总督、巡抚制度是明代新创的一项地方行政制度，为明代以前之朝代所无。
巡抚的设立，使明代地方组织增加了另一层行政机构，实现超越布政使的最高行政长官，对于明代的地方政治有莫大的影响。[11]关于明代巡抚始设之年代，自明后期起即有学者进行过讨论，也形成了许多不同的看法。[12]其实，明代之巡抚是经过了长期的发展后才确定的，总的说来，其设立可以分为几个时期。巡抚之名，起于洪武二十四年（1391年）派遣懿文太子巡抚陕西，但这与后来巡抚之性质不同。永乐十九年（1421年）四月，永乐皇帝派遣尚书蹇义等二十六人，巡视各地，此次出巡目的是安抚百姓，与后来巡抚之性质相近，但虽有巡抚之名，却没有巡抚之实。洪熙元年（1425年），派遣周干、胡槩及叶春等巡抚南直隶（设了南畿浙江巡抚），正式以巡抚之名视察地方，但设置并不普遍，范围仅及于南直隶一地，还只是临时性质，事毕即罢。宣德元年（1426年）至五年（1430年）间，又派大臣至各地巡抚，但也为临时性质，并未成为常设机构。宣德五年（1430年）九月，赵新、赵伦、吴政、于谦、曹弘、周忱等六人被任命为侍郎往各地督理税粮及司法事务并抚恤教化，巡抚职权渐明，且渐有划地分巡之趋势，可视为明代巡抚设立之始。但是，正式的巡抚制度尚未确立。正统年间，因行政及军事上的需要，在各地纷纷设立巡抚与镇守，至景泰四年（1453年），为使巡抚的事权专一，巡抚一律属于都察院系统，并加都御史衔，明代巡抚之制度才告确定。成化二十二年（1486年），基本上取消了巡抚回京议事的规定，而早在此之前又已准许巡抚携家属赴任，显示出巡抚一职的地方化。[13]
明代先后设立过顺天、辽东、保定、宣府、大同、山西、陕西、延绥、宁夏、甘肃、凤阳、应天、山东、河南、浙江、江西、南赣、福建、湖广、郧阳、四川、松潘、云南、贵州、广东、广西、登莱、偏沅、山永、天津、密云、安庐、昌平、通州、承德及屯田（天启三年始设，五年即废）等36个巡抚。明代巡抚的设立，并非一成不变，许多巡抚经过了裁撤、恢复或再裁撤的过程。与万历十年（1582年）两京十三布政使司相对应的，共有24个巡抚，即顺天、辽东、保定、宣府、大同、山西、陕西、延绥、宁夏、甘肃、凤阳、应天、山东、河南、浙江、江西、南赣、福建、湖广、四川、广西、云南、贵州。到明朝末年，则有30个巡抚，其中增加了郧阳、登莱、偏沅、天津、昌平、安庐6个巡抚。[14]
总督的设置不如巡抚普遍，更偏重于统军之权，同时因事特遣性质较为明显，地方性与稳定性都不如巡抚。其有管辖地方与管辖专务两种。例如，总督河漕、总督漕运，为管辖专务之总督；总督某地方军务，是管辖地方之总督。但管辖地方之总督也有代管专务者。
总督最早出现于永乐元年（1403年），当时成祖命陈瑄“充总兵关，总督海运，输粟四十九肆余石，饷北京及辽东”[15]。但这只不过是“专务总督”，一般意义的“地方总督”则是在正统六年（1441年）最先设置的云南总督，即中央为征讨云南麓川地区少数民族起事而用，此次总督的设置才可视为总督设置之始。但是，该总督断续设置不过五六年，无固定驻地，辖区亦不明显，此后的总督也因事而设，完成任务即撤。[16]成化五年（1469年）十一月，两广设总督之后，其职权开始较固定，并有常设化的倾向。此后，陕西三边、宣大、蓟辽、浙江等边方军事重地连续设置总督军务大臣。[17]成化十年（1474年）以后，逐步确定了总督节制巡抚的体制。[18]
据《明史》的记载，明代前后设置总督的地方共14处。万历十年（1582年）时，共4总督，即蓟辽（总督蓟辽保定兼巡抚顺天等处）、宣大（总督宣大、山西等处）、三边（总督陕西三边）、两广（总督兼巡抚广东地方）。明代后期，战乱连连，各地总督“置罢不常”，先后设置过川贵、保定、辽东宁远、河南山陕川湖、凤阳、河南湖广、九江等总督。至明亡，共为蓟辽、宣大、三边、两广、川贵、凤阳、河南湖广、九江八总督。[19]
明代地方行政组织的基本体系是由都、布、按三司与府、州、县所组成，但在中期以后，总督、巡抚体制逐渐在都、布、按三司之外形成了一套新的地方行政组织。
明代设置总督和巡抚的主要原因皆在于三司体制的内在矛盾。[20]明代，都、布、按三司分立是为了加强中央集权的需要，但对于处理地方事务却有不利之处，尤其在地方多事之秋，由于事权的分散，使得规模较大的突发事件不能得到及时有效的应付，对内不能绥靖农民起义，对外无法抵御强敌入侵。于是在宣德年后，经常向各地派出督抚，在所督或所抚地区内拥有军务、监察官吏、治理民事的综合权力，以克服都、布、按三司互不统摄，行政、军事、监察三权各自为政的缺陷。明后期，地方之行政、监察、军务诸政逐渐集中于督抚身上，使督抚成为统驭三司的地方最高官员，其辖区，也就成为两京十三布政司以外的一套新型的准政区。[21]
总督和巡抚的职权分工，大致为“分布调度、理饷程功，总督事也；缮边防、固城守、实行伍、辑士兵，巡抚事也”[22]，“总督主征集官兵，指授方略；巡抚主督理军政，措置粮饷”[23]。一般来说，总督的工作比巡抚更偏重于军事方面。其实，巡抚初设时，本以督理税粮、安抚百姓为主要任务，但是，正统以后，北方局势紧张，南方又有内乱，各地巡抚又渐掌军权，纷纷兼有“提督”“参赞”“赞理”及“协赞”等军务。到嘉靖以后，尤其是在北方，巡抚拥有更强大的军事权。而总督兼巡抚之职的例子也不少见。巡抚加提督衔，或总督加巡抚衔，使早期的巡抚也与总督互用，但其后总督成为高于巡抚的独立行政机构，两者便不能混为一谈了。[24]
就辖区而言，巡抚辖区与都、布、按三司的管辖地域之间存在三种关系：一是布司（或都司）相重或基本相重；二是只为某布司（或都司）的一部分；三是介于相邻布司（或都司）之间。[25]如，辽东、山东、河南等巡抚大致与布司相当；而北直隶有顺天、保定、宣府三巡抚，陕西有陕西、宁夏、延绥、甘肃四巡抚；有的相邻几个省合一巡抚，如南赣韶汀巡抚，辖江西二府（赣州、南安）、广东二府（南雄、韶州）、福建一府（汀州）、湖广一州（郴州）。巡抚每省皆有，但辖区范围一般比省小，甚至一省有几个巡抚。而总督所管辖的地方，也不按当时所设布政使司的定制，每一总督所管辖之广狭与分合皆临时以敕书规定。其管辖的范围一般比省大，如宣大山西总督即山西省加上宣府镇。而到明末，有的总督管辖至六七个省，如川贵总督在天启五年（1625年）复置时约辖四川、贵州、云南、广西、湖广、陕西六省之地，还有崇祯十六年（1643年）复置的河南山陕川湖总督也辖有应天、凤阳、江西、安庆、河南、湖广、四川、贵州等地。可见，巡抚和总督所辖的范围，并不以省境为标准而定。
总督、巡抚之职从临时性质变成常设之制，经历了很长一段时间，相应地其辖区也由置废反复、伸缩不定逐渐变成相对稳定。总督、巡抚的派遣在起初均属临时性质，与唐代的使职差遣事毕即罢一样。但明代后期，内外交困，阶级矛盾和民族矛盾都不断激化，内地和边境无一日无事，总督与巡抚之职也由临时派遣变为长期设置，由派往个别地区而扩大至全国各地，管辖范围由变动频繁到相对固定。于是总督、巡抚二职逐渐成为地方最高一级官员，巡抚成为连续性而不是间断性的派遣，与一般地方官员一样有制度化的离任与到任的交接手续，而且巡抚的职名由“巡抚某某地方”改为“某某地方巡抚”，都是从中央官员变为地方官员的标志。而且，总督的正式官称一般为“兵部侍郎兼都察院（副、佥）都御史总督某某地方军务”，巡抚为“都察院（副、佥）都御史巡抚某某地方”，表面上似为监察官员，但实际上，明后期已演化为凌驾于都、布、按三使的封疆大吏了。到正统以后，布政使地位下降，受制于总督、巡抚，而与此同时，明末的数十个总督、巡抚辖区也逐渐成为代替两京十三布政使司的准高层行政区划了。[26]
然而，督抚虽凌驾于三司之上，但其具体管理工作并非通过指挥三司来行事，而是经由所抚地区的道来实现的。[27]另外，明代督抚始终是中央派出的钦差大臣，均系兵部尚书、侍郎或都察院都（副、佥）御史衔，总督、巡抚某处地方，与三司之间名义上仍是中央官与地方官的关系，重大事务三司听其节制，地方上日常事务仍由三司管理。[28]所以，明代督抚的权力在布政使之上，但是从制度上看，其权力则在布政使之外。[29]
明代督抚虽然可以说是常设，但还不是定制。至于总督与巡抚正式成为地方官的制度，则是自清代开始的。清初为使督抚的辖区与省区统一起来，进行了一系列的调整工作，在督抚制度上改变了以往明代兼制领省州县和跨省的做法，又裁减和新设了一些督抚，努力使督抚与省制协调起来。
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