我国在开展合理用药方面也做了一些工作。2002年，国家卫生部和国家中医药管理局联合发布的“贯彻落实医疗机构药事管理暂行规定”中已明确指出，未来医院药学的重点是以合理用药为核心的临床药学工作，并将逐步建立起临床药师制度。在医药卫生体制三大改革的推进和深化过程中，“以药养医”的现象将会渐渐被消除。在医疗机构自制制剂不断萎缩、门诊药房剥离等“医药分业”措施的影响下，医院药剂科求生存、求发展，就必须摆脱传统的辅助科室局面，向直接服务于病人、涉足临床区域的主流科室发展，就必须努力实现从单一供应型向科技服务型的转变。为了加强对药品生产和使用环节的科学管理，保证人民防病治病的基本要求，适应医疗体系改革，国家制定了《国家基本药物目录》，成立了国家药品不良反应中心，开始制定某些疾病的标准治疗指南等。2004年国家颁布的《抗菌药物临床应用指导原则》，这是我国第一次颁布某一类药的合理使用指南，充分体现出国家各级部门对临床合理用药的重视，也为临床药学人员在全院范围内更深入地研究抗菌药物合理使用提供了依据。2005年中国药学会医院药专业学委员会提出了《优良药房工作规范》，这对药房和药师是十分重要的，是搞好我国医疗机构药学工作和临床药学的基础，使药学能够跟上不断前进的卫生改革形势，为提高我国药房工作水平，保证人民用药安全，可起到积极的作用。一些学术团体、科研机构和医疗机构在循证医学、药物经济学、临床药学、合理用药的信息自动化、合理用药的科普宣传以及人员培训等方面，都开展了一些研究工作。
但是，我国开展合理用药工作在总体上与发达国家以及做得好的发展中国家相比，还存在较大的差距。如缺乏促进合理用药的总体规划；在管理上缺少符合国情的权威的评价指标和方法；基础研究薄弱，许多领域还是空白；在合理用药的信息管理、信息技术、信息服务方面，难以满足医务人员和人民群众的需要；缺乏有效的技术手段等。
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