明朝开国皇帝朱元璋死后，由于皇太子朱标于洪武二十五年先他而死，于是由皇太孙朱允炆即位，这就是建文帝。
由于太祖在世时实行分封制，各地藩王都强权在握，拥兵自重，这让建文帝深感不安，于是采取“削藩”的建议，以巩固皇权。诸王中燕王朱棣势力最大，他担心自己被废，于是以讨伐齐泰、黄子澄为名，起兵谋反。就在朱棣攻入南京时，皇宫已是一片大火，而建文帝却不见了踪影，这就是历史上有名的“靖难之役”。
数百年来，建文帝的下落成为一桩争讼不休的历史悬案。
据永乐年间修撰的《明太祖实录》中记录，建文帝死于宫中大火中。当时燕王军队兵临城下，将宫城团团围住，建文帝深知朱棣是个贪权尚武、残暴无情的武夫，落到他手上就绝没好下场，于是放火，然后自己纵身于火海之中。当燕王军队开进皇宫时，宫中已是一片火海。
为了不留下“杀侄夺位”的骂名，朱棣在发现烧焦的尸体时又假装痛哭流涕，声称自己出兵是为了辅佐建文帝。但是，太监在火后余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，而建文帝是活是亡无从得知。燕王为让天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其坟墓位于何处，也无人可知。
还有一种说法，认为建文帝“出逃为僧，流落民间”。在南京攻破之时，建文帝从地道逃出了皇宫，削发为僧，从此隐姓埋名浪迹江湖。在明成祖死后，他又回到京城，住进西内，死后葬于京郊西山。
朱棣登位后，一直不相信建文帝已经死了，曾多次派心腹大臣到处访问，向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，借机重新整理僧人的名册，对当时所有的僧人进行了一次全方位的调查。从永乐五年起，还派人以寻访仙人为名到处搜寻，涉及大江南北，前后共二十余年。
在民间流言中，在许多地方都有建文帝的踪迹与传说。有的说建文帝逃到云贵地区，而且辗转到了南洋地区，直到现在，云南大理仍有人以惠帝（建文帝）为鼻祖。
有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年在此病亡，埋于庵后小山坡上。
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