一是保税物流中心（B型）和对外开放口岸的关系。口岸是经国家批准对外开放的窗口，是货物和人员进出的通道。保税物流中心（B型）和口岸是相互促进的关系，设立保税物流中心（B型）可以丰富口岸的功能，实现进出口货物保税政策优势。企业可以在中心所在地海关报关，货物入中心视同出口，享受出口退税政策。进口货物进入中心保税，货物境内销售时，可以办理进口手续。随着全国通关一体化，可以实现在玉溪报关，全国通关。玉溪选址建设保税物流中心（B型）时，应结合对外开放口岸规划，和口岸对外开放相互补充、相互促进。
二是保税物流中心（B型）和内陆港的关系。内陆港也叫无水港，指在内陆地区建立的具有报关、报验、签发提单等港口服务功能的物流中心。在无水港内设置海关、动植物检疫、商检、卫检等监管机构，为客户通关提供服务。同时，货代、船代和船公司也在无水港内设立分支机构，以便收货、还箱、签发以当地为起运港或终点港的多式联运提单。内陆的进出口商则可以在当地完成订舱、报关、报检等手续，将货物交给货代或船公司。无水港除了没有港口码头装船、卸船的操作外，其功能与港口基本相同。保税物流中心（B型）和内陆港是相互依存、相互促进的关系，很多地方是依托保税物流中心（B型）建设无水港，将港口通关功能延伸到内陆，实行“属地申报、口岸验放”通关模式，整合物流链条，将保税物流的功能延伸到无水港，即按照保税物流中心（B型）模式建设无水港，同时加强和沿海港口、口岸的合作，形成便捷的出口通道。
三是保税物流中心（B型）和城市功能的关系。保税物流中心（B型）为企业提供综合物流服务，能在进出口物流中发挥“采购中心、配送中心、分销中心”的作用，有利于促进产业聚集和区域聚集。因此，玉溪在建设保税物流中心（B型）时，要充分考虑与城市配套功能、城市交通系统、城市产业分布等配套，符合城市整体发展方向，同时要符合城市总体规划和土地利用规划等。此外，考虑到产业集聚效应，在具体选址时还应考虑预留发展空间，未来若有大型入驻项目，可以在保税物流中心（B型）的基础上，升级建设为综合保税区。
四是保税物流中心（B型）和物流通道建设的关系。我国目前批准建设保税物流中心（B型）一般都将公路、铁路、空运作为主要的运输手段，选址上紧邻高速公路、城市快速干道设置，或依托铁路场站、机场设置，同时依托该保税物流中心功能定位和产业集聚，形成对外集疏运交通体系。玉溪保税物流中心（B型）的建设，要在充分调研论证通海蔬菜、水果出口物流渠道的基础上，结合玉溪泛亚铁路和高速公路交汇交通优势，科学选址，合理布局，加快建设，尽快形成全省重要的保税物流中心。
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