联合国第三次海洋法会议筹备期间及会议期间，各国就军舰通过领海的问题展开激烈的斗争。
中国在向海底委员会提出的《关于国家管辖范围内海域的工作文件》中建议：“沿海国依照该国的法律和规章，可以要求外国军用船舶应事先通知该国主管机关或经该国主管机关事先许可，方可通过该国的领海。”
塞浦路斯、希腊、印度尼西亚、摩洛哥、菲律宾、西班牙和民主也门八国在海底委员会中提出的条文草案，与上述中国的建议是一致的，但包含了关于无害通过意义的较为具体的规定。该条文草案中的“经由领海的无害通过权”部分关于军舰的分节的条文如下：[40]
“D分节 军舰
“第二十一条 沿海国对外国军舰经由其领海的通过，可以依照在该国有效的规章，要求事先通知其主管机关或经其许可。
“第二十二条 1.行使无害通过权的外国军舰应遵守沿岸国依照本条款和其他国际法规则所制定的法律和规章。
“2.行使无害通过权的外国军舰不得进行与通过无直接关系的任何活动，
诸如：
“（1）以任何种类的武器进行任何操练或演习；
“（2）全体船员进入战斗位置；
“（3）驾驶飞机飞行；
“（4）恫吓或炫耀武力；
“（5）从事任何种类的研究活动。
“3.可以要求行使无害通过权的军舰经由沿海国可能是为此目的而指定的特定海道。
“第二十三条 如果任何军舰不遵守沿海国关于通过领海的规章，而且不顾向该军舰提出的遵守规章的要求，沿海国可以要求该军舰离开领海。”
由上可知，中国的工作文件和塞浦路斯等八国的条文草案都明确提出了沿海国可以要求外国军舰事先通知或经许可。
英美法等海洋大国的主张则与上述国家相对立。体现这些国家主张的英国条文草案中的“经由领海的无害通过权”部分包含三节。第一节标题是“适用于所有船舶的规则”，其中第十四条规定，所有国家的船舶都应享有无害通过权。第二节标题是“适用于商船的规则”，第三节标题是“适用于政府船舶的规则”，其中关于军舰通过的第26条第2款规定：[41]
“（1）……
“（2）第一节中所包含的规则（包括无害通过权，通过的意义，无害通过的意义等）适用于军舰。
“（3）行使无害通过权的外国军舰在领海内不得做与通过无直接关系的任何机动动作。
“（4）如果任何军舰不遵守沿海国关于通过领海的法律和规章或未遵守本条款的要求，而且不顾对它提出的遵守规定的要求，沿海国得要求该军舰离开领海。”
从这个条文草案的规定中可以看出，军舰享有无害通过权。
在苏联、保加利亚、民主德国和波兰四国的领海条款草案中，有关外国军舰通过领海的权利的规定与英国的条款草案是一致的。该条款草案中的“经由领海的无害通过权”部分，包含四个分节。D分节的标题是，“适用于军舰的规则”。这个分节中的第二十六条明确规定：[42]
“包含在A分节的规则（包括无害通过权，通过的意义，无害通过的意义）应适用于外国军舰……但本公约中的规定应不影响军舰按照一般接受的国际法规则所享有的豁免权。”
上述两种基本立场，在第二委员会1974年加拉加斯会议期间编制的工作文件《主要趋势》中得到反映。但1975年的《非正式单一协商案文》只保留了反映美苏等国观点的条文，而反映第三世界沿海国要求的条文却被取消了。在1976年的第四期会议上，有30多个沿海国提出外国军舰通过领海必须事先通知沿海国或经沿海国许可。其结果是在1976年的《订正单一协商案文》中，将关于领海内无害通过的规则应适用于军舰的条文删去了。从1978年的第七期会议起，中国和其他20多个第三世界国家为进一步澄清这一问题，以免在适用中引起争论，一再提出联合提案，建议在案文二十一条（沿海国关于无害通过的法律和规章）中增列一项条款，规定沿海国有权按照本国法律和规章，要求外国军用船舶通过领海时应事先经该国许可或通知该国。支持提案的有30多个国家。英美法等西方大国，以及苏联和部分东欧国家等20多个国家反对。由于没有达到所谓“提供达到协商一致的大大改善的前景”的标准，联合提案未被接受。
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