补，如紫竹、嘉定等园区，实现创新引领、产业发展和商务交流的良性互动。
促进产业园区向产业社区发展，还需要完善新城、新市镇的工业园区功能，设定不低于居住区的环境和交通标准，鼓励高附加值、高就业、低污染、低能耗的制造业与城镇融合发展，也有利于增加城镇的就业岗位。
上海临空经济园
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