氨基酸序列分析可知，FcMKK4基因编码1个由406个氨基酸残基组成的蛋白质，包括54个碱性氨基酸（K，R），50个酸性氨基酸（D，E），118个疏水性氨基酸（A，I，L，F，W，V），110个亲水性氨基酸（N，C，Q，S，T，Y），104个带电荷氨基酸（D、E、R、K）。其相对分子质量为45.94.3 103，理论等电点为8.50，脂溶指数为76.08，为脂溶性蛋白质。总平均疏水性为20.507，为亲水性蛋白，但亲水性不强。
图33 中国对虾FcMKK4蛋白的疏水性分析
利用在线工具SOPMA对FcMKK4基因编码蛋白质的二级结构进行预测。结果显示，FcMKK4预测蛋白包含36.21%的α螺旋，10.59%的延伸链，4.19%的β转角和49.01%的不规则卷曲。
图34 中国对虾FcMKK4蛋白二级结构预测
注：蓝色代表α螺旋，红色代表延伸链，绿色代表β转角，粉色代表不规则卷曲
应用SWISS-MODEl在线软件对FcMKK4基因编码蛋白质三级结构进行预测。结果显示该蛋白主要包含不规则卷曲和α螺旋结构。应用TopPred对FcMKK4预测蛋白进行疏水性和拓扑结构分析。结果显示，该预测蛋白为亲水蛋白，有一个不确定的跨膜结构域（位于210～230氨基酸序列，共21个氨基酸）。同时应用TMpred和SignaIP4.1软件对FcMKK4预测蛋白进行拓扑结构及信号肽分析，结果显示，该预测蛋白有一跨膜结构域（位于292～310氨基酸序列，共19个氨基酸），不含有信号肽序列。保守结构域分析表明，FcMKK4基因预测蛋白存在S-TKc（丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶催化区）保守结构域，且该蛋白属于PKc（蛋白激酶c）超家族，PKc-MKK4亚族。
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