蔡元培在就职演说中已经确立了新北大的两大改造目标：“研究高深学问”与“砥砺德行”（“敬爱师友”可归并在后者）。他治校始终都强调“人格养成”的重要性，想方设法从各方面提高学生的修养。他后来更把“养成健全的人格，发展共和的精神”确立为普通教育的全部宗旨。[1]从前述他对第三类学生运动的态度可以看出，人格缺失是他最不能容忍的事。然而，梁漱溟1924年辞职离开北大时却认为：“所谓与青年为友，含有两层意思，一是帮着他走路，二是此所云走路不单是指知识技能，而是指学生的整个的人生道路。而当时的学校教育，至多是讲习一些知识技能而已，并没有顾及学生的全部人生道路。”[2]前此一年，时任北京大学教授的张君劢在科玄论战中宣称现代教育以社会的分工为目标，完全忽略了“全人格之活动”和“全人格之发展”。[3]1929年，同样是北京大学教授的钱穆也在报上说大学教育“仅仅注重于智识之传授，无当于人格之锻炼，品性之陶冶，识者讥之，谓此乃一种智识之稗贩。大学譬如百货商店，讲堂则其叫卖炫鬻之所也”。[4]我们不禁会产生疑问：蔡元培一直在全力把大学从贩卖知识的场所变成追求学问、修养高尚的地方，但为什么不仅外人而且连一些北大教授或前教授都指责以他为统帅的大学忽视人格教育呢？
蔡元培把学术和修养确立为大学的宗旨，其来有自。这两个目标正是洪堡当年为柏林大学所确立的两大目标。洪堡认为，大学有双重任务，一是对科学的探求，二是个性与道德的修养。探求纯科学的活动是达至修养的不二门径，但科学不是为修养刻意而准备，而是天然适于修养。只要大学专心于科学，修养的目标就会随之得以实现。[5]蔡元培正是按照洪堡所谓“由科学而达至修养”的原则来改造北大的。然而，这个原则隐藏着三个难题。就此，蔡元培对洪堡式的大学理念进行了三个扭转。
第一个难题是，所谓的科学到底是指哲学所代表的纯科学，还是也包容了经验科学？在洪堡那里，“科学”是在新人文主义意义上使用的，他强调的科学是一种未完成的事物，是一自为目的的整体，是思辨的产物，而不是建立在经验科学基础之上的。一切以实用为目的以及专门化的知识既无助于培养科学的观念，又有损于真正的修养。[6]因此，从表面上看，洪堡的“（纯）科学”是作为与经验科学完全对立的概念提出来的，但实际上，洪堡的真正意思并不是说大学要完全排斥经验科学，而是强调经验科学必须由哲学来统领。对此，奠定德国古典大学观的另一位重要人物费希特说得更明晰。他认为，大学应当是培养“科学运用理智之艺术”的学校，而所谓科学运用理性，意味着不是片面地、机械地和功利地，而是用哲学的精神来从事和对待其科学。因此，我们才能理解，尽管“洪堡式的大学是哲学家和语文学家的大学，关注的是文化，而非自然界，研究的概念也不是建立在实验和经验之上”，却能使“已经起步的现代科学，对科学的学习，科学著述，特别是科学家的身份，大学学者的职业……在其推动下，地位空前提高。……新人文主义的观念滋养了准宗教性的科学信仰”。[7]由此，经验科学在大学的合法性也得以确立，以“科学”为鹄的的大学实际上蕴藏着所谓“两种文化”[8]的张力。
蔡元培在把“科学”概念引入北大时，却剥离了“科学”概念中的哲学义涵，纯然从实证和经验的角度去理解“科学”。因此，“科学”就成为中国思想中全然缺失而急需引入和张扬的舶来品。当然，蔡元培在治校中并没有改变洪堡所强调的哲学统领科学的思想，但是既然（近世）文学和哲学均以科学为基础，甚至玄学也与科学相关，[9]那么，科学与哲学的张力更显突出。
第二个难题是，所谓的修养虽以个人为本，最后却是指向国家的。这是因为“所谓高等学术机构，乃是民族道德文化荟萃之所，其立身之根本在于探究深邃博大之学术，并使之用于精神和道德的教育”。[10]洪堡所谓的完满个性，是要在个体和社会、个体和国家之间建立起密切而友好的关系。人们常常只注意到了洪堡对大学的学术自由、对公共教育“应完全处于国家作用范围之外”[11]这一面的强调，而忽略了他思想的另一面：把国家作为教育机构，由此构成一个有机体，每个公民在其中体现为一个活的细胞。[12]服从真理标准的科学与服从伦理、社会和政治标准的精神和道德虽然存在冲突，但对洪堡所追求的教育来说，这两类话语的统一是必需的，这种教育不仅要让个人获得知识，而且还要为知识和社会建构充分合法的主体。[13]尽管洪堡等人强调修养观并不同于启蒙思想，修养不关心社会的物质层面和实际生活，唯重人的精神和道德世界。[14]然而，精神和道德在什么意义上属于私人，什么意义上属于公共，这却具有一定的含糊性。
蔡元培同样把这种修养的含糊性带进了新北大。他在北京大学进德会的旨趣书中列出了“德”的三个层次，这三个层次的具体体现均是私人性的、否定性的：不嫖、不赌、不娶妾（基础级）；不做官、不做议员（中级）；不吸烟、不饮酒、不吃肉（高级）。但是，他在该文前面谈及进德的缘起时，引用的却是在昏浊之世与敝俗奋斗的东林党人——那纯然是公共性的、进取性的典型。[15]从这里可以看出，洪堡所谓的修养的公共性在蔡元培那里发生了一个巨大的扭转。如果说在政治清明之世，修养的公共性指向的是与国家政治目标保持一致的公民塑造的话，那么，在政治昏暗之世，修养的政治性就会指向反体制、反政府的公民政治。正因为此，蔡元培所开创的学术新机运是与启蒙思想联系在一起的。由此带来了“纯学术”与文化政治之间的张力，强化了新式学生原有的“反体制冲动”，造成了北京大学这扇高深学术之门欲闭又开的两难困境。
第三个更为关键的难题是：科学真是养成人格的不二法门，舍此别无他途吗？当然不是。事实上，中国传统教育就是以“教人学做人”为最高宗旨的，如钱穆所言，“中国之教育，非人生中一事一业，乃教者学者在其全人生中交融为一之一种生命表现，始得谓之是教育”。[16]然而，以人为重的中国古代教育带来的问题是，学术被泛道德化，不仅以思辨为基础的哲学难以发展，以实证为基础的近代科学更付之阙如。蔡元培尽管在对修身的高度重视和反复强调上体现出中国传统教育打在他身上的烙印，但他却断然否定了学术道德化的传统路径。他所选择的是道德科学化的道路，这即洪堡的通过科学实现修养的原则。
然而，接下来的问题是：由科学真的就能达至修养吗？“为知识而知识”的西方科学精神虽然宗旨在知识而不在人格，然而这种精神的确有助于人格的熔炼。正如洪堡所谓“学术虽非为此而设，但确为适当之材料”。[17]但是，无论是纯科学（哲学）也好，还是经验科学也好，它真足以养成人格吗？洪堡对这个问题没有直接回答。但是，若仔细加以分析，可以发现，除了科学以外，支撑洪堡式修养的最重要的因素是宗教。实际上，修养观念本身具有明显的宗教色彩。谢林、费希特等奠定德国古典大学观的这些思想家明确地把修养看作是一种宗教的过程。而洪堡本人在灵魂深处深受新教观念的影响。[18]在启蒙运动后，科学理性得以确立并逐渐扩张，政教分立作为一项基本原则在西方近代社会得以普遍确立，但是，宗教始终保持着对人格的巨大影响。[19]正如托克维尔所看到的，宗教在西方社会对于灵魂的滋育、人心的安顿和自由的落实起着不可替代的作用，它可以“净化、调整和节制人们在平等时代过于热烈地和过于排他地喜爱安乐的情感”，它对“人在今世的幸福和高尚化还是极其有用的”。[20]
蔡元培虽然十分强调科学对人格的作用，强调科学作为一种技术和一种伦理的双重作用，[21]但他也意识到人格养成不能仅仅靠科学。于是，他对洪堡式的大学理念进行了第三个扭转：以美育代宗教。[22]之所以美育可以代宗教，是因为他认为宗教对人的精神原来兼有知识、意志和情感三方面的作用，但科学发达以后，宗教的知识和意志功能均被科学所替代，剩下的只有情感功能。而在这一点上，宗教与美育有分有合。在他看来，凡是美育附丽于宗教者，常受宗教好攻乎异端之累，失其陶养作用，而转以刺激感情。“鉴激刺感情之弊，而专尚陶养感情之术，则莫如舍宗教而易以纯粹之美育。”[23]蔡元培对宗教的理解根据的是非常粗浅的科学理性。他并没有看到宗教对西方社会的民情一直在发挥的重要影响，他把现时代体现人的意志、知识和情感分别归属于伦理学、科学和美术。伦理学实际上被归入科学的一部分，或者说，道德领域与实证科学领域被认为完全是通约的。这样一来，教育问题就被归为科学与美术（美育）。[24]但问题仍然在于：科学加美术（美育），这是否就能完成张君劢所谓的全人格教育呢？
如果在韦伯这样的西方学者看来，恐怕会认为科学加艺术是一个不伦不类的东西。科学和艺术之间存在着深刻的差别，科学所铸造的人格与艺术所铸造的人格迥然有别。将艺术带入科学中，那不过是德国浪漫派的残余物而已。[25]对于韦伯来说，大学人必须在科学上严格恪守价值自由（value-free）或道德中立，坚守一种天职的日常要求，才可能将伦理作为灵魂融入科学中去，完成现代性人格的塑造。
“科玄论战”的发起者张君劢认为科学与人生观是根本不同的，而反驳者丁文江则认为现时代最大的责任与需要是把科学方法应用到人生问题上去。[26]按照蔡元培的思想立场，他既不同意唯科学派，也不同意玄学派——“科学加美育”是他的调和方案，但这种调和实际上难以避免某种尴尬。如果说西方社会在公民宗教背景下的科学足以完成全人格的塑造，[27]那么，中国在否定了传统德性教育框架后，既接受源自西方的科学精神，又拒绝源自西方的宗教，仅仅靠美育来补充，如何可能去实现全人格的塑造，这的确是一个相当棘手、在蔡元培这里没有得到解决的问题。[28]
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