临床上如何进行辨证论治，从中医学基础理论上看，实际上就是一个如何进行病机分析的问题，也就是如何在认真分析病机的基础上进行辨证论治的问题。但往往一般的医者在病机分析方面疑惑不定，拿捏不准，定性不当，抑或用药不精，影响了诊治的成功率和疗效。
（1）人体疾病的产生，都是由于人体在遭受各种致病因素作用后，包括自然界气候反常变化，风、寒、暑、湿、燥、火六淫之邪，对人体的生理、病理改变致病作用的结果，这也就是《内经》原文所谓的“夫百病之生也，皆生于风寒暑湿燥火，以之化之变也。”
（2）人体的疾病变化，从总的方面来看都可以用阴阳、气血、虚实来加以概括。在性质上可以总分为亢盛和衰退两大类，因而在治疗上也就可以相应的分为“补”与“泻”两种方法。这也就是《内经》原文的“皆属于上”、“皆属于下”、“盛者泻之”、“虚者补之”、“治热以寒”、“治寒以热”的道理。
（3）仅凭寒热虚实、温清补泻来治疗疾病是不够的，有时甚至不但不能够达到治疗目的，反而会产生新的问题。这也就是《内经》原文所谓的“而方士用之，尚未能十全。”“有病热者，寒之而热，有病寒者，热之而寒，二者皆在，新病复起。”
（4）如果要提高疗效，就必须进一步分析患者的发病机转，这也是《内经》所谓：“令要道必行，桴鼓相应，犹拔刺雪污，工巧神圣，可得闻之，可得闻乎？”岐伯曰：“审察病机，无失气宜，此之谓也。”
（5）分析病机的方法，首先是根据患者发病有关的各种表现进行脏腑定位，亦即首先确定患者的病变所在部位。这也是《内经》所举例之“诸风掉眩，皆属于肝……”等，然后进一步确定其症候性质，这也就原文中所举之：“诸躁狂越，皆属于火。”“澄彻清冷，皆属于寒”等；然后再进一步从相同症候中求不同，这亦是《内经》所举之：“诸热瞀瘛，皆属于火”，“诸痉项强，皆属于湿”，“诸暴强直，皆属于风”等等例子。这些例子说明，同一抽搐症状有的属于火，有的属于风，而有的又属于湿。临床症候相同，但症候性质上却不同。另外，从不同症候中求相同，这也是《内经》所举之：“诸转反戾，水液浑浊，皆属于热”，“诸呕吐酸，暴注下迫，诸属于热”，“诸胀腹大，皆属于热”……等例子。这些例子说明，呕吐腹泻、腹胀、转筋等在临床上虽然各不相同，但在症侯性质上却都属于热证完全相同。
然后，再进一步分析其所以然者，这也就是《内经》原文所谓：“有者求之，无者求之，盛者责之，虚者责之”。确定其是那一个脏腑，那一种病理生理变化在疾病中起主导作用，这也就是原文所谓：“伏其所主，先其所因。”“必先五脏”“寒之而热者取之阴，热之而寒者取之阳，所谓求其属也。”
（6）疾病的部位、性质确定，是哪一个器官，哪一个病理、生理变化起主导作用确定了，于是便可以根据分析结果进行相应治疗。再从治疗原则来说，治本是主要的，这里所谓的治本，即着重在治疗其原发情况，只有在无法弄清其原发情况下，才能根据其当前证候对症处理，这也就是原文所谓：“从内之外者，调其内；从外之内者，治其外；从内之外而盛于外者，先调其内而后治其外；从外之内而盛于内，先治其外而后调其内；中外不相及，则治主病。”从具体治疗措施上来说，要根据病情的急缓轻重决定治疗措施上的轻重缓急。这也就是原文所谓：“微者调之，其次平之，盛者夺之，汗之下之。”“气有多少，病有盛衰，治有缓急，方有大小。”要注意到药物的针对作用亦即归经问题，这也就是原文所谓：“寒热温凉，衰之一属。”“五味入胃，各归所喜，故酸先入肝，苦先入心，甘先入脾，辛先入肺，咸先入肾。”在用药上要注意到适可而止，不能滥用频用。这也就是原文所谓：“久而增气，物化之常也。气增而久，夭之由也。”“大毒治病，十去其六，常毒治病，十去其七，小毒治病，十去其八，无毒治病，十去其九。谷肉果菜，食养尽之，无使过之，伤其正也。”
以上各个方面，如果都能考虑到和做到，这样一定能够提高疗效，较有把握地恢复患者的健康。这就是原文所谓：“疏其血气，令其调达，而致和平”、“万举万全，气血正平，长有天命”。反之，如果不是这样全面的分析和考虑问题，那就是东碰西撞，只能把病愈治愈糟，根本谈不上正确的辨证论治。这也就是原文所谓“不知是者，不足以言诊，迷诊乱经。”“粗工嘻嘻，以为可知，言热未已，寒病复始。”
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