投资领域负面清单管理模式的核心要义在于，对所有投资采用统一、透明的管理体制、方式和相应措施，但对不适用这种统一、透明的管理方式的特别领域及其特别措施，采用附件的方式予以详细列明。在这种模式下，负面清单只是整个管理体制的一份附件，重点不在负面清单本身，而在于清单所依托的统一透明的管理体制、方式和相应措施，但上海自贸试验区试行的负面清单管理模式当前还没有理顺清单本身与相应管理措施之间的联系，或者说清单背后的规则体系缺乏透明度。
2013年9月，上海自贸试验区公布的第一版负面清单主要基于中国外商投资产业指导目录进项编制，2014年公布的第二版负面清单也是在2013版的基础上之上进行压缩、整合和调整。但是，外商投资产业指导目录本身并不是中国管理外商投资的具体法律法规。所有的禁止投资领域、限制投资领域及其限制措施都有相应的其他法律法规予以具体规定，而外商投资产业指导目录并没有清晰的列明禁止或限制目录的法律依据，很多限制类投资领域也没有说明具体的限制性措施。[6]或许外商投资产业指导目录默认为目录外的产业及项目，都有公开、统一、透明的管理规则体系可遵循，但事实上，当前国内与投资管理相关的法律法规主要以部门立法为主[7]，特别是与市场准入、国民待遇等相关的实体性限制性措施往往散落在不同主管部门制定的部门规章或指导意见等行政性文件之中，甚至同一行业涉及投资不同生命周期阶段的限制性措施也分散在不同主管部门制定的部门规章或指导意见等行政性文件之中。其造成的后果是，外商投资产业指导目录本身成为了一份透明度极其欠佳的政府文件。
上海自贸试验区负面清单管理模式的主要文件即负面清单的编制几乎完全基于明显缺乏透明度的外商投资产业指导目录进行编制，不仅导致负面清单本身的透明度偏低，而且继承了外商投资产业指导目录的最重要的弊病之一——其背后的规则体系缺乏透明度，因为清单没有理顺清单所列的限制性行业及其限制性措施与清单背后的规则体系的关系，导致的后果是试验区的负面清单管理模式仍然没有改变传统管理模式中的那种“意大利面碗”式的投资管理规则体系，没有做到真正的统一、透明。
表15.1 上海自贸试验区负面清单与美国BIT负面清单的比较
注：美国BIT负面清单是国际条约义务例外的清单，上海自贸试验区负面清单是国内法适用上的例外清单，两者属于不同性质的清单，以上比较供参考。
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