战前由于经济危机，美国大量收购白银，造成西藏白银外溢，藏币贬值，西藏物价上升，政局不稳。随着欧战爆发，西藏对外经济有所发展。尤其是“一年以来，英人因进行大规模战争，大批收买各地战争原料品，于是青康藏一带所产之羊毛、皮革、黄金等，正苦东运私销困难，遂皆转由拉萨输出，西藏金融因益活跃，较之年半前岌岌不可终日之恐慌局面，诚有隔日之殊”[132]。加上十四世达赖适时入藏。西藏社会安定，政局稳固。
随着战争范围的扩大，西藏已不再远离战争。20世纪40年代初，随着日军在中国战场和东南亚取得胜利，拉萨的态度也随着战争的进程发生着微妙的变化。到1942年绝大多数西藏官员都认为协约国会战胜同盟国，[133]日本最终将占领整个中国。在这种思路下，西藏希望在战争中保持中立。1941年7月，国民政府提出修筑中印公路，西藏噶厦以为，国民政府修路计划工期漫长，非短期内有裨于抗战，国民政府此举必是另有所图，故以民众大会名义严禁测量队入境。[134]
1942年7月西藏突然宣布成立“外交局”，孔庆宗函电蒙藏委员会，“‘外交局’系与外国洽办事件之机关，今噶厦告职须向该局洽办一切事件，是视中央为外国，示西藏为独立国”[135]。孔庆宗建议中央以军事手段震慑西藏，提出：（1）派飞机赴昌都一带侦查，借词习飞山地，通知藏方不得开枪，以免自卫投弹；（2）密令青、康、滇军以地方冲突形式一举攻占昌都，扼守待命，以留中央转圜余地。[136]重庆方面经反复商议，认为“外事局”不会给中国战时外交造成影响[137]，为防止拉萨与日本合作，行政院议决，藏方为处理地方涉外事务而有设置机构之必要，应遵守两条：“（甲）有关国家利益问题，即政治问题，必须秉承中央意旨办理；（乙）中央与西藏一切往还接洽方式，仍应照旧，不得经由上述外务机构。[138]国民政府宣布所有中央政府与西藏地方间的谈判都改由蒙藏委员会与驻渝西藏代办处进行。这样，国民政府既避免了与西藏噶厦直接冲突，同时也使自己不致丧失利权。然而自“外交局”事件后，西藏地方不断制造汉藏冲突。8月，两名国民政府的公民在拉萨被捕。10月6日，西藏警察冲进驻藏办事处进行搜捕。孔庆宗下令捉拿了西藏警察，西藏“民众大会”立即作出回应，决定停止向驻藏办事处提供柴炭和服务人员，要求国民政府召回孔庆宗。[139]蒙藏委员会认为，这一系列事件是西藏噶厦一手策划的，目的是要窥测中央在西藏问题上的底线。蒙藏委员会表示决不向拉萨让步，决不撤回孔庆宗。蒋介石为避免在康印公路问题上出现困境，决定再次作出让步，由沈仲濂接替孔庆宗。
1943年3月，西藏噶厦突然宣布停止中印驮运。[140]蒋介石忍无可忍，命令青康军队向西藏方向调动。西藏一方面将军队开往那曲以备不测；一方面致电英印当局，请求援助。[141]很快西藏噶厦作出让步，“我们已指令噶厦驻亚东的商务代理，并通知驻噶伦堡的中国商人，货物可以进入西藏，条件是：没有军需品或是没有带着军需品企图获准入藏的外籍公民”[142]。不久，西藏再次开放了中印间的驿运。到1943年底中央与西藏地方都作出妥协，西藏噶厦表示只要公司在印度注册，允许私人公司驮运物资，并允许中国“技术专家”或勘测队进入西藏。国民政府为了补给线的畅通，也减少了在西藏的政治活动。
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