食品生产经营者开展卫生管理的组织体系，包括管理机构和人员、管理内容、管理方法和管理对象，完善的管理体系应该确保管理始终处于持续的适宜性、充分性和有效性。
一、管理机构和人员
食品生产经营规模大、从业人员多、生产经营环节多的食品生产经营单位应设置食品卫生管理部门，设专（兼）职食品卫生管理员，对本单位的食品卫生负全面管理职责。集体用餐配送单位、加工经营场所面积1 500m2以上的餐馆、食堂及连锁经营的生产经营者应设专职食品卫生管理员，其他生产经营者的食品卫生管理员可为兼职，但不得由加工经营环节的工作人员兼任。一些小单位通常是由单位负责人直接履行管理职责。
作为一个较为完善的食品卫生管理机构的人员设置，基本框架如下：
1.第一层次 也即最高管理责任者，是食品生产经营单位的法定代表人或负责人，也是食品卫生安全的第一责任人，对本单位的食品卫生安全负全面责任。部分单位也有委托他人代为行使管理权。
2.第二层次 是专（兼）职食品卫生管理员，负有对单位各个与食品生产经营相关的部门执行食品卫生管理法律法规、规章制度情况进行检查、督促、指导职能。
3.第三层次 是与食品生产经营相关的各个部门负责人，如宾馆的餐饮部负责人等，同样具有管理本部门食品卫生状况的职能。
4.第四层次 是班组负责人，如综合性餐饮单位的白案、红案班组长。
5.第五层次 是面广量大的食品生产经营一线操作工人。尽管处于整个管理机构的最底层，但是其食品卫生管理制度执行情况的好坏，对整个卫生安全系数起到了最直接的作用，因而也是整个食品卫生管理的重点对象。
另外，有一些单位也聘请了长年律师顾问，这应该是对整个管理机构在法律方面的有益补充。
二、管理内容
要管理的对象不同，管理的重点内容和方法也不同。在整个管理体系中的管理内容主要是对国家相关食品卫生法律法规、规范、标准、食品卫生知识、单位的规章制度、岗位责任制、操作规程的掌握、执行和改进情况以及其他与保证食品安全卫生有关的其他管理工作。
三、管理方法
（一）行政方法
是指依靠单位行政组织的权威，运用命令、指示等强制性的行政手段，对下属施加直接影响的管理方法。行政方法具有强制性、垂直性、具体性和无偿性。该种方法最经常使用，也为管理者最乐意使用，但要做到适时、适情、适度。
（二）经济方法
主要通过工资、奖金、罚款、福利等手段来实现微观管理的职能。经济方法的功能在于最大限度地调动各方面的积极性、主动性、创造性和责任感，变外在的强制性管理为内在的自觉的管理。在运用该方法时应当注意经济标准必须切实、合理。
（三）法律方法
法律方法是一种运用法律规范和具有法律规范性质的各种行为规则进行管理的方法。法律方法的内容和形式是多种多样的，但它们的共同特性是强制性、规范性、概括性、稳定性和可预测性。一般用得不是很多。
（四）思想工作方法
思想工作方法是一种旨在提高人的素质的管理方法，它通过对政策、法令的宣传和理想、道德的教育以及其他精神激励，提高人们的认识，改变人们的思想，使人们建立起与组织系统一致的价值观念，自觉地为实现组织目标而努力。思想工作方法的主要特性是目的性、科学性、启发性、艺术性和长期性。
思想工作方法是最为灵活的工作方法，它需要针对不同的对象，根据不同的情况采取不同的形式，管理者应当善于从实际出发，把握好时机，灵活运用思想工作的具体方法，以求获得最佳效应。
四、管理对象
按照层级管理的原则，在管理机构框架组成中，处于下一位次的机构人员即为上位次管理机构和人员的管理对象。
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