在《神农本草经》中，灵芝分为五类，即青芝（龙芝）、赤芝（丹芝）、黄芝（金芝）、白芝（玉芝）、黑芝（玄芝）五类，简称“五芝”。晋·葛洪《抱朴子》中根据颜色划分为“六芝”，言“赤者如珊瑚，白者如截脂，黑者如泽漆，青者如翠羽，黄者如紫金。皆光明洞察，如坚冰也”。按质地分为“五芝，即石芝、木芝、肉芝、菌芝和草芝”。《神农本草经》《名医别录》《本草纲目》等多种典籍对“六芝”的分布也有记载，即“青芝生泰山，赤芝生霍山，黄芝生嵩山，白芝生华山，黑芝生常山，紫芝生高夏山谷”。以上是古人对当时所发现的灵芝作的简单分类。
根据颜色分类：《神农本草经》《抱朴子》《本草经集注》等医籍主要根据颜色划分为“六芝”，即青芝、赤芝、黄芝、白芝、黑芝、紫芝。并对它们进行了形象地描述。 “六芝”的出现无疑是古人对芝类认识的发展。
根据药效分类：这其实是对“六芝”不同功用的分类介绍。明代李时珍从性味和药效功能对“六芝”进行了分类，继承了前人的研究成果，同时对有关灵芝的神话传说作了批判，对灵芝的研究也更加深入。他在《本草纲目》中列举了“青芝、赤芝、白芝、黄芝、黑芝、紫芝”等6种灵芝的药用性能，并指出：“芝类甚多，亦有花实者。本草惟以六芝标语，然其种属不可不识。”书中记载了灵芝等真菌有30余种，他的研究和总结为后人对灵芝的研究奠定了坚实的基础。此前的《唐新修本草》（659年）被认为是我国古代记录“六芝”类真菌重要的药典，对“六芝”的药用也有较详细的阐释。
根据质地分类：葛洪在《抱朴子·仙药》中，将灵芝按质地分“五芝”，即石芝、木芝、肉芝、菌芝和草芝，绘制了5种芝草图，并具体记载了“五芝”的生态习性、采集及其药用价值，其中记载为：“五芝者，有石芝，有木芝，草芝，有肉芝，有菌芝，各有百许种也。”
根据形态绘图鉴别：这也是古人认识和鉴别灵芝的一种方法，许多医家在对实物观察的基础上，绘出灵芝的形态图。如《抱朴子·内篇》“仙药篇”收载灵芝达百种，并绘有图谱。《太上灵宝芝品》的序言中也指出：“芝英形万端，实难辨别，故画图记，著状贴传，请据寻求。”该书收载灵芝103种，绘有图谱。宋代的《菌谱》亦绘有灵芝图谱。
古人根据灵芝子实体的颜色分灵芝为“六芝”，按照现代生物学分类，用灵芝科的所有品种来与“六芝”比较，能够一一对应起来是非常难的，甚至是不可能的。迄今为止，相对能确定的只有赤芝、紫芝。
随着人类对自然界中生长的各类生物种类认识的不断深入，瑞典人林奈（Linnae，1753）首先建立了生物分类学。最初将灵芝划分在植物界中，但经过对真菌类的深入研究，发现它与动物、植物及细菌等生物不仅有许多相似的特征，而且也有着明显的差异，因而将它由植物界中分出来，与地衣等合称为菌物界，灵芝则隶属于真菌门中的一个属的代表种。
在邓叔群所著的《中国的真菌》（科学出版社，1963年第1版）一书中，灵芝属划在多孔菌科内，即：
植物界 Plant
孢子植物 sporophyte
真菌门 Eum ycota
担子菌纲 Basidiom ycetes
多孔菌目 Po lyporales
多孔菌科 Po lyporaceae
灵芝属 Ganoderm a
而赵继鼎、徐连旺、张小青编著的《中国灵芝》（科学出版社，1981年第1版）则将灵芝、假芝等属组合成灵芝亚科，即：
担子菌纲 Basidiom ycetes
多孔菌目 Po lyporales
多孔菌科 Po lyporaceae
灵芝亚科 Ganoderm atoideae
灵芝属 Ganoderm a灵芝科为子实体木生，一年生或多年生。菌盖半圆形或扇形，盖面上常有硬质皮壳，有柄或无柄。双系或三系菌丝，具骨架菌丝，有锁状联合，子实层托为管状；孢子卵圆形至球形、杏仁形，顶端常呈平截状，双层壁，内孢壁褐色，有刺状突起或疣等纹饰，外孢壁平滑，无色，非淀粉质。本科有105种，分为三个属，即灵芝属、乌芝属、扁芝属。赵继鼎研究员等认为，中国属灵芝亚科的真菌有88种，包括灵芝属中灵芝组21种，紫芝组27种，粗皮灵芝亚属1种，树舌亚属17种，假芝属（乌芝属）20种，鸡冠孢芝属1种及网孢芝属1种。灵芝属为子实体，一年生或多年生，木质或木栓质，有柄侧生、偏生或中生；菌盖表面常有硬质皮壳，皮壳有油漆样光泽。菌肉一层，单色或2～3层，不同色，三系菌丝。菌管单层至多层，孢子卵形，顶端平截，内孢壁褐色，有小刺突或较粗糙。灵芝属内包括的种类较多，现将其中常见的、并有药用价值的外观形态介绍如下。
1. 灵芝 又名赤芝。多生于柞、栎等阔叶树倒木或伐桩上，也偶见于针叶树倒木、伐桩上。分布于河北、山西、山东、江苏、安徽、浙江、江西、福建、台湾、湖南、海南岛、广西、贵州、四川、吉林及云南等地。
通常所说的灵芝，实指灵芝的子实体而言。灵芝的子实体形态特征：一年生，木栓质，有柄。菌盖肾形、半圆形或近圆形，面积为12cm×12cm，厚度可达2cm；盖面黄褐色至红褐色，有时向外渐淡，盖缘为淡黄褐色，有同心环带和环沟，并有纵皱纹，表面有油漆状光泽。盖缘钝或锐，有时内卷。菌肉淡白色，近菌管部分常呈淡褐色或近褐色，木栓质，厚度约1cm。菌管淡白色、淡褐色至褐色，菌管长约1cm；管口面初期呈白色，每毫米间有4～5个。菌柄侧生或偏生，罕近中生，近圆柱形或扁圆柱形，粗度2～4cm，长度10～19cm，表面与盖面同色，或呈紫红色至紫褐色，有油漆状光泽。孢子粉褐色或灰褐色；孢子呈淡褐色至黄褐色、内含一油滴，卵形，顶端常平截，双层壁、内孢壁淡褐色至黄褐色，有突起的小刺，外孢壁平滑，无色。菌丝近无色至褐色，有分支，多弯曲，壁厚无隔膜，无锁状联合。
2. 松杉树芝 又名铁杉灵芝、木灵芝，生于落叶松等针叶树的干基部或伐桩上。分布于黑龙江、吉林及甘肃省等地。
松杉树芝子实体一年生，木栓质，有柄。菌盖肾形、半圆形或近扇形，厚可达1～3cm，盖面红褐色、乌红褐色至紫红色、紫褐色，具有油漆状光泽，无环带及环沟或有不明显的环带。干后有纵皱纹，盖缘薄或钝，有时内卷。菌肉淡白色、白色或灰白色，近菌管处呈淡褐色，厚度约0.5～1.5cm。菌管淡黄褐色或褐色，长度为0.5～1mm。管口近圆形，每毫米间有4～5个，管口面淡白色，渐变为淡黄褐色至褐色，新鲜时受伤后变为深锈色。菌柄粗而短，长度约4～5cm，粗度2～3cm，表面紫黑色，具有油漆状光泽，侧生，与菌盖之间呈钝角至近水平状着生。菌丝无色至淡褐色，直径1.7～4μm，壁薄，无隔膜，亦无锁状联合，多分枝。孢子卵形，顶端常平截，双层壁，内孢壁淡褐色、黄褐色，有小刺，外壁平滑无色。
松杉树芝的主要特点是菌肉新鲜时多汁，干后很轻；菌柄与菌盖的界线不清，常呈水平状钝角着生，而近缘种灵芝的菌柄与菌盖则呈锐角或近直角，生于阔叶树上。
3. 薄树芝 又名薄盖灵芝，生长于阴暗潮湿处的各种木材上。分布于云南省等地。薄树芝与前两种灵芝间的主要区别是薄树芝盖面油漆状光泽较强，菌肉较硬，有环纹，柄短而粗或无。
薄树芝子实体一年生，木栓质、无柄或有短柄。菌盖半圆形、肾形或呈扇形，厚度可达1～2cm。盖面紫红色至黑褐色，向外缘渐淡，有漆状光泽，有胶质样物质致使盖面特别发亮，无环纹和环带，纵皱明显，表面光滑或有小颗粒；盖缘淡黄褐色，薄，全缘。菌肉材白色，有明显的环纹，厚度可达1.5cm。菌管淡褐色或淡肉桂色，管长约0.5cm；管口面污黄色，受伤后变为淡褐色，每毫米间有管口4～5个。菌柄短而粗，长度约3.5cm，粗度约4cm，侧生，与盖面同色，具油漆状光泽，或无柄。菌丝无色或淡褐色，直径1.2～6.9μm，壁厚，有分支，偶有隔膜，亦无锁状联合。孢子卵形至长卵形，顶端或平截，双层壁，外孢壁平滑无色，内孢壁有不明显的小刺，顶端平截者则小刺较多，淡褐色或灰褐色。
4. 紫芝 又名木芝，多生于阔叶树木桩旁地上或松木上，或生于针叶树朽木上。分布于河北、山东、江苏、浙江、江西、福建、台湾、广东及广西等地。
紫芝子实体一年生，木栓质或木质，有柄。菌盖半圆形、近圆形或近匙形，厚度0.4～1.2cm；盖面紫黑色、紫褐色至近黑色，具油漆状光泽，有明显的同心环沟和纵皱，或者不明显；盖缘薄或钝，颜色稍浅或呈淡黄褐色。菌肉褐色至深褐色，厚度0.1～0.3cm。菌管长度0.3～1cm，呈褐色、灰褐色至深褐色；管口面污白色、淡褐色至深褐色，每毫米间有管口5～6个。菌柄侧生，背侧生或偏生，圆柱形或扁柱形，长度为7～19cm，粗度为0.5～1cm，与盖面同色或更深，有油漆状光泽。菌丝无色至深褐色，有分支，无隔膜，亦无锁状联合，壁较厚。孢子卵形或顶端平截，双层壁，外壁平滑，无色，内壁有明显的小刺，淡褐色。
紫芝与灵芝两者形态上区别明显。紫芝菌盖表面呈紫褐色、紫黑色至近黑色，灵芝菌盖表面则呈红褐色、淡黄褐色至黄褐色；紫芝菌肉为褐色至栗褐色，灵芝菌肉为淡白色至白色；紫芝孢子较大而灵芝孢子较小。过去曾有人误将两种混为一谈是不确切的，应予以更正。
5. 树舌 又名平盖灵芝，生于各种阔叶树倒木、伐桩或枯立木上。 分布于黑龙江、吉林、内蒙古、河北、山西、陕西、甘肃、青海、新疆、江苏、西藏、浙江、四川、福建、台湾、河南、湖南、海南、广西、贵州、四川及云南等地。
树舌子实体多年生，木栓质或木质，侧生无柄。菌盖呈半圆形、近扇形或不规则形，厚度约2～15cm；盖面灰白色、灰褐色至锈褐色，有同心环带和环沟；盖缘完整，圆而钝。菌肉棕褐色至深褐色，厚度约0.3～3.0cm，有环纹。菌管褐色，或有白色菌丝充填，多层；菌管长0.3～2.5cm；管口面初期呈黄白色，后变为灰褐色至黄褐色，每毫米间有管口4～5个。菌丝淡褐色至褐色，薄菌丝无色，常弯曲；有分支，壁厚、无隔膜，亦无锁状联合。孢子卵形或顶端平截，双层壁、外孢壁平滑，无色；内孢壁淡褐色至褐色，有小刺状突起。
免责声明：以上内容源自网络，版权归原作者所有，如有侵犯您的原创版权请告知，我们将尽快删除相关内容。
