第一，粤桂合作具有鲜明的时代特色。对于政府间关系的研究国外有着比国内更长的研究历史，每一项具体研究都具备一定的时代特征，不同时期有着不同的研究特点。粤桂的实践探索丰富与提升了前人的研究成果。对于试验区当前的经济发展状况和现实条件来讲，值得借鉴的地方并不多，试验区本身的实践就是一个新的探索。国内的关于政府合作及其相关合作机制的研究视角较多，也有针对区域政府合作的典型案例的研究，但是因为我国地缘广阔，各个省、直辖市和自治区之间的经济、社会、文化的发展存在巨大的差异，在一定程度上，各地方政府间合作的基础、模式、机制、规范等也就不尽相同。试验区探索的是一个省际跨区域协同发展、东西部无缝链接、多领域、多维度高度协同的创新型区域发展模式。
第二，在区域合作发展过程中，不仅要积极发挥社会与市场作用，也要确立政府在治理区域事务中的主导地位。在进一步发挥政府在综合规划指导、基础设施建设等过程的重要作用的同时，发挥市场的基础性作用，优化资源配置。此外，试验区建设还需要动员社会的力量，从而使两省（区）政府之间的合作可以和谐、稳定地推进。
第三，在我国现阶段的政治体制大环境下，中央是主导，地方要服从于中央管理，二者处于上下级关系。对于试验区而言，两省（区）双方政府是平级关系，因此如何协调双方的关系就变得非常重要，直接影响到试验区的未来发展。正确处理好试验区内地市的关系对于试验区合作机制的构建有着非同一般的意义。处理这样的关系，可以把政府间的合同和协议甚至是法律作为协调双方关系的手段，也可以发挥两省政府的政策协调作用。
第四，强化区域管理与协调水平的方式有很多，其中最重要的是设立跨区域性的管理机构。建立经济合作区的管理机构，其性质要充分考虑园区的现实需要。根据试验区的实际情况，作为区域规划的结果，粤桂两省政府仍需要发挥好领导者的主导作用，为试验区的建设提供必要的政策、法律等制度环境支持，在区域内设立较为全面的区域协调管理机构。然而，不管是专门性的还是综合性的区域协调管理机构，其机构行使行政职权的过程中都需要有相关权威性以及法律法规保障。
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