1984年《水污染防治法》规定“县级以上人民政府可以对生活饮用水源地划定保护区”，1989年《管理规定》规定“饮用水水源保护区由地方环境部门会同水利、地质矿产、卫生、建设等有关部门共同划定，报经县级以上人民政府批准。”2000年《水污染防治法实施细则》（以下简称《实施细则》）改变了《管理规定》的做法，与1984年《水污染防治法》的规定一致，并对其进行了细化。
2000年《实施细则》规定：“跨省、自治区、直辖市的生活饮用水地表水源保护区，由有关省、自治区、直辖市人民政府协商划定；协商不成的，由国务院环境保护部门会同国务院水利、国土资源、卫生、建设等有关部门提出划定方案，报国务院批准。其他生活饮用水地表水源保护区的划定，由有关市、县人民政府协商提出划定方案，报省、自治区、直辖市人民政府批准；协商不成的，由省、自治区、直辖市人民政府环境保护部门会同同级水利、国土资源、卫生、建设等有关部门提出划定方案，报省、自治区、直辖市人民政府批准。”2008年《水污染防治法》第56条[3]第2款规定：“饮用水水源保护区的划定，由有关市、县人民政府提出划定方案，报省、自治区、直辖市人民政府批准；跨市、县饮用水水源保护区的划定，由有关市、县人民政府协商提出划定方案，报省、自治区、直辖市人民政府批准；协商不成的，由省、自治区、直辖市人民政府环境保护主管部门会同同级水行政、国土资源、卫生、建设等部门提出划定方案，征求同级有关部门的意见后，报省、自治区、直辖市人民政府批准。”第3款规定，“跨省、自治区、直辖市的饮用水水源保护区，由有关省、自治区、直辖市人民政府商有关流域管理机构划定；协商不成的，由国务院环境保护主管部门会同同级水行政、国土资源、卫生、建设等部门提出划定方案，征求国务院有关部门的意见后，报国务院批准。”2008年《水污染防治法》与2000年《实施细则》的规定相比，发生了三点变化：（1）《水污染防治法实施细则》先规定“跨省、自治区、直辖市的生活饮用水地表水源保护区的划定”后规定“市、县人民政府提出划定方案”，2008年《水污染防治法》先规定“饮用水水源保护区的划定由有关市、县人民政府提出划定方案”，再规定“跨市、县饮用水水源保护区的划定”，最后规定“跨省、自治区、直辖市的饮用水水源保护区的划定”。这一变化符合行政审批的基本程序，并把行政审批和生态系统的不同尺度结合了起来。（2）将“其他生活饮用水地表水源保护区的划定由有关市、县人民政府协商提出划定方案”改为“饮用水水源保护区的划定，由有关市、县人民政府提出划定方案；跨市、县饮用水水源保护区的划定，由有关市、县人民政府协商提出划定方案。”法律条款更加符合实际、更加细化。（3）2000年《实施细则》规定“跨省、自治区、直辖市的生活饮用水地表水源保护区的协商划定不成的，经过会同之后报国务院批准。”“其他生活饮用水地表水源保护区的划定协商划定不成的，经过会同之后报省、自治区、直辖市人民政府批准。”2008年《水污染防治法》在此基础上增加了一道程序：“报省、自治区、直辖市人民政府批准和报国务院批准之前，分别征求同级有关部门的意见、国务院有关部门的意见。”（4）将“跨省、自治区、直辖市的生活饮用水地表水源保护区由有关省、自治区、直辖市人民政府协商划定”改为“跨省、自治区、直辖市的饮用水水源保护区由有关省、自治区、直辖市人民政府商有关流域管理机构划定”，这在一定程度上体现了生态系统管理的要求。
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