根据《排污费征收使用管理条例》和《关于排污费征收核定有关工作的通知》（环发[2003]64号）的规定，排污者应当按照国务院环境保护行政主管部门的规定，向县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门申报排放污染物的种类、数量，并提供有关资料。县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门，应当按照国务院环境保护行政主管部门规定的核定权限对排污者排放污染物的种类、数量进行核定。另外，对于装机容量30万千瓦以上的电力企业排放二氧化硫的数量，由省、自治区、直辖市人民政府环境保护行政主管部门核定。负责污染物排放核定工作的环境保护行政主管部门在核定污染物排放种类、数量时，具备监测条件的，按照国务院环境保护行政主管部门规定的监测方法进行核定；不具备监测条件的，按照国务院环境保护行政主管部门规定的物料衡算方法进行核定。排污者使用国家规定强制检定的污染物排放自动监控仪器对污染物排放进行监测的，其监测数据作为核定污染物排放种类、数量的依据。排污者安装的污染物排放自动监控仪器，应当依法定期进行校验。[12]
为了达到上述效果，相关保障措施也得到了加强。第一，环保部门有审核的义务。根据《关于排污费征收核定有关工作的通知》第3条的规定，环保部门接到排污者的申报请求后，依据排污者的实际排污情况，按照国家强制检定的污染物排放自动监控仪数据、监督性监测数据、物料衡算数据及《排污量核算办法》等其他有关数据，应于每年2月10日前对排污者填报的报表项目和内容等进行审核。对符合要求的，环境监察机构向排污者发回经审核同意的《排放污染物申报登记统计表（试行）》等，对不符合要求、错报、漏报的，要责成其限期重报或补报。第二，环保部门必要时可以现场检查。根据《排放污染物申报登记管理规定》第13条的规定，县级以上环境保护行政主管部门有权对管辖范围内的排污单位进行现场检查，核实排污申报登记内容。第三，排污者有异议权和申请复核权。根据《排污费征收使用管理条例》第8条的规定，如果排污者对核定的污染物排放种类、数量有异议的，自接到通知之日起7日内，可以向发出通知的环境保护行政主管部门申请复核。环境保护行政主管部门应当自接到复核申请之日起10日内，作出复核决定。
通常情况下，为了使排污单位方便及时进行排污申报登记，环保部门往往在排污申报登记之前通过一定的方式通知相关排污单位。根据相关法规的规定，污染物排放种类、数量经核定后，由负责污染物排放核定工作的环境保护行政主管部门书面通知排污者。[13]这样既使排污单位对自己的排污责任和义务事先得以了解，又便于环保部门在执法中更好地操作和把握。实践中，环保部门一般会制作统一规范的通知书送达相关排污单位。通知书中会载明排污者应提供的资料、数据，申报的期限，报表送达的地点、联系人、电话等，同时告知逾期不申报将要承担的法律后果等事项。在通知书的送达过程中，容易出现的是不规范的送达，最终导致行为的无效或者不具备约束力。因此，送达时应注意以下事项：执法人员必须两人以上；送达时出示执法证件以表明身份；送达回执代签收时，需要经过当事人以适当的方式予以认可；留置送达时，要有相关的证明人等。在实践中，特别是在基层环保部门，由于地理条件的限制，排污单位分布散乱，点多面广，送达排污申报通知书在一定程度上存在着困难。因此，可以结合本地的实际情况，充分利用现在媒体传播广泛、普及率高的特点，在本地发行量大的报纸上以及电视上告知辖区内所有排污者应履行的义务，督促有关单位主动来申报，以提高申报和登记工作的效率。[14]
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