通过对我国沿海三疣梭子蟹种质资源调查与评估（高保全等，2007；樊祥国等，2009；李鹏飞等，2007），确定鸭绿江口、莱州湾、海州湾、舟山4个地理群体为育种基础群体。2005年9月份进行种质资源收集，其中三疣梭子蟹鸭绿江口野生种群采自辽宁省丹东市鸭绿江入海口近海，莱州湾野生种群采自山东省昌邑市下营港近海，舟山野生种群采自浙江舟山群岛近海，海州湾种群采自江苏连云港市海州湾近海。2006 年3月份从基础群体中选择个体大、活力强、抱卵雌蟹构建育种核心育种群体。核心育种群体的标准化培育：当亲蟹腹部卵块呈黑灰色，镜检膜内无节幼体心跳达200 次 / 分钟左右，及时捞出亲蟹，每笼5只亲蟹，吊入培育池，按满水体计算幼体密度，密度控制在3万尾 / 立方米，当一个苗种培育池幼体数量达到要求后，迅速将亲蟹笼转移至下一育苗池。培育同常规方法，不同培育池同一阶段的培育条件一致。幼体达到Ⅱ期幼蟹，采用等比例混合方式进行放苗，每个亲蟹各取1 000尾蟹苗，转移到室外保种池养殖。根据Doyle和Talbot提出的计算有效群体含量的计算公式，对2008年核心育种群有效群体含量评估，制定合理的保种模式，既节约越冬成本，又要避免近交衰退。
*亩为非法定单位。考虑到生产实际，本书继续保留，1亩5 666.73。
群体有效含量（Ne）：
式中，T：保种场父母本留种的总数，S：苗种生产中产卵的父母本个体数，Nn：新补充到保种群中的亲本数目。其中，Nnm：雄性亲本，Nnf：雌性亲本，Nr：新补充到保种群中产卵的亲本数目。其中，Nrm：雄性亲本，Nrf：雌性亲本，L：为世代间隔。
近交系数增量的计算公式
采用随机留种计算群体有效含量的公式：
式中，Ns为保种群中雄蟹的个数，Nd为保种群中雌蟹的个数
采用随机留种方法，计算需要雄蟹的公式：
为评估选择后的累计进展，利用普通商品苗种，建立同步对照组，每口池塘5亩，各放养5口，同步放养Ⅱ期蟹苗，密度3500尾/亩，同样条件下进行养殖。收获时从核心育种群体、野生对照群体中随机取100个个体，用游标卡尺测量全甲宽精确到0.1mm，用电子天平测量体重，精确到1 g，统计成活率。
为增加核心种质的遗传多样性，每代大约在5%留种率下，选择大规格、健康个体，采用人工定向交尾技术，按照1♂ 31♀进行配种，在室内完成交尾。交尾后的雌蟹，转移至越冬池，采用地下水节能技术进行室内越冬。
近交系数Ft与近交增量ΔF的关系式：
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