《中国哲学史新编》在撰写上的一个特点是按照时代思潮和文化背景介绍历代哲学，而不是单纯写成以人物为中心的纪传体。冯友兰说：“自从开始编写以来，我逐渐摸索出来了一个写哲学史的方法：要抓时代思潮，要抓思潮的主题，要说明这一主题是一个什么样的哲学问题。能做到这几点，一部哲学史就可以一目了然了。《中国哲学史新编》的这一册就是有意识地照着这个方法作的。我认为它是成功的。”[624]冯友兰《中国哲学史新编》第五册“自序”中也说明了该书的这一特点：“不以人为纲，以时代思潮为纲；以说明时代思潮为主，不以罗列人名为贵。每一个时代的思潮都由一个真正的哲学问题成为讨论的中心，哲学史以讲清楚这个问题为要，不以堆积资料为高。全书讲七个时代思潮：先秦诸子（分前后期），两汉经学，魏晋玄学，隋唐佛学，宋明理学（分前后期），近代变法，现代革命。……我希望能够比较完全做到的，是在哲学问题上比较完全地说明了一个时代思潮的来龙去脉。……这样的体裁对于所写的哲学史有提纲挈领、提要钩玄的作用。”[625]
冯友兰《中国哲学史新编》第四册为魏晋时期玄学、佛学部分。这一部分进行了新的调整。冯友兰在《自序》中说，20世纪30年代两卷本《中国哲学史》关于玄学和佛学部分比较弱，卜德翻译时，自己增加了一些内容，所以，英文本这一部分与中文本不完全一样。“在《中国哲学史新编》的这一册中，我改写了玄学和佛学的部分。经过改写的章节与两卷本的有关内容比较起来，材料没有多加，篇幅没有加长，但是分析加深了。其所以能够如此，因为我抓住了玄学和佛学的主题，顺着它们的主题，说明它们的发展线索。玄学的主题，是有、无的关系。我以《老子》第一章帛书本的读法为依据，认为有、无是‘异名同谓’，分析下去……佛学和佛教各派的斗争，从哲学上看，就是主观唯心主义和客观唯心主义的斗争，这就是它们的主题。以此为线索，说明了中国佛学发展的三个阶段。这样的说明既合乎中外哲学史中唯心主义发展的一般规律，也合乎隋唐佛学各派别在当时发展的具体情况，因此就‘要言不烦’，一切问题都迎刃而解了。在两卷本的《中国哲学史》中就已经有了这个意思，不过隐而未发，现在就把它明确地提出来。”[626]
第二个特点是在哲学史演变方面，强调了唯物唯心的“转化”。这是他对“文革”前自己中国哲学史研究的一个肯定和坚持。如关于先秦时期，孔子哲学包含有唯物和唯心两个方面，孟子哲学是儒家向唯心主义方面转化，荀子则是儒家哲学向唯物主义方面转化。20世纪60年代冯友兰认为老子哲学属于唯物主义，庄子把道家的唯物主义发展到唯心主义。经过多次的学术讨论和关锋等人对老子唯物说的批判，冯友兰接受了老子唯心说。这样，庄子哲学就被认为是主观唯心主义，是“道家哲学向唯心主义进一步发展”；[627]稷下黄老之学则被认为是“道家向唯物主义的发展”。[628]对于墨家等，冯友兰也是这么认识的。当然，这些仅仅是冯友兰《中国哲学史新编》的一个方面。如果冯友兰局限于这个方面，那么《中国哲学史新编》就只有肯定“文革”前研究的价值，显示不出经过“文革”和“文革”结束后的思索了。冯友兰《中国哲学史新编》的价值在于，他通过具体共相的概念，把一般和特殊以及精神境界说引入中国哲学史研究，尤其是后一方面，使得《中国哲学史新编》在一定程度上超出了30年代两卷本《中国哲学史》的价值。
一般和特殊说是冯友兰《中国哲学史新编》的方法论特点。如前所述，冯友兰所强调的是感性具体性——抽象的一般性——具体的一般性或具体共相（或者也可以说特殊——抽象的一般——具体的一般）中的第三个环节，这个环节沟通了认识论与人生境界论。不过，在具体运用时，“一般”似乎还不都是指具体的一般或者具体共相，而就是抽象的一般。如对于公孙龙“白马非马”论的分析，冯友兰指出，“马”是一般，“白马”是特殊。[629]这里的“一般”就不一定是作为具体共相的一般，似乎也没有上升到具体的一般。《中国哲学史新编》越往后，冯友兰的思维的翅膀飞翔得越高；到最后，他做到了哲学史研究和哲学创作的有机融合。冯友兰的人生境界在不断地提升，中国哲学史的意义也在不断地提升。冯友兰在《中国哲学史新编》的玄学部分说玄学所讨论的是“共相与殊相、一般与特殊的关系问题”，[630]从冯友兰的论述来看，“群有”、“有”、“无”都是从普通逻辑学的概念的内涵和外延进行区分的，所指的似乎仍然是抽象的一般。“无”在论述王弼处被理解为“无私”、“无伪”，作为圣人的存在的有限性的特殊，与“体冲和以通无”的对于有限性的突破，即达到天地境界。此时的“无”已摆脱了抽象性，真正进入了具体的共相。不过，在冯友兰看来，玄学达到了高明，但不中庸，把两者结合起来的是道学。这里，冯友兰对玄学和道学的评价与《新知言》的评价相同。
冯友兰对于道学有全新的认识，虽然还保留着一些对哲学家的唯物唯心的看法，但其运用并不僵化。道学是新理学的发源地和大本营，但是，由于新理学是在抗战期间形成的，而两卷本的《中国哲学史》出版于1931和1934年，所以尽管这部哲学史的立场是“正统的”，对于道学有较多的同情，但说其“史”的特点，尤其是就上卷而言，还是十分明显的，具体表现为力图用客观公允而不偏向的态度来介绍中国哲学史，尽管实际上他是偏向程朱理学的。在《新知言》、《新原道》之后，冯友兰对于宋明道学的认识与两卷本时期有了很大不同，[631]这种不同即冯友兰利用新理学的成果，以“极高明而道中庸”的境界说为标准来审视中国哲学史。此点冯友兰已明确指出，在这一标准下，宋明道学作为典型，得到了较高的评价。道学即人学，所讨论的问题“一个是什么是人，一个是怎样做人？”道学的任务不在于提供关于外部世界的知识，而是提高人的精神境界。道学的内容就是“对于这些境界的阐述以及到达的方法”。“道学的目的是‘穷理尽性（或曰尽心）’，它的方法是‘格物致知’，它的入手处是‘义利之辨’。”[632]
冯友兰在《中国哲学史新编》中还表现出了会通程朱的倾向。对于朱熹的《大学》格物章《补传》，冯友兰采取了王阳明心学的说法，认为朱子《补传》分为两段，“豁然贯通”前为求知、为学；“吾心之全体大用无不明”为求道。道学的格物致知是要达到穷理尽性，而追求外部事物的客观知识并不能达到穷理尽性，提高精神境界的目的，所以朱熹的《补传》存在“穷人理”、“穷物理”两橛的问题。冯友兰用《新原人》中的“觉解”来弥补这个分裂。他指出，如果具有事天的“觉解”，把为社会做事看作“事天”，那么，无论穷物理，还是穷人理，都是事天的一个环节，二者之间就不会存在矛盾了。在冯友兰哲学中，这个“觉解”也是“志”。他指出，朱陆分歧只在于为学之方，他们都认为判断君子小人的标准在于“志”。“志”不同，行为的意义就不同，从而境界也就不同。“志”对，穷物理亦不为“支离”；“志”错，纵然“穷人理”，也与境界无关。义利之辨的目的是存天理灭人欲，由此达到的境界是“人欲尽处，天理流行”。而义利之辨的关键则是“志”的确立。冯友兰所说的“志”，可以说是“善良意志”。在早年的《新原人》中，“觉解”未免偏重于中性的理解，易流入虚，冯友兰此处用“志”的定向性和意志性补充“觉解”的不足，化解价值中立的“觉解”要发挥价值判断的功能的矛盾。[633]这个“志”，其实就是“心”，也可称为“良知”。冯友兰晚年从理学出发达到了“从心所欲”的化境。他对于程颢《识仁篇》的说明，尤其体现了这一特点。冯友兰指出，“仁”是宇宙间的普遍现象，不是一个理智的概念。“识”也不是理智的认识，而是“体认”。[634]但是，他并不把“心”上升为主体，他还是有“矩”的；他还是理学的特色，他是从“心所欲而不逾矩”。在《中国哲学史新编》第七册第八十一章他又指出，“浑然与物同体”是直觉。“识得此理，以诚敬存之”，此处的理，不是一个直觉，“必须把直觉变成一个概念，其意义才能明确，才能言说”；[635]“如果认识到真正的哲学都是理智和直觉的结合，心学和理学的争论亦可以息矣”。[636]由此可见，他在理学的立场上，对于心学和理学的分歧进行了总结与超越。在两卷本中，冯友兰是在研究历史，所以他区别朱陆；现在，他不仅是在研究历史，也是在发挥哲学，所以，他沟通朱陆。他说，对于“义利之辨”也要有深层次的理解。“义利之辨”的核心在于“志”，不是否认个人的物质利益，而是要求人从高的境界如道德境界或天地境界出发求利。
此外，《中国哲学史新编》关于黄老之学的研究的开拓、不同地域法家的研究、对于公羊学的评价等，都有新意。限于篇幅，不赘述。
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