本书主要采用了两种研究方法：一是文献研究法，二是案例研究法。文献研究法主要指搜集、鉴别、整理文献，并通过对文献的研究形成对事实的客观认识。对于中国社会冲突的研究，包括社会冲突的形式、根源及其防范与化解机制，国内外学术界已经形成了相当丰富的研究成果。对于这些文献的梳理、评述是我们进一步研究的基础。案例研究属于经验研究的范畴，是一种运用历史数据、档案材料、访谈、观察等方法收集信息，通过对信息的加工和处理来理解事物不同组成要素之间的逻辑关系和运行机理，从而得出带有普遍性结论的研究方法。
中国的群体性事件经历了快速增加，仅2005年群体性事件就已经达到了87000起，绝大多数的群体性事件没有诉诸报端，在媒体上披露出来的群体性事件多数是极端的（如引起自杀行为）、恶性的（造成了人员伤亡）、大规模的（参加人数众多）、破坏性的（如堵塞公共交通、攻击政府机关）、引起国际关注的（得到外国媒体公开报道）、得到了政府部门高度重视的（比如上级政府介入、领导人做了批示）。这样的样本偏差使得我们在当前的条件下几乎不可能对群体性事件进行一个系统分析。正是基于此，多数研究者采取了社会调查加代表性案例分析的方法。在社会调查方面，中国社会科学院社会学所出版的各年度《中国社会形势分析与预测》提供了“关于社会群体利益冲突的认知分布”“城乡居民对社会群体间差异和冲突可能性的判断”等的调查问卷结果。香港科技大学和中国人民大学从2003年开始进行连续的中国社会综合调查（China General Social Survey），其数据也已经向公众开放。[79]
在案例研究方面，蔡永顺收集到了266个集体行动案例。他选取案例的标准是，案例要有相对完整的参与者类型、数量、行动模式、存不存在领袖、行动的结果等信息。所有这些案例都是非政治性的，参加者并没有提出挑战体制的政治要求，也不包括涉及宗教议题或民族冲突的案例。[80]中国台湾学者王信贤收集了从2007年到2010年的910个群体性事件的资料。[81]但他们都没有向读者提供原始的素材。中国大陆学者的群体性事件样本通常较小，往往集中在社会关注度高的几个案例上，比如发生在2008年的贵州瓮安事件、云南孟连事件、甘肃陇南事件，2004年发生在重庆的万州事件、2005年发生在安徽的池州事件、2009年发生在湖北的石首事件、2012年发生在广东的乌坎事件、发生在江苏启东和四川什邡的环境群体性事件。可能正是由于这种样本的严重偏差诱使学者们得出了远比实际情况严重的结论。此外，一些大陆学者也通过亲身调查收罗了一些没有引起社会广泛关注的案例。[82]国外学者对于20世纪80年代中国大陆所爆发的学生运动给予过集中的关注。[83]
基于如下四方面的理由，本书将社会冲突的焦点放在工人群体和劳资冲突上。一是工人政治有着不同于其他阶层政治的特性：“低阶层……往往倾向于把政治看作是非黑即白、非善即恶。结果，在其他条件相同的情况下，这个阶层更喜欢极端主义运动，因为极端主义容易迅速地对社会问题提出答案，并具有一贯不变的观点。”[84]通过对我国当前不同群体典型利益表达渠道进行的对比也发现，与精英群体相比较，工人群体更偏好于制度外的利益表达方式，是群体性事件最为活跃的参与者。[85]二是这个群体完整经历了从计划经济向市场经济演变的全过程。中国的改革是从农村起步的，但在经历了最初的起步之后，农村改革依然没有完全的市场化，最为典型的是农地产权制度在改革进行了三十多年后的今天依然未被触及。与之相比，中国的工业改革虽然起步的时间较晚（1984年才试图将改革从农村转向城市），改革的手法较为温和（迟迟没有展开产权制度改革），但自1997年国有企业引入了产权制度改革，最终实现了从计划经济到市场经济的全面转变，也因而带来了工厂政治的彻底转型。三是中国正处于前所未有的城市化进程中，越来越多的农业“富余”劳动力开始以农民工的形式流入城市，成为中国新产业工人的主力军。这意味着“三农”问题将以新的形式出现在城市，或者说尽管“三农”问题源于农村和农业，但可能会在城市和工业领域发作。正如农村问题专家党国英教授提及的：“事实上农村社会稳定问题正在转化为城市社会稳定问题”，“农村问题也正在转化为城市劳资关系的一个方面”。[86]四是中国的工人政治联系着很多重要的方面。中国真正的“社会”和“社会政策”是从国有经济单位的改革萌发的，公有制经济的单位属性在改革中逐渐褪去，因而创造出了教育、医疗、住房的市场化和商品化，也带来了保障制度的“国家化”。另外，在传统的社会主义意识形态中，工人阶级和国有企业有着特殊重要的符号价值和象征意义，国有企业改革的每一步都伴随着程度不一的意识形态争论。
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