海关对于加工贸易企业保税加工货物核销主要监管程序和要求包括以下几个方面：
（1）检查企业递交的单证资料是否齐全﹑有效。核对手册﹑账册﹑进出口报关单等，数据相符﹑情况正常的，办理核销手续；对于符合规定条件﹑无异常提示以及底账数据平衡的，才予以核销结案。
（2）如果底账数据有异常的，企业能提供相应的单证资料说明且理由正当的，也可以予以核销结案。
（3）海关在核销审核环节将根据有关风险提示﹑监控核查指令对企业的报核申请进行复核：
1）是否超期报核；
2）是否有先出后进﹑金额倒挂及超备案数量进出口等情形；
3）单耗是否真实﹑合理，是否符合有关标准；
4）是否有边角料﹑剩余料件﹑残次品﹑副产品﹑受灾保税货物，制成品﹑涉案保税货物﹑侵犯知识产权货物等并已按规定做相应处理。
（4）加工贸易保税进口料件或者成品因故转为内销的，海关凭主管部门准予内销的有效批准文件，对保税进口料件依法征收税款并加征缓税利息；进口料件属于国家对进口有限制性规定的，经营企业还应当向海关提交进口许可证件。
（5）加工贸易经营企业因故将加工贸易进口料件退运出境的，海关凭有关退运单证核销。
（6）经海关批准，经营企业放弃加工贸易货物的，按照海关对放弃进口货物的管理规定办理，海关凭接受放弃的有关单证核销。经审核不准予放弃的，要求企业将有关货物退运出境或在有关部门监督下销毁或进行其他妥善处理后，审核关员凭有关单证﹑资料料予以核销。
（7）经营企业在生产过程中产生的边角料﹑剩余料件﹑残次品﹑副产品和受灾保税货物，按照海关对加工贸易边角料﹑剩余料件﹑残次品﹑副产品和受灾保税货物的管理规定办理，海关凭有关单证核销。
（8）侵犯知识产权货物的核销。需依法进行没收﹑销毁处理的，审核关员凭有关部门出具的没收﹑销毁证明材料予以核销。
（9）涉案货物的核销。在涉案货物案件结案后，凭《行政处罚决定书》﹑《行政复议决定书》或法院的《判决书》﹑《裁定书》等单证﹑资料予以核销。
（10）分立﹑合并﹑破产企业或法院封存的货物的核销。企业出现上述情形，应在规定期限内向海关报告，海关凭有关《判决书》﹑《裁定书》以及其他法律文书予以核销。
（11）经营企业已经办理担保的，海关在核销结案后按照规定解除担保。
（12）加工贸易货物备案和核销单证自加工贸易核销结案之日起留存3年。
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