金融物流监管面临的风险包括金融物流业务关联方违约风险、监管协议明确约定的各方责任，以及金融物流业务运作组织管理的任何环节可能带来的风险。在金融物流监管业务中，因为管理制度不落实、管理责任不明确等原因造成的风险，都可能对第三方物流企业造成很大损失。因此，金融物流业务的操作风险就是金融物流监管面临的主要风险。
1.违约风险
一般来说，第三方物流企业需要承诺按照监管协议的有关约定履行监管责任，承诺对自身原因造成的银行等金融机构的损失承担赔偿责任。根据国际惯例，金融物流监管需要承担履约保证、协助实现质权、货物检査验收、质押物管理、质权行使协助等责任。履约保证责任可以通过约定来实现，但内容已经超越了传统物流供应商的服务范畴，成为一种新的服务模式和业务形式。
在金融物流的现实业务中，因为质押物大多是大宗货物，银行等金融机构不方便直接占有并控制融资企业的质押物，而是办理必要的法律手续委托第三方物流企业作为监管人，从而完备交接环节。如果第三方物流企业疏于管理，出现质权不成立的情况，则有可能向银行等金融机构付出巨额赔偿。因此，为了方便融资企业的资金或货物周转，第三方物流企业有时允许质押物在质押期间内置换，而我国法律目前也没有明确规定允许或禁止流动质押方式。
第三方物流企业采取流动质押方式，每次置换质押物都要办理相应的出质和转移手续，双方不但要签署抵押权协议，还要办理相应的抵押权登记。而质押物的实际位置一般离第三方物流企业最近，银行等金融机构一般要委托第三方物流企业协助办理抵押权登记。但在金融物流业务运作过程中，第三方物流企业需要承担哪些责任，银行等金融机构应与第三方物流企业事先达成一致。
第三方物流企业承担质押物的验收责任，但不同品质的质押物价格也会不同，品质鉴别一般需要专业工具与相应资质。因此，质押物的品质控制是第三方物流企业监管的一大难点。在金融物流业务的实际操作中，一般采取约定检验和视同检验两种方式：对大家有异议的商品品质，将商品送到有资质的商品检验机构检验，即约定检验；由国家权力机关（如海关、商检等部门）检验过的商品，可以视同已经检验，即视同检验。因此，第三方物流企业一般只承担表面审査、单据审査和外观审査等部分责任。
按照与银行等金融机构的协议或约定，第三方物流企业承担质押物的管理责任。因此，第三方物流企业要对银行等金融机构做出一定的控制质押物的承诺。在质押物监管期内，如果因为第三方物流企业的原因出现单货不符、大单小货、一货多单等影响银行质权的情况，第三方物流企业应当承担相应的责任。
具体来说，质押物的监管风险可分为以下几种。
（1） 约定放货或按照银行等金融机构指示放货的责任。在金融物流的监管业务中，按照银行等金融机构的指示或按照协议约定释放质押物是一个基本原则，但有可能出现无单放货或不按照协议约定放货的情况。
（2） 按照行业需要或客户要求管理货物的责任。在金融物流的日常监管操作中，第三方物流企业应该根据国家法律或行业惯例履行质押物的保管责任，加强质押物的日常养护与盘点。如果因为自身原因造成质押物损失，第三方物流企业应当承担相应的赔偿责任。
（3） 因意外事故或自然灾害造成的质押物风险。我国沿海地区夏季多台风，沿江流域夏季经常有洪水威胁，有些地区还处在地震带上，因此，第三方物流企业应该尽量降低意外事故或自然灾害对质押物造成的不利影响。
第三方物流企业协助处理质押物也存在一定的风险，一旦融资企业贷款逾期，银行等金融机构就会通过留置、变卖、委托拍卖等一系列行使质权的行为保全债权。在协助银行等金融机构处理质押物时，第三方物流企业一定要根据协议，按照法律规定正当处理，以满足银行等金融机构以及融资企业的合理诉求。
2.经营管理风险
金融物流监管常常是多点、多品类质押物监管，甚至还会涉及多个物流环节监管，第三方物流企业很可能因为内部管理制度不完善、贯彻执行不力等原因出现某些经营风险。例如涉及签约、单证签发、日常盘点以及放货等很多根本性的制度规定需要清晰明确，这些都是风险控制的要点，一旦规定不明确或者执行不力，就会造成第三方物流企业的运营风险。
金融物流监管业务涉及多个岗位，需要多人协同，如果管理不到位或培训不到位，也会造成第三方物流企业面临很大的风险。如果第三方物流企业的组织结构不清晰，也有可能造成管理职能界定不清或职能无法履行等问题，因而带来不必要的运作风险。因此，第三方物流企业的组织结构合理与否，将会直接影响着金融物流监管业务的正常运作和管理风险。
3.操作风险
金融物流监管的操作风险较为常见，相对来说也比较容易察觉，一般都是因为操作员上岗时间短、业务不熟练等原因造成的。在融资企业的质押物监管期间，第三方物流企业经常需要进行仓储、运输、报关等方面的正常操作，各种风险有可能单独出现，也可能多种同时出现。
一般来说，融资企业的质押物在运输途中存在交通事故风险；行驶在高速公路上的集装箱货车后门开关可能断开，质押物抛洒路面造成货损；质押物出入库过程中，因为叉车操作失误等原因出现货损等，这些问题都会给相关企业造成较大损失。因此，第三方物流企业需要选拔具有过硬业务素质的监管人员从事金融物流监管工作。
4.银行等金融机构带来的监管风险
银行等金融机构出于自身风险控制的需要，一般都会站在保全自身利益的角度从各个方面考察其业务风险，从而不可避免地出现了风险转移的情况。银行等金融机构一般需要审核第三方物流企业的资质，在与专业物流企业签订总对总监管协议时，也会全面考察其运营能力和管理水平。
目前，我国从事金融物流监管业务的物流企业主要包括中远、中储、中外运、五矿物流（五矿物流集团有限公司）等一些大型物流企业，它们都是由国内外银行等金融机构认可的第三方物流监管企业，资信状况良好。一般来说，这些企业的总公司层面上大都没有问题，但具体到每个监管仓库，如果监管企业的子公司或独立法人的规模较小，银行等金融机构发放贷款的限制条件就会较多。在监管的质押物转移过程中，这些监管企业经常出现质押物从一个分公司到另一家分公司流转的情况，因而对于风险划分就会变得比较复杂。
最近一段时间以来，一些地区性银行等金融机构对金融物流的认识还不清楚，风险控制水平又低，但它们看到金融物流的良好业绩以后急于开展该项业务，这就不可难免地存在将风险转移给第三方物流企业的问题。即使地区性银行等金融机构能够按照协议办事，但在非授信业务运作模式下，较低的风险控制水平也会影响到金融物流参与各方的利润获得和良好的合作氛围。因此，全面评价地区性银行等金融机构的风险控制水平、金融物流资质、人员配备与素质等方面的内容，并与融资企业的业务密切度、信誉度的全面评估紧密结合十分必要。
信用管理是银行等金融机构的重要工作内容之一，银企合作的首要前提就是良好的信用。银行等金融机构一般都会通过信息收集、资信调查、授信额度管理、企业财务评价等方面对融资企业进行全面考察，全面评价质押物的价值、市场发展趋势等情况，以及贷款金额占质押物的当前市场价值比率等。银行等金融机构严格控制授信额度，防范企业不正常的产权与经营权变更，这就需要建立完善的金融物流信息系统。银行等金融机构针对中小企业开展金融物流业务，事实上某些大型企业也希望通过金融物流业务进行融资。因此，银行等金融机构的贷款分类标准有待完善，否则将会失去一些大型企业参与金融物流的机会，造成银行等金融机构的客户损失和业务损失。
我国的深圳发展银行、中信银行较早开展金融物流业务，已经制定了详细的规章制度和操作流程，并在贷款前、贷款中、贷款后期都制定了明确的管理办法。这些银行防范意识到位、管理措施合理，因而很好地预防了金融物流融资业务的风险发生。然而，随着地区性银行等金融机构逐步涉足金融物流领域，金融物流风险控制或多或少地出现了一些疏漏，导致某些银行等金融机构的信息管理不到位，忙于开发业务范围，忽略操作规程和风险控制，因而出现了不同程度的运作风险。因此，第三方物流企业应该尽量选择与总公司有合作协议的银行等金融机构。如果子公司确实需要与地区性银行等金融机构开展金融物流业务，那就应该加强风险防范意识，避免这些银行等金融机构不负责任的转移风险行为的发生。
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