（一）脊髓
支配内脏活动的自主神经大多起源于脊髓，因此脊髓是内脏反射活动的初级中枢，可完成一些基本的反射，如血管张力反射、勃起反射、排尿、排便反射和发汗反射等。但这些反射平时受高位中枢的控制。如前所述，脊休克过后，这些反射均可恢复，说明脊髓对内脏活动的确有一定调节能力，但由于失去了高位中枢的控制，这些反射不能适应正常生理需要。
例如，排尿反射恢复后，排尿变得不完全、不受意识控制而导致尿失禁。
（二）低位脑干
低位脑干中有许多内脏活动的反射中枢，其中延髓具有特别重要的作用，许多基本生命活动（如循环、呼吸、消化）的基本中枢位于延髓，因此延髓有“生命中枢”之称。
（三）下丘脑
下丘脑是调节内脏活动的较高级中枢，其主要功能有：
1．对体温的调节 动物实验证实，体温调节的基本中枢在下丘脑。下丘脑的前部有散热中枢，后部有产热中枢，视前区-下丘脑前部存在着温度敏感神经元，既能感受所在部位的温度变化，也能对传入的温度信息进行整合。若温度低于或超过调定点水平，即可通过调节产热和散热活动，使体温保持稳定。
2．对摄食行为的调节 下丘脑内有摄食中枢和饱中枢。实验证实，如果毁坏动物下丘脑外侧区，动物拒绝摄食；用电刺激该区，动物食量大增，所以认为该区域内有摄食中枢。如果毁坏下丘脑腹内侧核，动物出现贪食；用电刺激该区，动物停止摄食，所以认为该区域内存在饱中枢。一般情况下，摄食中枢与饱中枢之间具有交互抑制的关系。
3．对水平衡的调节 水平衡的维持包括水的摄入与排出，在动物实验中损毁下丘脑可导致动物的烦渴与多尿，说明下丘脑与机体的水平衡调节有关。在下丘脑的前部存在着脑渗透压感受器，它能感受血液中的渗透压变化，从而调节下丘脑视上核和室旁核对抗利尿激素的合成和分泌，进而影响肾脏对水的排出。
4．对垂体分泌的调节 下丘脑能合成多种调节性多肽，这些多肽经垂体门脉系统到达腺垂体，促进或抑制各种腺垂体激素的分泌。
5．对生物节律的控制 机体内的许多活动能按一定的时间顺序发生周期性变化，这一现象称为生物节律。可分为日节律、月节律、年节律等。对人体来说，日节律是最重要的，如血细胞数、体温、促肾上腺皮质激素分泌等都存在着日周期的变动。
6．对情绪反应的影响 下丘脑有和情绪反应密切相关的结构，在间脑水平以上切除大脑的猫可出现张牙舞爪，毛发竖起，心跳加速，呼吸加快，瞳孔扩大，血压升高等交感神经亢奋的表现，好似发怒，称为“假怒”。近年来还证明，在下丘脑近中线两旁的腹内侧区存在“防御反应区”，刺激该区，可表现出防御行为。在临床上，人类的下丘脑疾病，也常常出现不正常的情绪反应。
（四）大脑皮质对内脏活动的调节
目前知道在大脑皮质各部中，边缘系统对内脏活动的调节具有重要作用，可调节呼吸、胃肠、心血管、瞳孔等的活动。是调节内脏活动的重要中枢，但其调节作用复杂多变。此外，新皮层对内脏活动也有一定的调节作用。
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