任何一个理论体系从逻辑结构上来讲都是有严密层次的，也就是通过概念、原理之间的内在逻辑联系，将科学体系从理论组织、理论表述、理论内容上呈现出来。邓小平理论体系是客观存在的，“它形成于十多年来建设有中国特色社会主义的伟大实践中，体现在小平同志著作的整体之中”[44]。
对于邓小平理论的基本内容，理论界的争议很少，差别就在于由于思路不同，对这些基本观点之间的逻辑关系理解不同，才形成了在逻辑结构上不同的理解。许多学者认为，从总体上看，邓小平理论体系围绕着建设中国特色社会主义这一主题分两大层次展开：第一层次，科学地回答和阐明了什么是社会主义，以及中国现在所建设的是什么样的社会主义的问题；第二层次回答和阐明了在中国这样经济文化比较落后的国家如何建设、巩固和发展社会主义的问题。第一层次回答“是什么”，第二层次回答“做什么”和“怎样做”，两个层次之间既内容分明又紧密联系，构成为一个严密完整的理论体系[45]。有的学者认为，邓小平理论体系是以中共“一个中心，两个基本点”的基本路线为主线来架构的，包括三个层次：(一)思想路线、社会主义本质、社会主义初级阶段是中共基本路线形成和发展的基础。(二)社会主义根本任务、发展战略、发展动力、对外开放、经济体制改革、政治体制改革、精神文明建设、政治保证是基本路线主要内容的展开。(三)外交战略、祖国统一、依靠力量、军队建设、党的建设则是坚持和贯彻基本路线的条件和保障。中共基本路线是科学体系的集中体现[46]。也有学者认为，邓小平理论可分为方法论基础和理论主题两个层次[47]。还有一些学者认为，邓小平理论包括这样三个层次：第一层次，是邓小平理论的精髓——“解放思想，实事求是”的思想路线。这也是邓小平理论的哲学基础，它贯穿于邓小平理论形成发展的全过程，也是最主要的层次。第二层次，即围绕“什么是社会主义，怎样建设、巩固、发展社会主义”这一问题而展开。 是邓小平理论的基本问题，或者说是邓小平理论的主题，《邓小平文选》三卷的全部著作，都是围绕“什么是社会主义，怎样建设、巩固、发展社会主义”这个主题的。第三层次，是邓小平理论基本问题在社会主义生活各个领域的进一步展开、深化和具体化。它在政治、经济、文化等领域和方面进一步作了阐述，而所有这些方面的理论，自身又都是一个分系统，或者是叫子系统，是由若干更为具体的理论观点组成。从上可以看出来，从邓小平理论的哲学基础，到邓小平理论的主题，再到邓小平理论在各个领域中的进一步展开，邓小平理论是一个层次结构清楚，递进关系鲜明，形成了一个从抽象到具体的科学逻辑体系[48]。还有的学者以“社会发展”为关键词语，认为邓小平理论是紧紧扣住“社会发展”这个主题，将邓小平理论分成基础理论、条件理论、应用理论三部分，从而认为邓小平理论是由一条主题和三部分有机结合构成的科学理论体系[49]。
在龚育之看来，上述关于邓小平理论体系结构的诠释，都是以“十四大的‘九条’为基础和依据，都是源于‘九条’又展开‘九条’的”[50]。但是，“大家对邓小平理论科学体系的认识有一个过程，这集中地反映在党中央的文献中”[51]。1995年5月中宣部印发《邓小平同志建设有中国特色社会主义学习纲要》又把邓小平理论扩展为十六条。龚育之认为这十六条，“不是改变‘九条’，另行组合十六条”，而是“力求全面、准确的体现《邓小平文选》原著的思想，也力求全面、准确地体现十四大和党中央对邓小平建设有中国特色社会主义理论的概括”[52]。
“这个科学体系是客观存在的，它体现在小平同志著作的整体中。但是小平同志的文选是按时间顺序编辑起来的，每一篇著作都是针对当时的情况所作的讲话。把他全部著作中的主要内容，作一个系统的整理和介绍，则是《纲要》的任务，这是某一篇原著所不能代替的。从这两个意义上讲，《纲要》作为辅助学习原著的读物，有其重要性和必要性。”[53]
就这十六条的内在逻辑联系，龚育之认为，头三条“是这个理论的精髓和基础”；随后两条，是“以社会主义现代化建设为中心的理论”；再后的三条，是“社会主义改革开放这一基本点的理论”；接下去的五条，是“社会主义的政治和思想保证这另一个基本点的理论”；最后三条，是“关于社会主义领导力量和依靠力量的理论”。显然，按照这一分析，龚育之给出的邓小平理论体系的结构逻辑是：社会主义本质论是邓小平理论的基石，解放思想，实事求是是邓小平理论体系的哲学基础，社会主义市场经济论、社会主义改革开放论、社会主义初级阶段论是邓小平理论体系主体，社会主义发展战略论是邓小平理论体系的条件理论。这样的逻辑和分析，“同党的基本路线的表述和结构，也是吻合的”[54]。
另一方面龚育之又强调对邓小平理论的科学体系的理解不能模式化，不应该完全拘泥于某一权威的解释。他指出：“邓小平建设有中国特色社会主义理论还在发展之中，对这个理论的科学体系的逻辑表述，也在发展之中。没有也不可能有不再发展的逻辑体系的表述。”[55]
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