从1957年到1993年，吴伯泽从事编辑工作的时间长达37年。他总共编辑出版了近百种图书，约2000万字。[17]他的编辑生涯大致可以分为两个阶段，即“文革”之前、“文革”后期及改革开放以后。
从1957年9月到1966年6月，吴伯泽在科学出版社主要负责核物理和水声学两个学科书籍的编辑工作。[18]这个时期，中国正大力发展核事业，但很多从业人员都是新调入的外行，需要接受专业基础教育。在著名核物理学家王淦昌的指导下，b吴伯泽组织人手翻译或编撰了一批基础读物，主要包括格拉斯登（S.Glasstone）与爱德仑（M.C.Edlund）合著、和平译的《原子核反应堆理论纲要》（1958年9月出版），海森堡（W.Heisenberg）著、马振玉译的《原子核物理学》（1958年11月出版），中国科学院原子能研究所编的《放射性同位素应用知识》（1959年2月出版），B.戴维逊（B.Davison）著、和平译的《中子迁移理论》（1961年8月出版）等。[19]
在水声学领域，吴伯泽则在声学家汪德昭的指导下，编辑出版了苏联科学家布列霍夫斯基赫（Л.М.Бреховских）著、杨训仁译的《分层介质中的波》（1960年8月出版），王祝翔所撰《气泡室》（1962年8月出版），中国科学院声学研究所编的《水声学论文集（第一集）》（1965年出版）等。[20]
1960年，英国麦克唐纳出版社出版了J.布罗诺夫斯基（J.Bronowski）等主编的“麦克唐纳插图丛书·科学卷”（The Macdonald Illustrated Library.Science）。这套丛书基本反映了当时西方最新的科技发展水平与发展概貌。因此，有关部门要求科学出版社尽快翻译出版这套丛书，供相关领导干部与科学工作者参考用。其中，第一分册《科学：化学、物理学、天文学》（Science：Chemistry，Physics，Astronomy）的编辑工作由吴伯泽承担。[21]该书包括化学、物理学与天文学三大部分，共16章，每章又分为若干专题，每个专题只有两页，图文并茂。[22]由于译著要保留原著的大量插图，且其大小与位置均要与原著保持一致，译文又要与插图密切配合，所以其编辑工作具有很大的难度。但吴伯泽克服了各种困难，与翻译单位中国科学技术情报研究所默契配合，译出一章便编辑加工一章，力争缩短排版时间。[23]1966年4月，该书顺利出版，质量极高，广受好评。
“文革”开始后，吴伯泽的工作基本陷入停顿。1973年6月以后，在1972—1976年间任科学出版社副总编辑的林自新[24]的指导与支持下，吴伯泽开始致力于编辑出版外国科普作品，主要包括美国电子学家J.R.皮尔斯（J.R.Pierce）著、他本人以笔名柯红玉翻译的《电子与波》（1974年10月出版），美国科普作家阿西摩夫（I.Asimov，现通译为阿西莫夫）著、王涛等译的《宇宙、地球和大气》（1976年12月出版），美国物理学家盖莫夫（G.Gamow，现通译为伽莫夫）著、暴永宁译的《从一到无穷大：科学中的事实和臆测》（1978年11月出版）[25]以及美国物理学家默根（M.Meken）著、暴永宁与李永新等翻译的《物理科学及其现代应用》（1983年3月出版）。
吴伯泽善于从其编辑出版工作中总结经验。他注意向老编辑请教，也虚心地向设计与校对人员学习，总结出了一套编辑加工经验。1961年，他编写了一本题为《著译须知》的小册子，由科学出版社在约稿时发给著译者，给著译者与编辑双方都带来了很大的便利。[26]1964年，科学出版社编印了《著译审校手册》，至1978年修订再版。[27]该书第一部分“写稿注意事项”涉及文稿、书写、标点符号、名词名称、计量单位、数字、公式、图及表格、注释、引文、参考文献、索引及其他等12个事项，据称是以吴伯泽所编《著译须知》为蓝本。[28]
吴伯泽还在《科技出版通讯》1983年第1期上发表了《在实践中提高》一文，后收入中国翻译工作者协会与《中国翻译》杂志编辑部合编的《科技翻译技巧文集》（中国对外翻译出版公司1987年8月出版）。吴伯泽在文中总结了自己对于科技编辑工作的认识与经验。他强调，编辑工作绝非只是跑跑腿、标标字号的简单工作。他指出，科技编辑除了要熟悉本专业的理论知识，还要尽可能广泛地涉猎各种文化知识，要具有较高的中文修养与外文水平，更要全面掌握技术加工业务。[29]
尽管资历渐老，但吴伯泽一直保持着平常心。他广泛涉猎各类杂书，积极提高自己的编辑能力；始终关心后进编辑，不厌其烦地为他们解答疑难问题。[30]因其在编辑出版领域取得的成绩，吴伯泽于1982年晋升为副编审，至1986年又晋升为编审。[31]1992年起，他开始享受政府特殊津贴。有关方面对他评价如下：“精通编辑业务，在物理专业方面有较高的造诣，有较高的俄语、英语翻译水平和中文修养，在解决审稿的疑难问题、提高图书质量方面起到了重要作用。”[32]
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