自《农民专业合作社法》(以下简称《合作社法》)2007年7月1日实施以来，截至2008年6月底，全国依法登记并领取法人营业执照的农民专业合作社有58 072个，已占到全国农民专业合作组织总数的三分之一，登记成员771 850户，农民成员占登记成员总数的96%。成员出资总额430．13亿元，货币出资占出资总额的77%。加入合作社的农户成员年收入，普遍比非成员农户高20%以上[2]。到2011年上半年，全国工商登记的合作社达到44．6万家，比去年同期增长43．1%;合作社成员达到857．1万户，同比增长58．3%;出资总额达到5 733亿元，同比增长69．2%。根据农业部门的统计，合作社实有入社成员3 570万户，占全国农户总数的14．3%[3]。《合作社法》颁布实施以后，国务院颁布了《农民专业合作社登记管理条例》，农业部颁布了《农民专业合作社示范章程(试行)》和《农民专业合作社示范社创建标准(试行)》、财政部下发了《农民专业合作社财务会计制度(试行)》，部分省、市已制定或正在着手制定实施《农民专业合作社法》的地方性法规。经过多年的发展，中国农民专业合作社已经从自发发展、政府的推动发展进入到了依法规范与持续发展阶段[4]。
在合作社快速发展的进程中，一个不容忽视的事实是，部分合作社管理不规范、运行机制不健全，合作社被内部人控制、社员参与程度不高，理事会、监事会、社员(代表)大会流于形式等现象大量存在。实际运行的合作社内部治理结构出现与预期目标相差甚远的结果，不仅使法律设立专业合作社制度的初衷难以实现，也拷问着专业合作社制度存在的必要性和可行性，是影响合作社存在和发展的根本性问题，迫切需要采取不同层面的措施加以解决。合作社治理结构不规范，与农业合作社所处的发展环境和发展阶段等多种因素有关[5]，本章着眼于对法律文本的分析，在阐释现有法律上合作社治理结构特点的同时，揭示法律上设置的这种治理结构所面临的挑战，并在此基础上，就如何在完善合作社治理结构的制度设计提出建议和设想。
《农民专业合作社法》确立的合作社治理结构，符合国际公认的合作社基本原则，同时又颇具中国特色，具有极大的灵活性和自治空间。农民专业合作社需要在规范中发展，在发展中规范，合作社的治理结构面临成员异质性、组织模式多样化、益贫功能弱化等带来的挑战。笔者认为，可以从建立对合作社治理结构的矫正机制和合作社向公司转化的机制、确立对合作社管理者的监督机制和激励机制、强化对普通社员的权益保护机制等方面着手，改进和完善现行法上的合作社治理结构。
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