1997年12月，山东省体委与山东电力集团公司协商，将原济南泰山将军足球俱乐部移交省电力集团公司管理，并改组为股份制有限公司。1998年1月5日，山东鲁能足球俱乐部股份有限公司和山东鲁能足球队正式挂牌成立。济南泰山将军队，以7胜7平8负，进19球失22球，获得联赛第6名。但在当年的足协杯上，因客场进球少，被申花淘汰，第一次没进入到4强。
1998年，鲁能集团接手山东足球，鲁能泰山队在当年的联赛中，以8胜8平10负，进37球失40球，名列第9，第一次没进入联赛的前六名。当年的足协杯，山东队在半决赛被申花淘汰，没能晋级决赛，获足协杯赛第三名。
1999年，这是山东足球20年后再次辉煌的一年，在桑特拉奇的带领下，鲁能泰山队以13胜9平4负，进33球失13球，首捧顶级联赛冠军。在年底进行的足协杯决赛中，凭借罗梅罗的3个进球，3：2击败大连实德队，获得冠军。山东鲁能泰山足球俱乐部也是中国足球联赛职业化以来，首个实现在一个赛季获得“双冠王”的球队。
2000年，联赛第五名，足协杯赛第三名，超霸杯亚军。
2001年，联赛第六名，足协杯赛第三名，亚冠联赛东亚区第三名。
2002年，联赛第四名，足协杯赛进入十六强。
2003年，联赛第十二名、足协杯赛进入八强。
2004年，自1994年中国足球职业化以来的的第十个年头，中国足球超级联赛创立，来代替中国足球甲级A组联赛，而中国足球甲级B组联赛成为新的中国足球甲级联赛。山东鲁能队获得联赛第二名，足协杯赛冠军，中超杯赛冠军。这是距离“三冠王”最近的一次。
2005年，联赛第三名，足协杯赛亚军，中超杯第三名，十运会冠军，亚冠联赛八强。
2006年，联赛冠军、足协杯赛冠军。
2007年，联赛第三名，东亚A3联赛亚军。
2008年，联赛冠军。
2009年，联赛第四名。
2010年，联赛冠军。
2011年，联赛第5名，足协杯赛亚军。
2012年，联赛第12名，足协杯四强。
2013年，联赛亚军，足协杯十六强。
2014年，联赛第四名，足协杯冠军。
2015年，联赛第三名，中国足球超级杯冠军。
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