与TRIPS协议相比，TPP保护的知识产权范围明显扩大了。除了TRIPS协议原先涵盖的《伯尔尼公约》《巴黎公约》，TPP第18．7条要求各成员必需加入《专利合作条约》（Patent Cooperation Treaty）《马德里议定书》（Madrid Protocol）《布达佩斯条约》（Budapest Treaty）《新加坡条约》（Singapore Treaty）《保护植物新品种国际公约》（UPOV）《世界知识产权组织版权公约》（WCT）《世界知识产权组织表演和录音制品条约》（WPPT）[108]，其中WPPT的保护范围不仅涵盖了《罗马公约》的内容，还包括网络作品。可见，除了保护集成电路的《华盛顿公约》没有被包括在内[109]，TPP保护知识产权的范围比TRIPS更广，程度也更深。
知识产权保护虽然只是TPP协议其中一章的内容，但是第18章的结构完整、内容丰富，仿佛就是一部知识产权保护国际条约。整章内容共分11个小节，包括Section A（一般条款）、Section B（成员合作）、Section C（商标）、Section D（国家名称）、Section E（地理标志）、Section F（专利与未公开的测试或其他数据保护）、Section G（工业设计）、Section H（版权与邻接权）、Section I（执行）、Section J（互联网服务提供者）、Section K（最后条款）。最后还有若干份附件，包括有关成员履行知识产权保护义务的过渡期和少量例外。
虽然第18章的大部分规定在TRIPS等其他知识产权协议中也曾涉及，但是其内容要比以往任何协议都要丰富。例如，与TRIPS协议只保护含酒精类产品和葡萄酒不同，TPP的地理标志保护范围没有限制，并且制定了详细的规则。“专利与未公开的测试或其他数据保护”这一节除了对一般专利提供保护外，对于专利药品也提供了特殊保护。一般国家在进口新的专利药品时都要求权利人提供药品的测试数据，包括临床使用数据，以确保药品的安全性。TPP要求各成员对这些未公开的测试和数据也要像对待专利一样提供保护，其中药品测试数据保护期至少5年，临床使用数据保护期为3年（第18．50条）。药品测试中若含有新的生物制品，则保护期至少为8年（第18．52条）。
生物制品虽然是从活性生物体中提炼出来的，属于药品成分之一，但是在美国的知识产权法律中，它与药品没有本质区别[110]。尽管有反对意见[111]，但是美国生物界普遍认为，生物技术的研发和获批上市比药品更加复杂，因此，权利人需要拥有更长时间的独占权。依据美国国会2010年颁布的《可支付得起保健法案》（Affordable Care Act），生物制品权利人对其知识产权享有12年的独占权。这也是美国在TPP协议谈判中开始所持的立场[112]。TPP最终确定生物制品保护期至少8年的规定，看来是各方妥协的产物。
至于何谓“新药”？TPP协议第18．53条对此界定为“药品中不包含在该国曾经批准过的化学成分”。澳大利亚、加拿大、新西兰等TPP成员的国民医疗保健计划都有政府采购药品目录。美国认为，这些采购目录使得许多美国生产的新药在这些国家的销售处于不利地位，甚至被当地政府排除在采购目录之外。因此，TPP这一问题的谈判重点是在成员政府制定的采购目录中增加新药品种，并且磋商定价机制[113]。与TRIPS协议采用《伯尔尼公约》保护著作权期限（作者有生之年加死后50年）不同，TPP协议第18．63条规定，著作权的保护期限为作者的有生之年加死后70年。单位作品或作者身份不详的作品，保护期为首次公开发表后的70年。
除了上述特别规定，TPP在知识产权执法方面也有一套完善的制度，包括成员的一般义务、权利推定[114]、强制执行措施、民事和行政程序及补救措施、边境措施、刑事程序及惩罚措施、公司贸易秘密保护[115]、加密传送节目的卫星和有线电视信号保护、政府购买正版软件等方面都有具体规定。美国国会于2002—2007年颁布的《贸易促进授权法案》（TPA）规定的知识产权谈判目标包括：①将现有的知识产权保护制度适用于数字媒体；②自由贸易协议的知识产权保护标准接近美国国内法的标准。
此前，美国签订的自由贸易协议都包括了下列条款：①著作权的保护期限延长至作者有生之年加死后70年，或者至授权发表后的50年，职务作品的保护期限至公开发表后的95年；②禁止废除或改变数字版权的管理；③禁止规避版权作品；④对于某些版权侵权行为，给网络服务供应商规定一定的责任。从TPP谈判的最终结果看，美国基本上实现了其知识产权保护的目标。
对于侵犯知识产权的刑事处罚，美国倾向采用与韩国签订的自由贸易协议中的相关规定，而澳大利亚、新西兰和新加坡等国则希望采纳《反假冒贸易协议》（ACTA）的规定[116]。在专利保护方面，美国希望将专利申请许可扩大至植物与动物品种、诊断、治疗和手术方法（如果上述方法涉及使用机器、有生产过程或者材料的复合使用）、现有产品在没有提高功效情况下的新形态和新的使用方法。尽管美国以往签订的自由贸易协议没有列入这些规定，除了ACTA，其余大部分内容这次在TPP中都有所体现。
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