曾国藩箴言：盖打脱牙之时多矣，无一次不和血吞之。
1858年6月，曾国藩被命再出，在江西领导湘军作战。湘军在江西，虽有守土退敌之功，然而与各地乡团不相和睦，常常被团丁伏击截杀，竟致数十数百地被消灭。又逢疫病流行，营中军士纷纷病倒。因此，曾国藩再到江西以后，深感诸多问题颇为棘手。9月间，安徽传来败讯，李续宾、曾国华于三河镇被陈玉成击败，全军覆没，李、曾以下，湘军官兵阵亡六千余人。这支军队是湘军的精锐劲旅，被歼以后，全军为之震动。景德镇一带的湘军也连连失利。幸赖曾国藩与胡林翼等竭力挽救，大局才得粗定。
而这时的曾国藩，忽而奉命援浙，继又改令赴闽，不久又受命筹援安徽。接着，石达开有由湘入蜀之势，朝旨又令前赴四川夔州扼守，同时命其分兵协防湖南、安徽，并留兵防守江西。朝令夕改，杂乱无章，使曾国藩无所适从。他自知因无固定地盘，只好由人摆布，委曲求全，精神极感苦恼。可见息事宁人的处世哲学也要付出精神痛苦的代价。
1861年8月，曾国荃攻下安庆，千里长江已全归湘军掌握。曾国藩分兵三路，直指江浙地区，准备给日渐衰微的太平军以最后致命一击。可是曾国藩所遭遇的困难，仍是纷至沓来。先是最能与他合作无间的湖北巡抚胡林翼积劳病死，顿使曾国藩失去一个最有力的伙伴，未免平添后顾之忧，曾国藩为之彻夜不眠。而三路东向的大军，只有曾国荃一军，因为是亲弟弟，始终听命于他，其余李鸿章与左宗棠两路，都时时表现不合作的态度，使曾国藩伤透脑筋。但按曾国藩的为官之道，还是按捺性情，息事宁人，没有激化矛盾。
同治元年(1862年)八月和闰八月间，江南各地因连年战事而瘟疫流行，宁国境内的鲍超所部死了几千人，金陵城外的曾国荃部也死亡相继，士气低落。正在这时，李秀成率二十万大军救援天京。自闰八月二十日起，曾国荃部日夜猛攻雨花台达半月之久。落地开花的洋炮，时时从雨花台上空呼啸而下;与此同时，皖南重镇宁国已落入太平军之手，且有上图江西之势;小丹阳的太平军也随时可冲至长江，冲断湘军的江中粮道;河南境内的捻军已进入鄂东，有取道皖北回援天京之势。总之，湘军在军事上处于极其艰难危急的时刻。
战争使大江南北数省，特别是皖南、鄂东、赣东一带人亡地荒，满目疮痍。当时曾国荃和鲍超部共约七万人，每月须粮三四百万斤，粮饷从何而来?兵勇每月获饷不过四成，只得饥一餐、饱一顿地过日子，士气如何提高?这是曾国藩于军事危机之外的另一大苦恼。然而，正在这个内外交困的时候，这年九月，江西巡抚沈葆桢为保在江西省军队的粮饷，截留了供应雨花台大营的江西漕折五万两银，并获朝廷准允。这无疑使曾国藩雪上加霜。他在日记中多处反映了自己焦灼和忧郁的心情。
例如九月十四日写道: “日内因金陵、宁国危险之状，忧灼过度;又以江西诸事掣肘，闷损不堪。”十八日又写道: “五更醒，辗转不能成寐，盖寸心为金陵、宁国之贼忧悸者十分之八，而因僚属不和顺、恩怨愤懑者亦十之二三。”
然而，他并没有向他的直接下级沈葆桢发泄这些愤懑，更没有张牙舞爪，训斥下级，强迫下级如何如何。他在给沈葆桢的信中，淡然说道: “近来，幸饷项来数较丰，为今年所未有，差强人意。若能如此月之入款，即全停江西漕折犹可支持，特恐不可为常。且待万一过不去之时，再行缄商尊处通融办理。”
沈葆桢小曾国藩九岁，因为有曾国藩的多次推荐，才得以候补道员升任为巡抚。他从江西本位出发，恃才傲上，且不加节制，于第二年(同治二年)再次截留朝廷批准解送曾国藩粮台的九江关洋税三万两，同治三年第三次奏请截留江西的全部厘金，导致两人的彻底决裂。曾国藩则在同治元年九月沈葆桢首次截留漕折时反省自己“忧灼过度”，“皆由于平日于养气上欠功夫，故不能不动心”。
曾国藩在与太平军斗争的过程中，他的最大困难，不是敌手的强大，而是清政府本身在政治、军事与财政各方面存在着太多的矛盾和弱点，不能形成强大的力量与太平军作战。其次就是湘军本身缺少战斗经验，难当大敌。因此，在以后的六七年中，曾国藩虽然为自己建立了一点声望，而来自各方面的挫辱和打击也不是常人所能忍受的。在这种境遇下他能够立足，主要就是他奉行了“息事宁人，委曲为官”的处世哲学。
同治七年(1868年)四月，曾国藩由两江总督奉命调补直隶总督，驻节天津。同治九年五月天津发生教案。唐代称天主教为“大秦景教”，元代时多有天主教传教士来华传教，明末排斥异端，一度见逐，至清雍正帝，始予严禁。道光时广东巡抚梁章钜曾于其所著《浪迹丛谈》中诋毁教堂。后经吴德芝言其有灭祖、刳睛、剖心等事，促成一般人对天主教的仇视心理，其实自是伪传，是理解有误所致。《中法北京条约》订立，允许教士于内地置产，就地传教。后湘、黔、川、赣等省屡有毁教之事，儒生和之，暴民从之，官吏任之，而朝臣亦时以无稽之言奏之，疆吏率领恶之。因此教案愈多，尤以天津一案最为严重。
最初英法联军北上，法军曾蹂躏天津。及开为商埠，法国神父即在天津建立教堂，收养贫儿。由于迷信，时人流传外国人挖取心眼配药、练眼点金之说。同治九年庚午春，天津拐匪骤起，屡失孩子，辄疑洋人迷拐。官吏拘捕拐犯，其中有个武兰珍供称迷药是法国教堂仆役王三给予。清廷即向法国领事提出严重抗议，并约法国领事丰大业至通商大臣崇厚官署晤谈。双方发生争辩，丰大业骄横无礼，众人怒而打死丰大业，并将教堂焚毁，惨杀教士修女等数十人，又乘势往劫英教士住宅，造成国际间严重事件。这就是历史上有名的“天津教案”。
事发之后，清廷诏直隶总督曾国藩查办。曾国藩在病中立下遗嘱，抱定了自我牺牲的决心。查办教案是两方面都不讨好的事，曾国藩深知于此，但迫于清议，只好迟延不办。他致书友人，论其处置困难，不敢查拿正凶，洋人深不满意。
曾国藩认为，根据中国目前的力量，不能轻易用兵，唯有委曲求全以自保。但朝野一片哗然。
双方对峙，形势严峻，通商大臣崇厚奏称病重，请另派大员办理，经命丁日昌、毛昶熙赴津交涉无效，乃改命李鸿章为直隶总督，曾国藩仍回两江上任。结果李鸿章还是照曾国藩的主张，议定赔偿损失及抚恤金46万两，崇厚奉旨赴法道歉，天津府县官发往黑龙江效力，捕杀凶犯多名了事。那时若不是曾国藩对清廷和洋人能有明察是非的态度，得以适当处理，恐怕八国联军之祸要早发生30年了。慈禧太后后来逃往西安，路过怀来县，颠簸中还唏嘘地说: “假令大学士曾国藩尚在，何至受苦至于斯也!”
曾国藩因同治九年(1870年)六月查办天津教案时“偏袒外国”而受到全国舆论谴责，其中的原因十分复杂，难以述说，是非曲直，也不可一言以蔽之。曾国藩一生的转折点就是“天津教案”。他将太平天国镇压下去，一时被誉为“时代功臣”、“盖世英雄”，而“天津教案”却使其名声一落千丈，转眼间成了卖国贼，举国欲杀之而后快。
也许是“局外之议论，谅局中之艰难”的缘故，“天津教案”终使曾国藩遭到沉重的打击，1872年(同治十一年)3月20日，他死于两江总督任上，年61岁。然而他在办理“教案”过程中的苦心，却至终被人所忽略，其情其理，与李鸿章的历史角色多有相似之处。
曾国藩人生启示录:
大凡平民百姓，最难吃亏的是财，最难得忍受的是气。往往被气所激，被财所迷，做出不可收拾的局面来，大多是丢了西瓜捡了芝麻，甚至倾家荡产家破人亡。这样的关口，实在不值得争赢斗狠，贻误大事。
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