在区域性股权交易市场监管体系构建上，首先要做到便利监管，防止监管过度，不恰当地增加监管成本，妨碍交易效率；其次监管体系必须有效防范金融风险，保护投资者利益。在这两个原则的指导下，在国家证券监管机构监督下以自律监管和地方政府监管相结合的监管体系的构建是符合当前区域性股权交易市场现状和发展需要的。
区域性股权交易市场应当注重自律监管与地方政府监管相结合。由于区域性股权交易市场属于新兴市场，应当鼓励各种交易创新，股权交易所等自律组织应更加贴近证券市场，能更好地理解市场是如何运作的，从而充分考虑市场的特性采取合适的监管活动。同时由于区域性股权交易市场尚处于发展阶段，其交易规则会随着市场情况发生调整，自律组织可以方便地根据市场条件变化对监管措施做出适当的调整。但是自律监管也有缺点，股权交易所为了吸引更多公司前来挂牌交易，有可能对违反自律规范的参与者采取放任主义态度，姑息纵容。为了弥补自律监管的缺点，必须引入政府监管。出于降低监管成本和提高监管效率的考虑，区域性股权交易市场所在地省、自治区、直辖市人民政府负责对区域性市场进行监督管理。我国非公众股份公司数量庞大，公司注册和管理实行的是属地原则。而且各地建立了区域性的股权登记机构，负责股权登记、托管、交易和清算。地方政府对挂牌企业的真实情况有充分的了解，才能对它实行有效的监管，才能有效控制风险。
由于中国地方政府竞争的现状，区域性股权交易市场仅由自律监管和地方政府监管有可能导致金融风险。中国的改革开放就是打破中央在经济上的高度集权，向地方放权的过程。分权式改革带来的是地方政府间的竞争。地方政府竞争是指一个国家内部不同行政区域地方政府之间为提供公共服务，吸引资金、技术等生产要素而在投资环境、法律制度、政府效率等方面展开的跨区域政府间的竞争。[34]应当说分权式改革对地方政府形成正面激励，政府间竞争在很大程度上推进了中国经济的转型和快速发展。[35]但是地方政府间竞争也会带来所谓监管竞争，也就是为了吸引投资，地方政府容易放松政府监管。为了防止地方政府放松对区域性股权交易市场的监管，需要中央政府对区域性股权交易市场制定一个统一的监管标准和制度框架。中国证监会也应当增加监督性职能，对地方政府的区域性股权交易市场监管进行监督。[36]
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