1.关于神不灭论与因果报应问题
中国自古就有神不灭及因果报应思想。那么，当佛教传入中国时，人们是怎样理解佛教的因果报应观?佛教也认为人死而神不灭的吗?《理惑论》说:
问曰:“佛道言人死当复更生，仆不信此言之审也。”牟子曰:“人临死，其家上屋呼之，死已，复呼谁?或曰呼其魂魄。牟子曰:神还则生，不还，神何之乎?曰成鬼神。牟子曰是也。魂神固不灭矣，但身自朽烂耳。身譬如五谷之根叶，魂神如五谷之种实。根叶生必当死，种实岂有终亡?得道身灭耳。”这是以中国人固有的灵魂不死观论证、解释佛教的轮回思想，是不确切的。并且，以根叶和种实来比喻形神关系，也不恰当。但牟子的用意是明白的，旨在说明灵魂不灭，要受轮回报应。所以，《理惑论》接着说:
或曰:“为道亦死，不为道亦死，有何异乎?”牟子曰:“所谓无一日之善而问终日之誉者也。有道虽死，神归福堂;为恶既死，神当其殃。愚夫暗于成事，贤智预于未萌。道与不道，如金比草;善之与恶(原文“恶”为“福”，据文意改——引者注)，如白方黑。焉得不异，而言何异乎?”可见，牟子鲜明地坚持神不灭论和因果报应的思想立场。但这种思想与其说来源于佛教思想的正确理解，不如说是以中国本土固有思想来附会佛家思想。陈兵先生指出，“这种顺应、利用中土本有观念来宣扬生死轮回、善恶报应的说法，固然有其有利于佛教在中土传扬的作用，但也给中土佛教的轮回报应说造成理论漏洞，使佛家原有的缘起中道的生死观，难于被中土人士全面、正确地把握。”[4]
2.关于佛教与儒家纲常名教的冲突问题
佛教传入中国后，与儒家纲常伦理发生了很大的冲突和矛盾。如何正确看待和化解这种冲突与矛盾，是《理惑论》作者所面临的重要问题。作为佛教信徒，他坚决地站在佛教立场为沙门辩护。
问曰:“佛道至尊至大，尧舜周孔曷不修之乎?七经之中不见其辞。子既耽诗书悦礼乐，奚为复好佛道喜异术，岂能踰经传美圣业哉?窃为吾子不取也!”牟子曰:“书不必孔丘之言，药不必扁鹊之方。合义者从，愈病者良。君子博取众善，以辅其身。子贡云:‘夫子何常师之有乎?’尧事尹寿，舜事务成，且学吕望，丘学老聃，亦俱不见于七经也。四师虽圣，比之于佛，犹白鹿之与麒麟，燕鸟之与凤凰也。尧舜周孔且犹学之，况佛身相好变化神力无方，焉能舍而不学乎?五经事义或有所阙，佛不见记，何足怪疑哉?”这里，“问”者从中国文化本位立场出发，责难牟子喜好佛道“异术”。牟子的回答值得注意，他已超越了本位文化立场，明确肯定佛教文化高于儒家文化。不过，牟子学习佛教的着眼点，在于所谓“佛身相好变化神力无方”，又是不足取的。他尚未理解佛法的精髓。
问曰:“黄帝垂衣裳制服饰，箕子陈《洪范》貌为五事首。孔子作《孝经》服为三德始。又曰:‘正其衣冠，尊其瞻视。’……今沙门剃头发，披赤布，见人无跪起之礼仪，无盘旋之容止。何其违貌服之制、乖搢绅之饰也?”牟子曰:“老子云:‘上德不德，是以有德;下德不失德，是以无德。’三皇之时，食肉、衣皮、巢居、穴处，以崇质朴，岂复须章甫之冠、曲裘之饰哉!然其人称有德而敦庞。允信而无为。沙门之行有似之矣。”
或曰:“如子之言，则黄帝尧舜周孔之俦，弃而不足法也。”牟子曰:“夫见博则不迷，听聪则不惑。尧舜周孔修世事也，佛与老子无为志也。仲尼栖栖七十余国，许由闻禅，洗耳于渊。君子之道，或出或处，或默或语，不溢其情，不淫其性，故其道为贵，在乎所用，何弃之有乎?”
这两段问答触及到儒家礼仪制度问题。东晋时期关于“沙门敬王之争”与“袒服问题之争”已在牟子问答中初现苗头。异国僧人“初来乍到”，他们的“奇装异服”和异常行为，使中土人士感到新奇怪异，有违儒家的纲常伦理。牟子目睹这种状况，明白世人及后世儒者必将据儒家伦理以反佛教，故自我设问——从儒家立场发问，又用儒家观点(兼用道家)给予解答。在这里，牟子还不怎么注重调和儒佛的不同点，反之，还着意指出两者的区别。特别是，还蕴涵佛教高于儒学之意。牟子所谓儒家“修世事”，佛老讲“无为”的观点，为后世替佛教辩护者所承袭沿用。
另外，“问”者从《孝经》所谓“身体发肤，受之父母，不敢毁伤”出发，指责“沙门剃头，违圣人之吾、不合孝子之”。特别是，“问”者从中国传统“福莫逾于继嗣，不孝莫过于无后”观念出发，批评“沙门弃妻子，捐财货，或终身不娶”，甚违福孝之行。牟子回答的要点是，对于旨在求道之志士而言，“身体发肤”算不得什么。僧人弃家修佛，未尝不合儒家经权之义。伯夷、叔齐饿死首阳，孔子称赞他们“求仁得仁”，而不责以无后。僧人出家修行就是为了修心成佛。成佛才是最大的孝。
3.关于佛教与道家、道教的关系问题
牟子对道家和道教的态度是区别对待，肯定道家而否定道教。《理惑论》中有数则问答都是针对道教、批判道教的。
问曰:“王乔、赤松，八仙之箓，《神书》百七十卷，长生之事，与佛经岂同乎?”牟子曰:“道有九十六种，至于尊大，莫尚佛道也。神仙之书，听之则洋详盈耳;求其效，犹握风而捕影。是以大道之所不取，无为之所不贵，焉得同哉!”牟子不相信道教所谓长生成仙之术，认为荒诞不经，故耻于把佛经和道书相提并论。
问曰:“道家云:‘尧、舜、周、孔，七十二弟子，皆不死而成仙。佛家云人皆当死，莫能免。何哉?”牟子曰:“此妖妄之言，非圣人所语也。老子曰:‘天地尚不得长久，而况人乎?’……吾以《经》、《传》为证，世人为验，而云不死者，岂不惑哉?”这是对道教长生之说的批判。牟子综合运用《老子》和儒家经传批驳不死之说，并以尧、舜、禹、文王、武王、周公等儒家相传的圣人之死“为验”，批判所谓“不死”之说，乃“妖妄之言，非圣人所语”。
问曰:“谷宁可绝不?”牟子曰:“吾末解大道之时，亦尝学焉。辟谷之法，数千百术，行之无效，为之无徵，故废之可。观吾所从学师三人，或自称七百、五百、三百岁，然吾从其学，未三载间，各自殒没。……且尧、舜、周、孔，各不能百载，而末世愚惑，欲服食辟谷，求无穷之寿，哀哉!”在这里，牟子通过“现身说法”表明辟谷不能使人长寿成仙，如果有的话，只能是自欺欺人。不过，牟子也有全盘否定辟谷之有助于健身长寿之嫌，可谓否定过头了。
今本《老子》道经部分有三十七章，佛教则有“三十七道品”，牟子自称“故法之”而“著三十七条”，又说“兼研《老子》”，可见，牟子是佛、道并重。比较而言，更重佛教。而对道教，则“抑而不信，以为虚诞”。这就是牟子对道家与道教的基本态度。
4.关于华夷之辨及沙门卑行问题
佛教作为一种外来的宗教文化，传入中土后，必然要与儒、道争取信徒。这样站在儒、道角度看，有损于自身利益。于是都利用华夷之防来责难佛教，“问”者说:“舍尧舜周孔之道，更学夷狄之术，不已惑乎?”牟子回答说:“昔孔子欲居九夷”、“禹出西羌而圣哲”、“《传》曰:‘北辰之星，在天之中，在人之北。’以此观之，汉地未必为天中也。“可见，牟子充分利用事实来说明华夷之防观念的狭隘性。他还指出，以华夷之防来评价学术之高低，是“见礼制之华而暗道德之实，窥炬烛之明，未睹天庭之日也。”
问曰:“佛道崇无为，乐施与，持戒兢就，如临深渊者。今沙门耽好酒桨，或畜妻子，取贱卖贵，专行诈给，此乃世之伪，而佛道谓之无为耶?”牟子曰:“工输能与人斧斤绳墨，而不能使人巧;圣人能授人道，不能使人履而行之也;皋陶能罪盗人，不能使贪夫为夷、齐……譬之世人，学通七经(按:“七”疑为“六”之误)，而迷于财色，可谓六艺之邪淫乎?……当患人不能行，岂可谓佛道有恶乎?”
所谓“耽好酒桨，或畜妻子，取贱卖贵，专行诈给”，当指印度商人。他们的服饰与僧服类似，牟子误以为沙门，故有此说。[5]或许，当时印度僧人中也有品行败坏如此者，那么，牟子为之辩护就显得文过饰非了。尽管牟子说，佛法是佛法，(个别)僧人是僧人，两者不能画等号。但毕竟，沙门卑行多少有损于整个佛教形象。
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