日本是一个岛国，所有的国际贸易都必须要通过海路或空路才能完成。除了少数附加值高的货物采用空运之外，日本的贸易货物大多采取海运的方式。由于海运要经过一些比较危险的地域，海路的贸易安全成为生死攸关的问题。另外，日本作为世界上最大的资源进口国之一，确保海外资源也是贸易安全的大问题。这些方面，日本并无一个政府部门能够全面统辖其相关贸易安全机制。除了职能部门仍然是经济产业省之外，日本的外务省、防卫省、财务省等政府部门也参与到贸易安全体制里，成为不可缺少的组成部分。另外，日本贸易振兴机构也是一个半官方的机构，对于日本的贸易安全发挥着很重要的作用。以下，就这几个部门在海外资源及贸易海路的贸易安全机制及其运行方面的职能分别进行阐述。
（一）外务省
在海路的贸易安全保障上，外务省要负责国际条约下国际义务的履行。与贸易安全相关的国际条约有前述的《华盛顿公约》、《蒙特利尔议定书》、《巴塞尔公约》等。此外，根据《日美安全条约》，日本和美国成为同盟国，美国负责协同日本国防，同时美国还实际上对于日本的海路都有着军事控制的能力。这样，日本海外航路的贸易安全的日美条约协调问题就由外务省具体负责。这一点特别表现在中东波斯湾——阿拉伯海到斯里兰卡——安达曼海——马六甲海峡——巴士海峡，即日本的所谓“生命线”的航路安全方面。
（二）防卫省
由于日本在侵略战争历史反省方面仍然没有得到受侵略的周边国家的谅解，所以日本自卫队海外派兵无论是内政还是对外都是一个敏感话题。作为美国的同盟国以及美国作为日本海路贸易安全的维护者的事实，使得日本必须要在中东等地的军事活动中也要有所作为，因为这里也是日本的石油和天然气资源的主要供给地，所以在美国发动的推翻萨达姆·侯赛因的战争中，日本海上自卫队也要在阿拉伯海提供后方加油支援，并在战后派出陆上自卫队到伊拉克支援供水等。这间接把日本的军事力量扩大到中东以及日本的石油天然气航路上，对日本的贸易安全起到一定作用。在索马里海盗比较猖獗的时候，日本海上自卫队也派出军舰，参与国际上针对索马里海盗的日本贸易商船的护航活动。
（三）财务省
财务省是日本海关的主管部门。财务省关税局就是日本的海关总署。此外日本还部署有与关税局平级的9个关区海关，构成日本全国各个口岸的海关监管体制，成为日本贸易安全不可缺少的一环。现在海关职能已经不限于传统的取缔走私、常规通关管理和关税征收等职能，还有着更多的非传统职能，其中很多非传统职能都属于贸易安全领域。
第一，维护日本国家安全和国际和平与安全的海关职能。这方面主要包括走私取缔和口岸海关通关监管，对于麻醉品、毒品以及枪支弹药等的取缔，以及对于国际恐怖主义活动和大规模杀伤武器的管理和取缔。这些方面的贸易审批部门是前述的经济产业省，但具体的执法部门是日本海关。此外还有对侵犯知识产权贸易的取缔。
第二，贸易便利化职能。日本实施的进出口通关便利化措施包括通常的进出口通关手续、进出口手续通关便利化制度、AEO制度的推行以及AEO制度的相互认可等。这方面主要是通过现代风险管理对于贸易安全风险进行控制。它们有些是日本海关自发的行动，更多的是世界海关组织推行的结果。
第三，国际合作。日本海关在贸易安全方面的国际合作主要有两个方向。其一是世界贸易组织，其二是世界海关组织。前者目前还没有在海关中具体体现出效果来，但是国际条约下的合作框架已经形成，那就是2013年在印度尼西亚巴厘举行的WTO第九届部长级会议达成的《WTO贸易便利化协定》。根据该协定的规定，将于2015年7月31日前经各成员方批准实施。其中有着大量的关于贸易安全的规定。（注：何力：《巴厘早期收获与〈贸易便利化协定〉》，《上海对外经贸大学学报》2014第2期。）后者即2005年《全球贸易安全与便利标准框架》在日本的实施。日本海关的AEO制度就是根据这个文件建立起来的。而日本人御厨邦雄担任世界海关组织秘书长也客观促使日本对于世界海关组织的措施和技术指导更加容易接受。（注：国際的な取組み（国际措施）：财务省官方网站，貿易の秩序維持と発展のための取り組み>，http://www.mof.go.jp/customs_tariff/trade/international/index.html.2014-12-30访问。）
（四）日本贸易振兴机构
日本贸易振兴机构（Japan External Trade Organization，JETRO）是日本促进出口贸易和投资的半官方机构。它成立于1958年，当时叫做海外贸易振兴会，后来合并了亚洲经济研究所改为此名，成为特殊法人。该机构在东京和大阪设有总部，在海外设有73个办事处，共有1660名职员，形成一个全球性的日本贸易安全情报和支援网络。它的职能主要有三个：日本企业海外发展的支持、对日本投资的促进、对日本贸易政策的贡献。
对日本企业海外发展的支持实际上是支援日本企业的海外投资，包括提供商务信息、中小企业海外业务的展开等。特别关注的行业有：第一，机械以及机械零部件、电子产品、环境能源部门。第二，农林渔产品和食品部门。第三，广告产业。第四，基础设施建设部门。通过支援日本企业的海外投资，促进日本的贸易，提高日本贸易的安全系数。
JETRO对日本贸易政策的贡献则主要是对各国和地区的经济、贸易投资、产业动向、法律制度等信息进行调查、分析，并且向日本企业提供，为日本政府进行决策以及日本企业在全球开展业务提供支持。这些信息和情报得到日本政府和企业的高度信赖，成为日本贸易安全机制中不可缺少的一个环节。（注：ジェトロの取り組み（日本贸易振兴机构的措施）：日本贸易振兴机构官方网站，http://www.jetro.go.jp/jetro/activities/.2014-12-30访问。）
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