创新是获取知识产权的重要手段，知识产权制度又是激励创新的重要机制。自主知识产权与自主创新之间的耦合作用涉及制度设计、创新主体权益、市场竞争、社会福利、政策协调等多个方面。自主创新是形成自主知识产权的必由之路。拥有知识产权，必然要求创新先行，自主创新及其成果也很大程度地丰富和扩展了知识产权的内容和形式;同时，知识产权本身就是一个创新的途径和过程，知识产权是自主创新的基础和衡量指标，也是市场竞争的重要手段。知识产权保护贯穿创新的全过程，保护自主创新成果及其权利者的权益，防范与规制侵权等不利行为，因此知识产权保护可以激励自主创新。
3.2.1 知识产权制度激励创新的有效性
1.知识产权与技术贸易
知识产权制度的基本功能是保证拥有创新成果的企业或个人能够获得从事创新活动的收益。从这一点看，知识产权制度的存在促进了专利转让等技术市场的发展。以商业秘密为例，在出现知识产权保护制度前，商业秘密的性质决定了其难以在市场进行转让。因为交易前，买方首先要评价该项商业秘密的价值，这就需要卖方公开内容，可是一旦内容公开，买方也就无需再购入该项商业秘密，交易因而无法达成。知识产权的存在很好地解决了这一问题。对于受到知识产权保护的创新知识内容，卖方拥有排他使用权，并且知识产权合同通常还规定对第三方侵权的惩罚措施，如果不购买知识产权，即便了解其内容，也难以使用。这种对知识产权的保护可以降低交易费用，从而促进技术市场的发展。
技术市场交易的扩大可以促进研发创新主体的分工以及研发与生产的分工，对创新成果的专利和著作权保护可以帮助具备创新研发能力、但不具有制造能力的企业参入到研发创新活动，该企业可以通过向制造业企业转让技术专利，回收研发成本。对企业内部而言，技术交易可以帮助实现研发活动的分工。例如，可以将创新活动的一部分在企业内部进行，其余部分委托其他企业进行或者共同研发，分工可以使研发创新活动更有效率地进行。
知识产权制度不仅涵盖企业间的技术交易，也促进高科院所等研究机构向企业进行技术转让。美国法律规定，公共研究机构利用政府资金进行科研，其成果可以由机构申请专利并向企业进行排他性转让，这种做法对产学研合作进行协同创新产生积极影响。首先，大学通过转让拥有的技术专利，可以获得收入，从而激励大学的科研成果转化为应用技术;其次，排他性许可可以保障获得转让技术的企业回收投资，进而增加用于技术创新的投资。不过，促使产学研高效运作的知识产权制度体系还有待进一步完善，因为这种做法可能会增加该类利用政府资金进行创新活动的获取成本，也可能使本来在基础研究领域具有比较优势的高校等科研机构，转向并不擅长的应用技术领域。
技术交易的交易量和交易条件(许可条件)可以反映知识产权制度激励创新的经济效果。例如，扩大对软件的产权保护后，软件的许可合同也成为技术交易的内容。在交易条件上，如果知识产权保护制度中对技术交易的规定有利于专利许可方，并且能够有效降低第三方模仿侵权的可能性，将有助于专利持有人获得较高的许可费。这一技术交易信息就可以反映知识产权制度的有效性。
2.知识产权制度对企业创新活动的影响
为了提高创新效率，企业可以选择委托研究、共同研究等形式开展研发活动。企业利用外部机构进行研发的最大障碍在于无法明确知识产权归属，这种权利归属问题所引起的不确定性会降低企业的预期利润。如果知识产权制度规定能够帮助企业明确专利归属，降低不确定性，将使技术交易趋向活跃，企业将乐于采用共同研发、技术引进或使用外部智库的合作方式，利用合作方的技术知识和创新能力。如果创新成果没有以知识产权的形式存在，企业将选择在企业内部进行研发创新。因此，知识产权所有者的明确与否、研发创新投资的独占性、知识产权是否在合同中明确列出共同研发成果的归属等，是决定企业在研发活动中是否利用外部资源的重要因素。知识产权制度作为激励研发投资的机制，不仅是知识传播的手段，还将对企业研发活动所采取的组织机构产生广泛影响。
3.知识产权制度对高科院所创新效率的影响
高校等科研机构利用政府资助开发的技术是否归国家所有，能否以非排他性许可为原则向产业企业转让，将对高科院所创新效率产生影响。表现为:第一，如果规定创新成果归属国家，这种方式有利于技术的传播和应用，但妨碍技术转让合同的订立，可能降低发明人、高校和企业的研发投入。为避免高校的创新发明成为国家所有的专利，研发人员可能扭曲资金来源，使其与事实不符;第二，不利于中小企业创新。高校倾向于将发明等知识产权转让给能够为其提供资助的大企业，而中小企业难以获得对知识产权的排他性转让许可;第三，不利于高科院所实施有潜力、但在初期伴随较高风险的发明创新。因为即使研发获得成功，高校也无法获取较高报酬，接受技术转让的企业也可能不愿意继续投资;第四，缺乏有效的措施和体制，解决产学合作中的利益冲突问题;第五，难以调动高校研发人员参与企业所需应用研究的积极性。因此，知识产权和技术转让问题的解决对创新活动有很大影响。
4.知识产权制度与知识产权许可
专利许可能够保证专利所有人获得更多的利润。如果允许尽可能多的企业使用专利技术，交纳许可费，可以使知识产权产品的垄断价格接近市场机制下的定价，降低社会福利净损失。许可协议从一个侧面反映知识产权政策的影响。许可价格等许可协议条件的变化可以反映知识产权政策的实施效果。知识产权制度趋于强化知识产权保护，可以使知识产权许可方在谈判中处于有利的地位，同时降低第三方侵权行为发生的概率，反映在许可合同上，表现为专利转让费的增加。特别是在广泛涉及知识产权的行业领域，这种影响更加明显。如计算机产业等研发密集度较高的行业，近年专利费率不断提高，原因在于软件列入知识产权保护范围之内，并且软件所占的比重大幅上升。知识产权许可协议可以通过合理定价，降低社会福利损失，促进许可协议签订，为技术交易市场提供优惠政策，是提高创新效率的途径之一。
3.2.2 知识产权制度与创新激励
知识产权制度可能通过各种途径影响创新，如通过强化知识产权所有者对创新成果的垄断性、促进技术贸易、促进创新成果的公开化等。其影响大小与知识产权制度的设计细节和方案，诸如新颖性、先进性、实用性等专利标准的规定以及影响知识产权排他性的法律制度和政策措施密切相关。当然，也与创新的性质密不可分。
知识产权最基本的作用是通过提高对发明等创新成果的独占性，促进研发创新活动。在古典式研究假设前提下，拟申请专利的发明与已有发明和在研的其他发明关联较少，不必考虑研发竞争，因而加强知识产权保护会促进研发活动，激励创新。近年来，创新性质呈现渐进型互补式趋势，强化保护并不必然促进创新。例如，渐进型创新中的后续发明是在前期发明基础上完成的，只有在前期发明专利到期后，才能开始。而知识产权保护范围的扩大，增加了后续发明对前者的依赖程度，后者必须得到前期发明专利持有人的许可，才可以使用其成果，这种保护带来的创新效率下降的情况与日俱增。加强知识产权保护力度，对前者有促进作用，对后者则没有促进作用。另一方面，当产品的商业化涉及多个专利和著作权时，在商业化过程中，需要与多位专利持有人谈判，增加了交易成本，加之持有人各方争夺利益，不仅导致许可价格提高，也为技术的商业化实施增加难度。在这种情况下，如何设计促进创新的知识产权制度至关重要，也是亟待攻关的研究课题之一。企业间解决渐进性互补式技术创新的方法主要是采用专利池和许可。但是，专利池也可能用于垄断或为进入市场设置壁垒等排除竞争的目的所使用。因此，必须针对专利池的具体问题，采取相应的政策措施。
1.技术知识的互补性与专利政策的效果
在一些产业的产品商业化阶段，需要在创新技术基础上，同时用到其他互补性创新技术，如果这些互补性创新技术受到知识产权保护，企业可以通过签订许可协议，通过市场机制将其他企业研发的创新成果内部化。在这种情况下，知识产权政策也可以促进企业进行研发投资。不过，随着技术间互补性和关联性的增强，在技术间互补性强的情形下，企业难以单独依靠自身开发的技术实施成果转化，获得收益。这样，知识产权政策对企业的创新激励效果可能下降。
2.知识产权实用性标准与创新激励
实用性标准是授予专利的三个标准之一。在有些产业领域，科技进步不断推进研发创新速度。一项发明即使满足新颖性、先进性的标准，也可能因为不满足实用性标准而无法获得专利。许多创新成果本身没有商业利用价值，但是对后续研发有启迪作用。特别是在生物技术领域，实用性标准的重要性日益显现。降低实用性标准，可以促进有启发作用的发明取得专利，但是可能不利于下一阶段研发活动的推进。因此，降低实用性标准，不一定促进研发，特别是对中间阶段的研发成果;如果以较低的实用性标准承认专利，虽然可以促进研究工具等基础研究阶段的研发，但可能抑制后续的应用研究。存在两种情形适于授予专利:一是比照商业化收益，基础研发的费用较高，或者虽然基础研发的费用低，但是应用研究的费用较高;二是基础研究成果的溢出效应较大。
3.知识产权制度与竞争政策
在知识产权许可协议中，存在专利池与出现拒绝转让创新成果的情形，如何实现充分竞争，是亟需解决的问题。特别是在高科技产业，专利池中涵盖许多互补性专利，由哪些专利构成专利池，必须有充足的理由，特别是形成产业标准的专利池，其组成专利均有充分的理由。但是，为充分实现竞争，仍然需要有关部门对专利池中的专利内容加以审查指导，以免利用专利池妨碍竞争。一般来说，专利池中可以包括互补性专利，但是不应该包括替代性专利。对业已成为产业标准的专利池，必须保证任何人可以无差别地使用专利池中的专利。对个别拒绝转让专利的行为，可以不被认定为违反竞争，但是，如果专利拥有者实施不正当行为限制竞争，如不合理地中止交易、差别化定价、捆绑专利等，则应被认定为违反竞争法。
此外，如果知识产权是生产中不可或缺的创新技术，拒绝转让就属于妨碍竞争的行为。这种情形下，竞争带来的收益明显高于降低创新激励造成的损失。但是如果以促进竞争以外的理由，强制转让专利时，应当依据一定的规则。
3.2.3 知识产权管理与创新能力
1.知识产权管理与研发能力
知识产权使企业或个人的研发活动带来的创新成果，因而知识产权指标是分析企业或个人研发业绩及其影响因素的重要手段。根据知识产权的数量可以判断企业创新团队和个人的研发效率。随着知识产权重要性的提高，企业越来越重视对知识产权的管理。许多企业已将知识产权战略作为整个企业经营战略的一环加以考虑。随着知识产权保护范围的扩大和保护程度的加强，模仿型研发的收益不断下降，这将对企业研发和知识产权战略产生重要影响。针对企业所处市场环境，采用的知识产权战略对企业经营业绩的影响日益凸显。
此外，企业对知识产权管理的具体规定，如对发明创新属于职务发明，还是个人发明的规定，也会影响企业研发人员的创新积极性。
知识产权管理模式也与行业性质密切相关。在生物技术等高科技领域，由于存在资金、人才限制，风险资本投资不足等原因，规模较小的机构倾向于与高校进行共同研究，解决资金、人才等资源不足问题。单独依靠政府增加资助，不能充分发挥共同研究的优势。促进风险资本与高校、企业的协同创新，需要确定适宜的知识产权管理规则。
2.激励创新的知识产权管理模式
知识产权管理模式与企业知识产权部门的组织结构和企业专利战略密切相关。企业实现知识产权管理功能的组织构造包括两种模式:一是单独设立知识产权部门，集中管理知识产权相关工作，该部门与其他生产部门、营销部门是平行的关系;第二种是将知识产权管理分散到各个部门之中，两种管理模式各有利弊。企业知识产权战略也可以归为两大类:一种相对而言更加注重企业在产业环境中的位置，即重视相对于产业内其他企业，如何构建和维系竞争优势的知识产权战略;另一种是注重在企业内培育其他企业难以模仿的内部资源的知识产权战略。两种战略的有效性随技术发展阶段的变化、竞争重点的转移而各不相同。企业也可以采用多样化的专利战略，实现企业战略目标。
3.2.4 国际知识产权制度与创新激励
1.我国知识产权制度的国际地位
国际社会对知识产权制度的关注源于知识产权制度对于经济增长的重要性。有效的知识产权制度包括三方面内容:基础法律、获得知识产权的费用与质量、保护知识产权的有效性与成本。从全球标准看，我国知识产权法也是高质量的。我国法律赋予外国公司的权利(专利与商标)一般质量较高、成本较低且及时。在我国，20年时限的知识产权费用约为2万美元到5万美元，这一专利成本大约是八国集团国家的十分之一。专利的时限比欧盟和日本短，但比美国稍长。专利权的执行比大多数发达国家都更廉价，也更快。在我国，90%的外国公司对专利或商标侵权的诉讼都取得成功，这一比例在美国仅为30%～40%。这与中国旨在建立世界级知识产权法律和执法体系的努力密不可分。
2.国际知识产权制度选择
从更广的视角看待知识产权的选择问题，可以发现:一国国内的知识产权制度与对外知识产权制度的宗旨存在差异。通常一国的技术进步及经济发展的速度受到一国所采用制度的影响，而制度也随着经济发展不断演化。这种经济与制度相互作用和共同发展的发展轨迹也适用于知识产权和技术创新的关系。在一国国内，知识产权制度更多地作为一种调节知识产权盈利能力的政策工具，知识产权制度的选择与司法制度等互补性制度的状况密切相关。知识产权制度赋予专利拥有者对新获得的知识产权具有排他使用权，当发生侵权时，权利人可以要求损失赔偿，被许可方可以要求停止保护，因而知识产权制度的保护范围关系到能否有效行使排他权。执行力也非常重要，完备的司法制度，可以防止侵权的发生。否则，即使专利局提出明确的保护范围，也无法保护权利人的合法权益。
各国不仅要考虑适合本国的知识产权制度，还要着眼于世界范围来选择知识产权制度。知识产权制度是各国根据本国的产业政策自行设计制定的，在国际框架下，只要满足国民待遇的原则即可。虽然1995年签订TRIPS协议，规定了世界统一的最低保护水平，但目前的工业产权仍然遵循领地原则(在特定国家取得专利权，才能在该国受到保护)，也就是说，需要在不同的国家分别申请专利保护。在这种情形下，各国增加了专利的国际审查环节。由于此前发达国家在发展中国家申请专利企业较多，为减轻这些跨国公司取得他国知识产权的手续和费用，发达国家提议建立世界范围的协调统一的知识产权制度，如采取相互承认专利审查结果制度，降低各国专利局的审查负担，解决实体专利法条约等制度的国际协调问题。
相互承认专利审查结果是实现世界范围专利协调长期目标的第一步。在各国制度迥异的情况下，实现世界范围的知识产权制度协调，首先要尝试在各国间相互承认专利等的审查结果，随着相互承认专利的国家数量的增加，各国专利局针对外国为第一申请国的专利进行审查时，可以利用该国的审查结果，在各国专利局之间共享，从而使申请人可以在较少的费用下，取得世界范围的权利。这种方式对申请人而言，可以维护其在国际市场的优势，确保获得更高的收益，回收研发投资。但是这一提议并没有引起发展中国家的广泛兴趣，因为，现实中各国知识产权制度迥异，难以实现成果共享，对降低申请费用和简化手续的作用将大打折扣。
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