人为分类向自然分类的过渡

18世纪后半叶，人们对动、植物的认知依然处于大幅度增长的时代。林耐所建立的分类等级、体系以及规定学名的二名法继续发挥着重要的作用。可是，随着生物新种类的不断增多，一些植物分类学家意识到，分类学不能只拘泥于林耐的以雄蕊数目这样一个标准或少数其他辅助性标准来对植物进行分类，而应该对多种属性进行观察、比较与综合，按照类似性（其实是亲缘关系的反映）的程度进行分类才是比较合理和近于自然界真实的。这种新的分类方法谓之自然分类法（natural classification）。自然分类学者认为，依据自然分类法所建立起来的分类体系才是最接近于“自然秩序”的，即最接近于生物在进化上的亲缘关系。其实，林耐也进行过自然分类，在其《植物哲学》一书中，挑选出68个自然分类群，但是他明确表示“不过是尝试”。林耐的认识远没有达到自然分类学者的认识高度。

在植物分类学史上，法国植物学家阿当松在1763年出版了作为说明自然分类新理论、新体系的著作《植物科》（Familles naturelles des plantes）。阿当松主张，植物的分类应该在考虑所有性状的基础上进行，这种观点被认为是自然分类的理论基石。阿当松还在分类等级中，在属之上设立了科（Family）这一等级。并在科的下面设立了section一级，相当于今日之亚科。他并且至少依据7种性状，将其认知的1 615个属归到58个科中去。他的自然分类主张在其生前并没有受到人们的重视与认可，而是过了近两个世纪之后，到了1960年代，他的理论及著作才受到重视，成为分类学家及科学史家重新研究的目标（Stafleu，1963，1966）。

法国植物学家底鸠休（A.L.de Jussieu，1748—1836）在科学史上被称作是自然分类体系的创始者。他在其主著《植物属志》（Genera plantarum）（1789）中，对人为分类体系进行了批评，并对建立自然分类体系的合理性做了论证。底鸠休认为，自然分类体系的使命是把被人为分类切断开的分类群重新按照自然本来的连续性加以安置定位。

科学史家认为这本书的出版标志植物学与分类体系学迎来了新时代，而该书又恰逢在法国发生大革命之年的1789年出版，故也被科学史家称为植物学或植物分类体系的“革命之作”。

现代植物分类学史家斯特温司（Stevens，1994）对底鸠休在其《植物属志》中所阐发的关于自然分类法的观点的理解是：自然分类法是要建立起能够把植物之间本来所具有的自然连续性（a natural sequence或a natural series）表现出来的分类体系。

底鸠休认为，物种是自然产生出来的，是分类的最基本单位。同一个种内的个体间具有其共同的特定的性状。一些种在种的特征之外具有若干相同的副次级性状（并不意味着不重要），就该把那些类似的种捆绑到一起，成为最小的捆（分类群），这便是属。在构成不同属的诸种之间若有一些共同的更加副次级的性状的话，便捆成科。以此类推。底鸠休的这种分类原则称为“副次性状原则”（the principle of subordination of characters）。他的分类是由种到属，进而到科，依次按着由下而上的顺序进行“捆绑”的，与林耐的分类体系恰好相反。林耐的分类体系则是按自上而下的顺序进行的，先定纲，纲之下再分目，目之下再分属。

底鸠休在《植物属志》所阐明的自然分类原则，在法国自19世纪初起就得到了底坎道尔（A.P.de Candolle，1778—1841）、拉马克和布朗（R.Brown，1773—1858）等分类学家的采用。而英国到1830年代还广泛使用林耐的分类法，后来通过布朗等人著作的介绍，英国分类学家才采用了底鸠休的分类体系，放弃了林耐的分类体系。

底坎道尔是瑞士植物学家，其先祖是法国的贵族。底坎道尔所著的《植物学原论》（Theorie elementaire de la botanique，1813）一书被译成德文与英文，对植物学发展产生了很大的影响。底坎道尔是底鸠休的自然分类法的继承者，他运用自然分类方法编写了许多植物志，其中记载了7 000多个新种，500多个新属。他的分类体系特别是高等植物分类体系成为英国植物学家、曾任林耐学会会长的本萨姆（G.Bentham，1800—1884）和英国植物学家、曾任英皇家植物园（Kew Gardens，又称邱园）园长、达尔文挚友虎克（J.D.Hooker，1817—1911）进行分类的依据。底坎道尔在1827年发表的《植物器官》（Organographie vegetale）成为植物器官学的基础。